在公元2世紀初，羅馬對潘諾尼亞的治理政策再次來到了歷史的拐點，為了應對行省外部日益增長的軍事挑戰以及鞏固多瑙河中游防線，
圖拉真決定將潘諾尼亞行省一分為二
。分割線從多瑙河中游大河灣的拐點處到佩爾索湖的最東端，再由此幾乎沿著經度線向南延伸直至與達爾馬提亞行省的邊界為止，這條線以西被稱為上潘諾尼亞行省，首府卡農圖姆，以東被稱為下潘諾尼亞行省，首府阿奎庫姆。對潘諾尼亞的分割治理是羅馬對地方治理“分而治之”政策的延續，這不是潘諾尼亞第一次被分割，也不是最後一次被分割，然而，這次分割卻賦予了“分而治之”政策以新的內涵，這次分治不是為了強化行省內部治理的措施，而是應對外部軍事挑戰的有力迴應。
一、行省治理機構的構成
在羅馬帝國前期，行省治理機構是羅馬帝國治理體系的基礎，處於權力頂峰的皇帝雖然直接掌控著大多數行省以及全部軍事力量，但是在行省內部，則需要大量行省治理機構加以輔助，這些機構由帝國任命的省級官員以及地方精英組成的地方官員組成，共同構成了羅馬對行省地方行政治理的基礎。
1.行省總督制
行省總督在行省內部主要履行兩種角色，其一，他指揮行省駐軍並對行省內外的安全形勢負責。其二，他是行省司法機構中的首席法官。在身處第二個身份時，總督習慣上審理更為重要的刑事和民事案件，
以及解決當地不同地區和不同人群間的政治爭端
。在公元1世紀時，潘諾尼亞行省總督是執政官級別的。在公元2世紀，行省被劃分後，上潘諾尼亞行省總督是執政官級別的，下轄3支羅馬軍團，下潘諾尼亞行省總督是行政長官級別的，下轄1支羅馬軍團。而且由於潘諾尼亞地處帝國邊疆，因此其從始至終均是元首行省，總督一般都由元老貴族擔任，極少數情況下才有騎士貴族擔任。
2.財政機構的設定
潘諾尼亞行省的財政來源主要有三種途徑，
即行省一般賦稅來源、關稅來源以及礦業收入來源
。行省一般賦稅大多由財務督察使徵收，在督察使中地位最高的是元首財務督察特使，其主要負責土地稅、人頭稅，並可以在行省總督不在行省時代為執政，其他等級的財務督察使則負責徵收遺產稅、奴隸釋放稅等一般行省稅收。
第二種稅源是行省關稅。潘諾尼亞屬於“伊利里亞關稅區”，並在公元2世紀末有可能形成了自己的關稅網路，關稅管理機構從公元2世紀開始設在波伊托維歐。第三種是礦產稅，公元2世紀中葉以後，
潘諾尼亞的礦產資源得到了開發
，礦業隨即也成為了該行省賦稅的主要來源，關稅與礦產稅多為被釋奴管理。除此之外，行省還設有行省金庫負責行省的日常開銷。
3.地方社群與城鎮的管理
這些地方治理機構大多效仿羅馬城的模式，主要包括地方長官、地方委員會和地方議會三部分組成。
地方長官又被稱作“二人團”，
是羅馬早期的執政官，主要負責管理當地的行政與司法事務。地方委員會又被稱為“四人團”，由兩名市政官與兩名財政長官組成，他們平時負責輔助“二人團”處理地方的行政以及稅收事務。地方議會效仿羅馬元老院，是當地貴族的大本營，用以維護穩定，在地方政府中起到主導作用。
4.行省中特權士兵的出現
除此之外，由於潘諾尼亞行省作為邊疆行省的特殊性，
軍人作為一種特殊人群進入到了行省治理機構當中
，他們作為行省總督以及稅務監察使的下屬工作人員，這種軍人被稱為特權士兵，意思是他們是有不受軍事操練之苦的特權士兵，根據他們所從事的工作，實際上被稱為“公務勤雜兵”更準確一些，他們成為元首行省特使總督管理行省的全天候助手。
凱撒在《內戰記》中最早提到了公務勤雜兵的存在
。塔西佗第一次描述了公務勤雜兵參與行省管理，他是這樣記載的：在卡里古拉時期，當第3“奧古斯塔”軍團從阿非利加行省調走時，行省總督同意留用屬於第3軍團的公務勤雜兵。在圖密善時代，有一名叫馬克裡努斯計程車兵，他是駐盧格杜努姆的第13“厄巴納”步兵大隊的一名戰士，在他17年的軍旅生涯中有11年是在高盧的盧格杜努姆為連續三任總督工作。
然而，馬克裡努斯仍然是一個士兵，而不是一個公職人員，當任務結束後，他回到了自己的部隊。
隨著邊疆行省社會的發展與複雜化
，總督需要更多計程車兵輔助其治理行省。公元2世紀中期出現了秘書助理，他們原本的軍號兵，現在為總督負責行省的監察任務。還出現了情報兵這種負責司法案件以及傳遞信件的職位。到了公元3世紀，從事公務計程車兵人數激增，並有可能存在一種以士兵為主的總督幕府。在帝國晚期，所有公職人員都加入到了虛構的軍事組織當中。
二、城市化運動推動行省治理機構的發展
羅馬帝國對義大利以外的地方通常採用行省制度進行管理。雖然羅馬在各地建立的行省治理機構有類似之處，但是其建立的程序卻大不相同。由於各地具體情況與風俗差異的存在，使得羅馬在對各地推廣行省管理體制時的過程與手段不盡相同。總而言之，行省體制是羅馬統治地方的工具，其在各地的執行過程中，往往因地制宜。
具體到潘諾尼亞，由於在羅馬征服之前，行省社會發展程度比較低，社會結構單一，無需過多組織機構進行管理，因此，羅馬對潘諾尼亞行省治理機構的建立並非一蹴而就，而是伴隨著羅馬在當地城市化運動的推廣而逐步推行的。潘諾尼亞行省治理機構的發展歷程與行省的城市化程序同步，治理機構的發展不會高於行省社會本身的複雜程度。
在公元1世紀，雖然經過了尤利亞-克勞狄王朝與弗拉維王朝兩個時期，但是行省社會的發育程度仍然很低，
除了行省總督以及伊利里亞關稅監察使外，沒有發現其他治理機構的痕跡
，而且這一時期羅馬才剛剛撤銷了對行省一些部落的軍事管制，行省總督剛剛開始改變他們的角色，讓自己成為處理司法案件的治安官，稅務監察使也有足夠的時間處理行省內的稅收問題，不需要多餘的助手與隨從。與高盧、西班牙與北非這種行政治理已經發展到高度專業化的行省相比，潘諾尼亞的治理機構建設才剛剛起步。
在公元2世紀，隨著駐軍移向多瑙河沿岸地區，行省內部的軍事管制也逐步解除，行省的城市化運動也在哈德良時代迎來了第一個高峰。將行省一分為二的原因更多的是軍事因素，而非行政治理需要，但是司法與稅收機構的建立則確切地反應了城市化發展與社會結構複雜化的結果。
行省更復雜的社會結構直到馬克曼尼戰爭（公元166-180年）後才逐漸形成，而這一時期也正好是行省城市化的最終完成階段。隨著城市化的完成，潘諾尼亞全境納入到羅馬式的治理體系當中，日益複雜的社會結構也催生出更加精細的行省治理體制。總督幕府在公元2世紀末產生，並在公元3世紀變得越發專業化，公務勤雜兵加入幕府體現出潘諾尼亞作為邊疆行省的特殊性。
但更為明顯的變化在於稅收體制
，在公元3世紀，以波伊托維歐為中心，統一管理各個地區的“關稅站”的複雜體系得到了證實，並有證據證明這裡還存在一個單獨徵收遺產稅的機構。
伴隨著城市化在公元3世紀初的最終完成，潘諾尼亞的行政治理機構也漸漸形成規模並開始精細化。然而，潘諾尼亞行省作為“軍事優先”的邊疆行省，其社會結構與東方或地中海沿岸行省相比並不復雜，農民與軍人是行省居民最主要的職業，在這裡並沒有像東方行省或義大利那樣形成數量龐大的市民階層，因此，當公元3世紀潘諾尼亞的行政治理機構開始複雜化後，有大量的軍人加入到治理體系當中也就不足為怪了。
總結
羅馬的行省治理機構是建立在需求的基礎上的。當行省社會結構單一、管理便利的時候，行省自然不需要眾多的治理機構；當行省經濟發展、社會開始複雜化的時候，行政治理機構才開始建立以滿足這種需求。
潘諾尼亞的行政治理機構直到公元3世紀才建成類似經濟發達行省那樣複雜的治理體系
，這也是與該行省城市化水平以及經濟發展程度相符合的。