在論及清末文官制度變革值得肯定和有繼承價值的經驗之時，也
毋庸避諱其變革教訓之處，更毋庸迴避其變革的歷史侷限性。
清末文官制度變革的教訓主要有三點：一是制度變革的非漸進性，二是制度變革的非適度性、三是制度變革的非完全國情適應性。
制度變革的非漸進性
清末文官制度變革具有系統性，這是其優點。
但在系統變革的過程中，清廷採用的變革方法則過於激進。除對部分傳統文官制度規範在微調的基礎上予以保留外，其餘制度規範基本上是採用“休克療法式”的變革方式對其予以變革，最為典型的就是對科舉的停廢。
其實，
劉坤一、張之洞等人在“江楚會奏”三折中所體現出來的變革理念是較為穩妥的
，就是一種漸進式的變革，其並未提出要對文官制度，特別是科舉制度要採取休克式的方法予以變革。
清廷在本意上也不贊同對文官制度採用激進式的方法予以變革
（具體可詳見本文第二章相關內容），且“新政”時期的大多數權臣都傾向透過循序漸進的變革實現文官制度的近代化。譬如，清末重臣端方就主張漸進式改革。
隨著“立憲預備”的推行及自革命黨反滿共和革命學說成為年輕一代的潮流話語後，漸進式改革逐漸走向歷史深處
。在這種大背景下，“畢其功於一役”式的改革路徑遂成為改革的最終選擇。
這種改革路徑的選擇，不但激進，且體現出了當時占主導地位的線性變革思維。
所謂“線性變革思維”，用最簡單的話語表述就是，變革只要採取照搬近代西方文官制度內的先進制度規範即可，至於被照搬的制度規範背後的時間進化、因果關係等變數因素則不在考慮範圍內。
當然，
清末朝野這種線性變革思維指導下的文官制度變革，其仍然有追求國富民強的主觀目的，這點是不能質疑的。
但為達致該目的而採用線性變革思維去指導改革並加以實踐，這往往造成一種追求短期利益最大化的急功近利性，其結果對社會整體造成的傷害也是最大的。
清末科舉立停後，所產生的最淺表的社會效益就是新式學堂教育獲得了空前發展。
據統計，科舉停廢前的1904年，全國新式學堂僅有4476所，但到科舉停廢后的1906年，全國新式學堂猛增至23862所、學生計545338人，到1907年則發展到37888所，計1024988人；1908年則為47955所，計1300739人。
新式學堂數量的猛增，也導致了學生知識結構的改變。
又據統計，清末時期新式學堂裡教授傳統經典經義知識只佔27。1％，而理科知識則佔72。9％，“新式知識分子應運而生”。
但停廢科舉以發展新式學堂的這一變革措施，卻在
無意間製造了近代中國第一個較為深層的社會危機效應
，那就是傳統中國士紳階層的瓦解。
客觀分析，傳統中國的科舉制度並不僅僅是一種選官制度，更是一種充當傳統中國社會向前發展的政治動力。
科舉制度下所造就出來的人才，並不僅僅是知識分子，更多的是一種士紳階層。
“士紳”的職能就是代表國家在最基層傳播法令和國家所認可的道德教化
，其作用於國家的超穩定，具有不容小瞧的意義。但由於科舉的驟然停廢，本由科舉造就的“士紳”階層，再無出現的可能。
“士紳”的消失則代表著中國傳統“四民”社會的徹底瓦解
，其結果導致中國社會階層的更大程度的重組，進而導致中國鄉村社會急劇衰落。可以說，科舉使整個封建社會的資源得到了有效的整合，更使整個社會安寧有序。
對於寒門士子而言，科舉為改變命運提供了機會，為其實現上升性社會流動創造可能，
既是平民積極進取的內在動力，更已內化為寒門士子的精神信仰，也是其對既存社會制度保持容忍的最後底線。
清代科舉考試內容主要為四書五經，這也是新式知識分子對科舉選官制度詬病的主因。
但我們也不能忘記的是，四書五經乃是儒家的經典教義，其在傳統中國為官方意識形態，併成為封建統治者統治中國的精神支柱。
將四書五經等儒學經典教義與科舉選官考試內容相融合，是傳統中國統治者傳播官方意識形態的最佳路徑
，進而使統治者找到了政治統治與意識形態一體化的手段。
但科舉驟然停廢，使得官方的意識形態再無憑藉，更使官方意識形態統治地位逐漸弱化。
科舉停廢，更標誌著中國人在某種程度上開始嫌棄和否定中國傳統文化
，其結果導致時至今日，中國人都在尋找中國的“傳統文化”。
當然，
不否認四書五經等儒家經典教義有其“糟粕”之處，
但其精神實質仍有其合理之處，“全盤西化”未必是件好事。更不否認，新式學堂教育的出現確實推動了古老中國的科技文化向前邁進一大步，更造就出了一批為國家做出重大貢獻的新式人才。
我們可從清末文官制度變革的方式方法內汲取教訓，即
改革不能一味地盲目冒進，但也需防止以漸進式改革為藉口故意拖延改革的深入推進。
制度變革的非適度性
文官制度不僅屬於國家法律制度的重要組成部分，更是國家政治制度的重要內容，
其不僅關涉對國家公務人員的管理，也關涉國家權力的再分配等等問題。所以，文官制度變革，必須注意變革的適度性問題。
具體言之，這種適度性，既要把控住國家政體與國家行政體系之間的平衡性問題，也要平衡被裁撤機構之公務員與制度安置之間的平衡性問題。簡言之，
制度變革的適度性關注的重點就是變革的國家整體的承受能力問題。
清末文官制度變革雖具有系統性、前瞻性等優點，但由於變革的激進且未考慮國家的承受力，
貿然將一些根本性的制度予以變革
，這就導致新式問題層出不窮。
就科舉停廢問題而言，
雖將科舉停廢，在一定程度上促進了新式學堂教育的發展，
且也在一定程度上開啟了中國普通民眾的心智，但由於清廷只顧新式學堂教育，且僅憑政治激情就立即廢除科舉，這使得文官制度變革產生了一種國家社會難以承受的非適度性。
可以說，
新式學堂教育在一定程度上成了阻斷社會階層流動可能性“幫兇”，
並使皇權統治與文官體系產生了天然的隔閡，更使皇權權威逐漸喪失。
科舉驟然停廢，
極速地堵塞了一些下層社會的寒門士子向上流通的機會，這使其別無選擇地去尋找其它出路。
在這種情勢下，一些舊式寒門士子在潛意識中不自覺地怨恨起新式學堂的教育。
當然，這種對新式教育的怨恨可能為小部分寒門士子的個人私憤，但這也說明科舉立停後人心的不穩，社會動盪的火種就潛伏在那。更為關鍵的是，
在當時的社會背景下，這種怨恨具有傳導性。
改革是一個國家和社會能夠永續發展的動力，只有不斷地進行改革，整個國家和社會才能向前發展。
但
改革不能一味地冒進，而不關注國家和社會的自身承受能力以及被改革者的承受能力
，否則這樣的改革就會直接影響社會的穩定，進而導致國家的混亂，這也是清末文官制度變革給予我們的值得吸取的最大教訓。
變革後的制度規範非完全國情適應性
由於
清末文官制度變革是以線性變革思維方式進行的
，所以不僅表現出變革方法的激進，也變現出變革後的制度規範並不能完全適應當時中國國情。
近代西方文官制度在當時來看，確實具有相當的先進性。
但在移植近代西方文官制度的過程中，清廷線上性變革思維的指導下，並未對近代西方文官制度與近代西方國家之間的適應性作出認真考察和研究。
縱觀近代西方國家文官制度的形成過程，其從未缺少“時間”的支援，
並在“時間”的支援下，其文官制度在有堅實的物質條件和堅實的理論支撐下獲得成功的實踐。
譬如，近代西方國家文官，
特別是議員的選舉，由於有民主法治精神的支撐，加之有雄厚財力的保障，
其選舉往往表現出理性和平和，並能實現選舉的初衷。
但反觀清末時期的中國，情形就完全不一樣。由於漫長的封建社會意識形態的侵浸，皇權主義、家族主義已內化為國人的血液內。
雖有部分國人出洋接受西學的洗禮，但這種內化為國人生活一部分的意識形態則是在短期內無法根除的。
因此，在這種情勢下驟然在短時間內搞民主式的選舉抑或採取西式的方法選拔、任用官員，則
顯然不能完全適應當時的中國國情。
又譬如，在新式選官制度構建之初，清廷將學成考試與任官考試混為一談，並欲對其進行簡單嫁接。當其真正認識到“學成考試”與“入官試驗”之區別時，
由於缺少“時間”的支撐及沒有與當時國情相適應，其存在的問題也是不少。
值得延伸強調的是，當對清末文官制度變革作出評價時，人們難免會聯想到近代日本文官制度變革的成功。作為與近代日本文化具有極大相似性的清末帝國，則
在文官制度變革中摩仿一樣則“走樣一樣”，以致整個文官制度變革未能成功。
於此，在經過簡單比較後，很多人將其歸結於清廷統治者缺少改革的誠意抑或其僅是在做做樣子而已。其實，
對於過往歷史的評價，不能對其過於簡單化，更不能將過往歷史作一種片面的剪裁併將當時歷史語境予以簡約。
結語
近代
日本文官制度變革的成功，得益於其近代文官制度理念進化較早，
其在明治年間所進行的文官制度變革實際上是在近代日本德川時代變革的基礎上發展起來的，儘管其中存在較大的飛躍，但確有制度規範及其規範背後之文化上的連續性。
更為關鍵的是，
近代日本文官制度的變革之外在氛圍及其條件是非常良好的，
這不像清末時期的朝廷既要面對改革又要防止他人僭越國家統治。
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