明初地方設立三司，其目的在於防止地方權力集中，每遇重大事件地方三司會議通過後上報，最後由中央做出決定。後由於三司互相掣肘導致行政效率低下，故此設立巡撫提高行政效率。
但隨著巡撫權力的加強，可直接向地方下達命令，逐漸成為凌駕於地方三司的實際軍政長官，而遼東並無布按二司，巡撫若成為遼東都司的實際上司，便掌控了遼東的軍政大權，這是中央政府所不願意看到的。
但是有了巡按御史的牽制，使巡撫很難獨掌地方大權，形成巡撫與巡按互相制衡的局面，也就難以形成地方割據勢力。巡按御史代天子巡狩，對地方進行監察，隨時向皇帝彙報地方情況，便於朝廷瞭解地方情況。
尤其萬曆時期的遼東地區，蒙古、女真經常侵擾，遼東地方將官常將城堡失守情況、百姓被燒殺搶掠情況、士兵傷亡情況瞞報漏報，甚至殺死無辜百姓冒充敵方首級，賴巡按御史調查上報朝廷，朝廷才能瞭解真實情況。
尤其是當巡撫、總兵等大員為逃脫罪責，文過飾非時，巡按御史的作用尤其明顯。萬曆時期總兵李成梁、巡撫李植，都曾因殺良冒功，被胡克儉彈劾，巡撫趙楫、總兵李成梁等也曾因放棄寬甸六堡、與建州女真立界碑等問題被彈劾。
無論朝廷對這些行為處置與否，巡按御史都起碼起到了朝廷耳目的作用，便於朝廷瞭解情況，掌控地方。萬曆時期，遼東地區既有蒙古、女真的侵擾擄掠，也有礦監稅使的敲詐勒索，還有將官的貪汙索賄，但在萬曆四十年以前能維持基本穩定，和遼東巡按御史努力是分不開的。
巡按御史對官員的監督彈劾，對貪官汙吏的懲治，使得官場的腐敗不至於淪肌浹骨。萬曆時期的三十餘任巡按御史，幾乎人人都有彈劾不法官吏的記錄，其中不乏巡撫、總兵等高階官員，對貪官汙吏起到了震懾作用。
一些巡按御史的巡按活動，使得遼東官員不敢公開貪腐，對改善這一地區的官場風氣，起到了一定作用，有利於政治穩定。
巡按御史強大的權威是其，能堅決打擊貪官汙吏的有效保障，正是歷任遼東巡按御史監察權力的行使，使得遼東都司的政治情況，得以一定程度的改善，彈劾不法官員，加強對官員的威懾，獎勵有功官員，保證了政府機構的正常執行，有利於遼東地區的穩定。
巡按御史對遼東軍務的參與，無論是督戰還是在邊防建設、禦敵、後勤保障出等方面的出謀劃策，在一定程度上保證了萬曆中前期，明王朝對周邊民族的軍事優勢，使其不敢肆無忌憚。
如有馬允登分析女真各部形勢，並針對其中實力強打者予以打擊之策，有周維翰親赴朝鮮前線考察戰局，無論在援朝抗倭戰爭，還是打擊女真各部豪酋的行動中，總能見到遼東巡按御史的身影，他們為取得戰爭的勝利，維持遼東安定的局面做出了很大的努力。
遼東巡按御史採取的一系列撫民之策，有利於維持遼東社會的穩定。比如熊廷弼設長平倉、減免遼東商稅，發生災荒時蠲免錢糧等等，都是惠民舉措，也增加了百姓對官府的信任度。在遼東流傳著熊廷弼因為天旱，命令城隍廟神降雨的故事，可見遼東百姓神話其人，對其愛戴。
雖然就整體來說明王朝，日益衰弱的趨勢不可避免，非個人之力所能挽回，女真的崛起實乃大勢所趨，但其中遼東巡按御史，挽為救明朝統治的貢獻也不能抹殺，應看到其積極的方面。
遼東巡按御史巡按遼東，雖然有一定的積極作用，但在晚明的歷史大背景中，隨著明王朝的日薄西山和女真的崛起，巡按御史也無法挽救遼東危局。
並非所有的遼東巡按御史都百分之百盡職，全力去解決遼東存在的問題。比如李成梁殺良冒功之事，萬曆十二年二月至萬曆十三年六月，巡按遼東的御史陳登雲，萬曆十六年二月至萬曆十七年五月，巡按遼東的御史許守恩都進行了調查，取證並欲上疏彈劾，但分別被時任遼東巡撫的李松，和顧養謙所阻止。
因巡撫阻止就不再把實情報告給朝廷，這本身也是失職行為，正因為前任巡按御史們的失職，所以在萬曆十九年胡克儉彈劾李成梁時，神宗皇帝不能完全相信，認為李成梁的戰功都是由巡按勘報的，胡克儉彈劾李成梁屬於懸度妄議，因而將擔任遼東巡按御史，僅僅半年的胡克儉調離遼東，降職任用。
對遼東巡撫趙楫、總兵李成梁放棄寬甸六堡、強遷六堡民眾六萬多人到內地，並與建州女真立界碑等事，前後巡按御史何爾健、康丕揚、蕭淳等未加阻止，這個失策的決定，遼東巡按御史何爾健、康丕揚、蕭淳都負有責任。
還有個別御史巴結權貴，顛倒是非，比如在張居正任內閣首輔期間，針對前任遼東巡按御史劉臺，彈劾張居正一事，後任遼東巡按御史於應昌，迎合張居正之意審理劉臺，因為於應昌等迎合張居正，捏造罪名，劉臺被削職為民。
遼東巡按御史作為地方言官，其彈劾地方官員的奏章亦或是軍事、社會民生方面的諫言，其實行與否都需經過皇帝的批准。
萬曆前期，由於有張居正輔政以及萬曆皇帝較為勤政，巡按御史的奏章多能獲得批准或回覆，使得遼東文武官員能夠及時的或賞或罰，在一定程度上淨化了官場，保證官員的積極性。
巡按御史有關於軍事建設、防禦方面的建議能夠得到實施，如劉臺加強軍事防禦的三條建議、周維翰的防倭諫言等，使得明王朝在這一地區能繼續保持軍事上的優勢。
但中期以後，由於萬曆皇帝的昏庸怠政，導致朝政荒廢，原本應及時批閱的奏章都被擱置，導致事件無法及時處理，官員出現空缺也無法及時補上，更加導致部分官員懶政、怠政，官官相護，導致官場腐敗日益加深。