嘉靖時期，巡按御史仍然對地方事務的管理起著重要作用，尤其是在尚未設定巡撫的地區。嘉靖十一年規定，奏報災傷是巡撫之事，但在特殊情況下，巡按御史仍可奏報災傷。嘉靖二十年九月，以災傷免浙江台州府屬六縣並台州、松門等衛所稅糧，所例仍命巡按御史設法賑濟。因為此時浙江巡撫罷而未設，所以特責巡按御史處理。在特殊情況下，巡按御史甚至可以專制一省，行使巡撫職權。

“惟浙江、福建素無撫臣，止是巡按御史專制。”在巡撫降調或者革職期間，巡按御史也可以便宜行事，暫代巡撫之職。嘉靖三十三年，令各處總督、巡撫，不拘邊腹遠近，凡遇升遷、丁憂，以去任者，俱一體候代。不得擅離，其或降調、革職者，許巡按御史以便宜行事。這些都是特殊情況下，明廷賦予巡按御史的特權，但也體現了巡按御史的作用。隆慶、萬曆以後，巡按御史的地位明顯提高。以前由撫按共同處理的事務，現在交由巡按一人來處理。如隆慶元年二月，浙江道御史李輔言：歲盤錢糧，撫按會同，事多牽制。請以京盤並於歲盤，一年一查。而歲盤錢糧，專屬巡按，不必會同巡撫，則事簡任專，侵冒之弊可免。

這一建議得到皇帝的認可。巡按彈劾巡撫時，更多時候偏向巡按。嘉靖十一年以前，巡撫、巡按經常互相奏訐。隆慶、萬曆以後，巡撫、巡按發生矛盾，一般另派官員勘察，多數偏向巡按。隆慶元年六月，“巡按御史陳省言劉秉仁，撫治鄖陽都御史，制御無策，並劾都指揮孫紹先、鄖陽知府介一清、襄陽府知府王可信、守備等官陽召等失事罪。兵部酌議以請，上令秉仁戴罪、紹先等住俸督兵緝捕、召等下御史逮治，以翀弭盜有方，令視事如故。”同年十月，巡按御史顧廷對劾奏巡撫大同都御史張志孝庸劣，不勝重任，宜罷。得旨，志孝調外任用。

隆慶三年，福建巡按御史陳萬言劾奏原任福建巡撫都御史阮鶚、王詢，南贛巡撫都御史範欽、楊伊志、陸穩、周滿各冒支邊餉、賂遺權奸事，下御史勘核。至是巡按福建御史王宗載以狀聞，戶部請行宗載逮治詢等，鶚、伊志家屬，其周滿事行江西巡按御史勘報，從之。巡按御史奏劾巡撫，巡撫被戴罪、調外任、逮治等處罰在隆慶、萬曆以後十分常見，這與嘉靖以前偏袒巡撫的處理辦法迥然不同，表現出在這一時期統治者更加信任巡按御史。甚至皇帝下諭鼓勵巡按御史如實監察督撫，不必避嫌畏事，如實彙報。萬曆十五年（1587年），神宗下諭：邊務夷情，朝廷惟責成督撫、總兵相機行事。

巡按御史止紀核功罪，不必避嫌畏事，致誤軍機。這一時期，巡按逮問武將的事例也比以往更多，顯示出統治者賦予了巡按御史更多的監督巡撫、總兵官的權力。嘉靖十一年規定，遇軍功只能由巡撫報捷，但萬曆年間也出現了巡按御史報捷的情況，萬曆十八年，兵科給事中薛三才言：“近日遼東捷報未必盡實，乞行該巡按御史嚴勘。部議，以遼陽報捷系巡按徐元具奏，唯按臣於辨驗首級之後，有核勘功罪之疏，乞敕速奏，以別真偽，從之。”巡按御史徐元報捷，政府並未對這一情況進行問責，只是派人對奏捷的內容予以堪劾，可見政府是默許了這一行為的。

但之後，政府又再次重申只允許巡撫報捷，且不許涉及巡按。萬曆七年四月，都察院題御史龔懋賢提出：巡撫、巡按職責各有所重，而事相關涉亦難以盡分，在考察官員時，撫按職任相同。出現問題和爭議時，撫按俱為憲臣，得以各自具奏。在皇帝和官員心中，撫按職權各有側重。有些情況下，撫按職權平等，不容偏廢。在出現爭執時，撫按觀點不必彼此一致，可以分別奏陳皇帝。巡按具有更大的獨立性，甚至與巡撫是平等的，這與嘉靖時期撫按地位懸殊是不同的。萬曆九年，張居正曾明晰撫按關係，提出：振舉綱維，察舉奸弊，摘發幽隱，繩糾貪殘，如疾風迅雷，一過而不留者，巡按之職也。

措處錢糧，調停賦役，整飭武備，撫安軍民，如高山大河，其潤一方而無壅者，巡撫之職也。近來撫按諸君不思各舉其職，每致混雜，下司觀望，不知所守，以故實惠不流。至於直指使者，往往舍其本職，而侵越巡撫之事，違道以幹譽，徇情以養交，此大謬也。張居正除了明晰撫按職權的不同之外，還指出巡按經常侵越巡撫職權，干預巡撫之事。