晚清同治、光緒之交曾發生過無數奇情冤案：其中最為轟動的楊乃武與小白菜案、名伶楊月樓冤案、太原奇案、張汶祥刺馬案並稱為清末四大奇案。在當時刺馬案被公認為四大奇案之首，然而在後世的戲劇小說渲染下楊乃武與小白菜案逐漸成為清末四大奇案中最為民間所熟知的。要弄清這究竟是怎樣一樁奇案就有必要先介紹一下案件的兩個主人公楊乃武和小白菜。
生於道光二十一年（公元1841年）的楊乃武是浙江餘杭縣的鄉紳，於同治十二年（公元1873年）考中舉人。平時好打抱不平的楊乃武曾聯合士子上書檢舉揭發餘杭知縣劉錫彤濫收錢糧斂贓貪墨的行為，因此引起了劉錫彤的記恨。當時有個叫葛品連的豆腐店小工租住在楊乃武家的一間房子裡，這個葛品連娶了名叫畢秀姑的女子為妻。由於畢秀姑長相俏麗，又喜歡穿白衣綠褲，所以人送綽號小白菜。
平日裡楊乃武和小白菜過從甚密：楊乃武常教小白菜讀書認字，這一來二去四鄰街坊中就出現了所謂“羊（楊）吃白菜”的說法。同治十二年十月楊乃武去岳母家辦事，一連幾天就住在岳母家。十月初九這天一大清早租住在楊家房間裡的葛品連就害了病，起初以為是上火，於是也就沒太當回事，可病情漸漸沉重，到後來吃藥也不見好，到了當天下午申時（三到五點）葛品連就撒手人寰了，臨死之際全身呈青黑色。
一個好端端的年輕人突然暴病而亡，死狀又如此蹊蹺詭異就不免引起了葛品連家人的懷疑。葛品連的母親在料理兒子的喪事時從街坊四鄰口中聽到了“羊（楊）吃白菜”的說法，本就心存疑慮的她斷定就是楊乃武和小白菜通姦併合謀殺人，於是她來到餘杭縣衙告狀。餘杭知縣劉錫同得到報案後就帶著作前去楊家驗屍，結果仵作在驗屍報告中認定葛品連繫中毒身亡。
當時的仵作是依據什麼得出葛品連繫中毒身亡這一結論的呢？原來當時的仵作用銀針刺探死者的喉嚨時發現針呈青黑色。這與宋代法醫學家宋慈在《洗冤錄》中所載中砒霜之毒的特徵是高度吻合的。然而用這種方式試出來的結構並不一定百分比準確，所以當時的驗屍流程是要求試毒的銀針必須用皂角水多次擦洗後多次測試才能下結論的。問題也就恰恰就出在這一環節上。
劉錫同當時派了自家的一個門丁去現場協助驗屍，結果這個門丁一看到銀針呈黑色就堅稱葛品連是被人下砒霜毒死的。非專業的門丁擅自發表意見令作感到不滿，於是兩人就發生了口角爭執。吵到最後也不管什麼操作流程了，於是就這麼草草把死者系中毒身亡的結論給報上去了。劉錫同也聽說過“羊（楊）吃白菜”這種說法，如今又得到這樣一份驗屍報告，於是就更加認定葛品連是被楊乃武和小白菜合謀毒死的。
劉錫同本來就和楊乃武有過節。這下他認為可算是找到報復的機會了。於是劉錫同先是將小白菜帶回縣衙審問，小白菜並不承認自己有謀殺親夫的行為，於是劉錫同就採用嚴刑逼供的方式試圖令其認罪。一些野史小說繪聲繪色地描寫了在這一過程中劉錫同使用的各種花樣百出的逼供酷刑。不管劉錫同究竟具體使用了哪些手段，我們可以肯定的是在他的壓迫下小白菜承認自己與楊乃武有染。
劉錫同的目標可不僅僅只是讓小白菜承認與楊乃武通姦，他還要坐實楊乃武和小白菜合謀毒死葛品連的罪名。最終小白菜在劉錫同的酷刑折磨下承認：她在當月初五從楊乃武手中得到砒霜，初九將砒霜下到桂圓洋參湯中毒死了葛品連。劉錫同在得到小白菜的供詞後立即傳訊了楊乃武，楊乃武則聲稱十月初九自己壓根不在餘杭縣，所以根本就不具備任何作案時間。
這時劉錫同就打算用對待小白菜同樣的方式逼楊乃武認罪，然而當時的刑律中有一條規定：不得對有科舉功名的人用刑，於是劉錫同就向杭州府呈報了請求解除楊乃武的舉人功名的公文。可就在他派出向杭州府呈送公文的衙役剛走當晚劉錫同就連夜對楊乃武進行了嚴刑拷打，可無論他怎麼打楊乃武就是不招供。在這樣的情況下劉錫同將自己認定的楊乃武與小白菜通姦合謀殺人的審訊結果上報杭州府並請求定案。
杭州知府陳魯在接到劉錫同呈報的公文後做出了維持原判的決定，隨即又將此案上報浙江巡撫楊昌濬，楊昌濬同樣維持了原判決並將其上報刑部請求核准死刑判決。至此案件似乎已成定局，然而楊乃武的姐姐楊淑英和妻子詹氏始終對判決不服並堅持上訴，此後兩年間各級官府層層袒護——根本沒啟動重審程式就宣佈維持原判。換了其他人可能也就放棄了。
可楊乃武應該感謝他的姐姐，儘管一再碰壁卻沒令楊淑英放棄為弟弟的案件而努力。在這一過程中楊淑英得到了當年和楊乃武一起檢舉揭發劉錫同的同年好友們的幫助，儘管這些人在政治上無權無勢，但畢竟有科舉功名在身，在當地多屬大戶人家，面對整個大清官場官官相護的局面他們也廣泛發動自己的關係網製造輿論，終於有一個大人物被他們納入到這個關係網中。
因協助左宗棠平定太平天國有功而被授予官爵的紅頂商人胡雪巖家中有一個名叫吳以同的西席（就是我們今天所說的家庭教師），此人正是和楊乃武一同考取舉人功名者，他對楊淑英矢志不渝的精神大為感動，於是就和胡雪巖談了這個案子。胡雪巖儘管是一個有較大影響力的大人物，可他畢竟是一個商人，雖被授予了官爵，但更多隻是一種榮譽象徵，對案件本身他是無法加以干預的。
不過胡雪巖好交朋友，事實上他能從一個小夥計一步步成為紅頂商人離不開身邊一群朋友的幫助，這時胡雪巖的朋友中不乏在京身居高官者。在這其中就有一位叫夏同善的時任刑部侍郎（相當於現在的國家司法部副部長）。夏同善在和胡雪巖就案件進行交流時又發生了一件事：楊乃武的妻子詹氏因上告失敗反而獲罪被拘，楊乃武的同科舉人汪士屏聯合士紳上書刑部辨冤。
夏同善認為：無論楊乃武一案真相如何，詹氏不過是替自己的丈夫上訴，即使楊乃武有罪也與她無干，當地官府如此急迫想要定案莫非真是想掩蓋什麼。夏同善考慮一番後駁回了浙江巡撫呈報的判決公文，隨後請得了命浙江三大憲會審的諭旨。夏同善的介入對案件走向造成了重大影響：首先他作為相當於國家副部級的高官級別足夠高，其次他所任職的刑部正好管著這案子。這就應了那句老話“現官不如現管”。
在得知弟弟的案件被髮回重審之後楊淑英懷抱侄兒去省城探視畢秀姑（也就是小白菜）。這次探視後畢秀姑隨即翻供，這時從浙江巡撫楊昌浚以下的各級官吏為保護自己的顏面和頂戴下令用刑，試圖以此阻止畢秀姑翻供，這一行為引起了在旁觀審的浙江士紳的眾怒，於是他們群起反對用刑。在這樣的壓力下楊昌浚不得不暫緩用刑。楊乃武的姐姐楊淑英深知楊昌浚在會審現場只是迫於眾怒難犯而暫緩用刑。
可只要畢秀姑一押回牢房少不得又是一頓嚴刑拷打。這樣下去畢秀姑未必不會屈打成招，那麼自己好不容易才讓畢秀姑翻供的全部努力就將前功盡棄。楊淑英想到這兒就趕緊去找楊乃武的同科舉人們想辦法，這時當初幫楊乃武的妻子詹氏伸冤的汪士屏聯合了十八個同科舉人聯名向都察院控告。與此同時吳以同則將楊淑英引薦給胡雪巖，胡雪巖當即給了楊淑英一百兩銀子讓她進京告御狀。
來到京城的楊淑英前去拜訪了夏同善，夏同善帶著她一一叩見了在京當官的三十多名浙江籍官員。在夏同善的建議下楊淑英把自己的訴狀分別投給步軍統領衙門、刑部和都察院等多個衙門，從而儘可能擴大案件的影響力。楊乃武與小白菜一案經過這番波折已拖了數年。此時同治皇帝已然駕崩，在慈禧的運作下光緒皇帝得以繼承大統，而這時的夏同善正是光緒皇帝的師傅。
夏同善找到了光緒皇帝的另一位師傅翁同龢和光緒皇帝的生父醇親王奕譞，二人在瞭解案情後認為其中確有冤情，翁同龢隨即跑到刑部衙門要求調閱案件卷宗。時任刑部尚書（相當於司法部部長）的桑春榮卻不肯給他看，林則徐第三子林拱樞時任刑部坐辦、主事、員外郎，他冒著得罪頂頭上司的風險將卷宗調出來送到翁同龢的府中。翁同龢在檢視卷宗後於次日早朝時請求兩宮皇太后將案件責令刑部重審。
儘管夏同善時任刑部侍郎，又是皇帝的老師。可刑部的一把手畢竟是時任刑部尚書的桑春榮，他當場拒絕了翁同龢要求重審的建議。這時楊淑英投遞在步軍統領衙門和都察院的訴狀發揮作用了。汪士屏的哥哥汪樹棠正在都察院任職，於是他出面建議重審此案。當時光緒皇帝年幼，朝政大權實際掌握在兩宮皇太后手中，而在兩宮皇太后中慈禧則相對較為強勢，那麼當她面對這兩派人馬的紛爭時如何處置呢？
事實上老佛爺真正所關心的並非楊乃武和小白菜這樣兩個小人物的命運，她所在意的其實是自己的權力。那麼這樣兩個小人物是如何與老佛爺的權力掛鉤的呢？我們不妨先看看當時的浙江巡撫楊昌濬的出身：楊昌濬是湖南省長沙府湘鄉縣人，是湘軍鼻祖曾國藩的同鄉，他自己也是湘軍的骨幹成員之一。因為跟隨曾國藩、左宗棠平定太平天國有功，所以被封為浙江布政使，後來又升任浙江巡撫。
清朝的傳統軍制以八旗軍和綠營軍為主，然而這兩支軍隊在鎮壓太平天國的過程中都充分暴露出其腐朽不堪的本質，所以在剿滅太平天國的過程中以湘軍、淮軍為首的地方團練武裝勢力開始做大。自身腐朽沒落的清政府在鎮壓太平天國時不得不倚重地方勢力，不過清政府對地方勢力的做大多少還是心存戒備的。在鎮壓太平天國的過程中以曾國藩為首的湘軍勢力幾乎控制了作為朝廷財賦重地的整個江南地區。
湘軍是以鄉黨宗親為紐帶建立起來的頗具地方色彩的軍隊。湘軍將宗親關係作為建軍方式。儘管湘軍在名義上也是清王朝的軍隊，然而湘軍計程車兵只對自己的上級效忠，實際上是一支地方私人武裝。太平天國被鎮壓之後湘軍和清政府之間的關係就變得頗為微妙了。湘軍中有些人擔心功高震主難免落得兔死狗烹的下場，所以他們就勸曾國藩自立為帝。儘管這件事最終沒成為事實，但清政府對湘軍勢力的強大是有所戒備的。
湘軍在攻破太平天國的天京城（今南京）後曾對太平軍積攢在天京城的財物進行過搜刮，這時他們已將江浙地區視為自己的地盤：在他們看來這是合情合理的，畢竟他們為收復天京流過血。清政府在剛平定太平天國時還不得不對湘軍勢力進行安撫，所以包括楊昌濬在內的一大批湘軍系統出身的官員幾乎完全佔據了江浙官場。1868年慈禧以委派曾國藩處理天津教案之名將其從江南調離。
慈禧隨後委任與湘軍無關的馬新貽為兩江總督，然而在1870年發生了轟動一時的張汶祥刺馬案：身為清王朝一品大員的兩江總督馬新貽居然被張汶祥當街刺殺。當時有人猜測此案與湘軍勢力脫不了干係，在此我們不去過多探討刺馬案的真相問題，但可以肯定的是：刺馬案後朝廷裁撤湘軍在江南地區的勢力的工作只能暫時放緩。儘管放緩了削弱湘軍勢力的工作，不過放緩並不等於放棄。
慈禧一眼就瞧出那些在京的浙江籍官員們對楊乃武與小白菜案如此上心的原因其實就是看不慣把持浙江官場的湘軍系官員，以她的老謀深算自然知道這是維持兩派勢力均衡以強化自己的權力的天賜良機，於是她釋出諭旨要求重審此案。光緒二年（1876年）楊乃武與小白菜一案由刑部尚書桑春榮親自主審，由刑部任職六十年的老仵作開棺驗屍確認小白菜的丈夫就是病死的。
慈禧太后趁機在浙江官場掀起了一場地震：餘杭知縣劉錫彤被革職後發配黑龍江寧古塔。杭州知府陳魯、寧波知府邊葆誠、黃岩知縣鄭錫皋、嘉興知縣羅子森、候補知縣顧德恆、候補知縣龔世潼全部革職。作沈祥杖打10次並判刑2年。劉錫彤家的門丁沈彩泉杖打100次並判處流放2000裡之外；浙江巡撫楊昌浚、浙江學政胡瑞瀾等人也都被革除職務。
楊乃武與小白菜一案導致130多位大大小小的地方官員被革職查辦。至此這樁延續長達3年又5個月的案件終於塵埃落定。慈禧太后也就此成功將江南官場從湘軍手中收回。作為案件當事人的楊乃武與小白菜在此之後則失去了利用價值：小白菜被押解尼庵削髮為尼；楊乃武雖保住了命，卻已一身傷殘，連舉人功名也不準恢復。由此反證慈禧壓根就不關心這兩個小人物的命運，只不過是將其視為自己在政治上的工具而已。
楊乃武與小白菜一案充分證明：在那個年代要平反一樁冤假錯案是何其艱難。楊乃武的幸運之處在於他得到了無數貴人相助：胡雪巖、夏同善、翁同乃至當朝太后都在他的案件中起到了一定的推動作用。在整起案件這楊乃武始終不是一個人在戰鬥：他的姐姐和妻子、同窗一直在為他奔走相告，整個江南士林都在為他爭取，又恰逢朝廷有意藉此案震懾地方督撫。
所以楊乃武與小白菜一案是在這樣一系列因素共同作用下才得以翻案。那麼換成其他沒楊乃武這麼多人脈關係的普通百姓蒙受了冤屈又會如何呢？事實上還別說是沒任何資歷北京的平民百姓，就連有官職在身者都有蒙受冤屈而無法申訴的。同治六年（1867年）臺灣彰化縣的林文明案就是一個典型的例子。林文明出身的霧峰林家與基隆顏家、板橋林家、鹿港辜家、高雄陳家並列為臺灣五大家族。
霧峰林家的林文察、林文明兄弟曾參與平定太平天國與戴潮春民變。林家在臺灣家大業大，又是清政府的有功之臣，可仍因為得罪官府而被誣告霸佔他人產業及擄掠女子。案件才1869年9月審理到1870年4月始終沒什麼確鑿證據足以定案，誰知這年4月17日候補知府專員凌定國在沒任何新證據的前提下在公堂上下令當場斬殺林文明。此後林家連續兩代人四次上京控告，然而此案最終還是不了了之。
楊乃武與小白菜案除了有貴人相助以及恰好碰上慈禧太后有意整肅浙江官場的有利時機之外還有一股推動力量就是當時的媒體。楊乃武與小白菜案發生時正是報紙這種近代新式媒體在中國誕生之初：上海《申報》自同治十三年刊登《記餘杭某生因奸謀命細情》始至光緒三年五月發表《餘杭案犯屍棺解回》為止對此案作了長達三年的報道，發表新聞、評論六十餘篇。
美國漢學家歐中坦教授曾評價道：楊乃武一案能夠廣泛傳播乃至沉冤昭雪“在很大程度上要感謝《申報》充滿活力的記者”。不過《申報》對案情的還原並未完全到位，尤其是對小白菜的描寫就失之偏頗。在整個案件中小白菜由始至終完全沒任何話語權。後來小白菜能得救僅僅是因為葛品連被查明確實是病發身死，而她本人在案件審理期間到底發表過什麼言論是我們根本無從知曉的。