公元8年，王莽代漢建新，宣佈推行新政，史稱“王莽改制”
如前所論，西漢的覆亡很大程度上源於漢室無法完成改制以致太平的時代任務，因而被士大夫階層所拋棄，轉而支援王莽。但是王莽依照經義而舉行的改制在短短十幾年間遭到了徹底的失敗，這也意味著自元帝“純任德教”以來不斷高漲的儒家理想主義政治的完全破產。
政治現實要求繼起的政權迴歸西漢中期的理性行政，但同時也要求繼起政權崇儒尊經，任用儒者，團結士大夫群體。而這一點，更始政權和赤眉軍並沒有意識到，但劉秀卻看到了其中的關鍵。
故而當“王葬、更始之際，天下散亂，禮樂分崩，典文殘落”的時候，劉秀能夠“愛好經術，未及下車，而先訪儒雅，採求闕文，補綴漏逸”，於是“懷協圖書，遁逃林藪”的各地經師學士們，“莫不抱負墳策，雲會京師”（《後漢書》卷七十九《儒林轉序》）。
對於民意基礎並不廣泛，需要一面靠武力四處征伐，一面用爵祿招降納叛的劉秀集團來說，能夠形成這樣的局面著實不易。因此劉秀才急於在“宮室未飾，干戈未休”的狀態下議立博士，興起太學。
要知道當時社會上雖然有“人心思漢”的思潮出現，但是時間並不久，而且一開始人們所向往的是劉玄的更始政權，若不是其太過暴虐無能，劉秀未必能有機會。
而劉秀及其繼任者有一點與西漢諸帝的不同之處在於，西漢諸帝自武帝以來，雖然對儒學的推崇程度有所不同，但與儒者之間的關係都脫不了一個“用”字，皇帝本身不會參與到經學活動中去。
即使如石渠閣會議，也是由蕭望之主持，宣帝所提出的問題是由黃門侍郎梁丘臨整理後提出，即所謂“奉使問”，宣帝本人並沒有親身參與。《宣帝紀》所說的“上親稱制臨決”，很大程度上是由“蕭望之等平奏其議”，然後草擬製書，宣帝畫可而已。偶有分歧太大，蕭望之等人也評議不了時，才由宣帝親自裁斷。
然而這畢竟是極個別的情況，在絕大多數時間裡，西漢諸帝與士大夫之間的聯絡不過“利祿之途” 而已，即夏侯勝所謂“經術苟明，其取青紫，如俯拾地芥耳。經學不明，不如歸耕”（《漢書》卷八十八《儒林傳》）。
而東漢諸帝則不然，光武帝不但曾經在太學受《尚書》，而且時常與眾臣談論經義至深夜，建武四年正月議立《費氏易》與《左氏春秋》博士時，光武帝親自主持會議，範升與陳元反覆辯難，上奏十餘次，他也一一親自批閱。明、章二帝更是在辟雍親自講經，“諸儒執經問難於前”（《後漢書》卷七十九《儒林傳》）。
這絕非是光武太學出身，或是三帝個人喜好的原因。而是東漢的皇帝們在有意地透過這一系列的行為，將自己塑造成一個經生，一個士大夫的形象。
如果說光武帝與大臣談論經義還帶有一定的私人性質的話，那麼自明帝以後，講經禮已經成為定製，透過制度性規定不但將皇帝塑造成士大夫們中的一員，而且還要藉此樹立皇帝作為最高經師的文化權威地位。皇權不但要與士大夫相融合，更要領導士大夫，以避免西漢覆滅的情況重演。
退功臣而進文吏？
光武帝另一項重要的舉措就是所謂的“退功臣而進文吏”。
《後漢書·光武帝紀》將“功臣”與“文吏”相對，可知此處的“文吏”是與軍事功臣相對的文官群體，既包含了文法吏，也包含了經生儒者。
兩漢之際，士大夫政治正在興起，士大夫的入仕態度也更為積極，但與此同時，士大夫入仕的機會反轉而為難，這本是正常的現象，但如果掌控不好則容易引發士大夫群體的不滿。
而光武帝的建國道路也不同於高祖，光武帝即位之後全國範圍內還有十餘個割據政權，光武帝不得不一一征討，而且征討之後已經不能像西漢開國時那樣分封異姓王前往統治，只能是由軍事功臣們攻城略地，而後派遣文官去組織政府，建立政權。
這樣的背景下，無論朝廷還是地方，各主要官職都不得不由文吏出任。這也正是衛廣來師所說光武帝面臨的歷史大背景是士大夫政治興起，而東漢自身這樣的建國道路則是現實小背景。
在這樣的大小背景之下，光武帝所能選擇的餘地其實很小，最佳的選擇就是以高爵厚祿封賞功臣，同時將他們移出政府，而將所有官吏的職位全部留給文吏。
當全國基本統一後的建武十三年，光武帝就開始了全面的退功臣，進文吏改革，列侯不再擔任任何一級的政府官吏，西漢以來的宰相封侯制度徹底終結，官、爵完全分離，拓寬了東漢政權的社會基礎。
而此時全國大小文武官吏職位約十五萬個，原則上全部向列侯以外的社會成員開放，其對於入仕慾望高漲，但入仕難度大增計程車大夫群體的吸引力可想而知。
至此，光武帝透過興太學以號召，進文吏以招攬，講藝論道以融合，三管齊下，將士大夫與皇權捆綁融合為一體，實現了士大夫與漢室的重新結合。
然而，單純的結合還遠遠不夠，光武帝還面臨著其他棘手的問題。
首先，是政治現實要求他停止西漢後期以來“純任德教”而形成的理想主義政治，向西漢中期的理性化行政迴歸。其次，是士大夫政治的興起以及南陽集團的經學背景，都要求他繼續崇儒尊經，任用儒者，並且改革漢家制度中的“霸道”成分。
這是一組互相矛盾的要求。而另一方面，進用的文吏本身就包含了儒者與文法吏這一對矛盾。如果這兩對矛盾不能解決，勢必會嚴重影響東漢政權的穩定。
因此光武帝與明帝一方面大興儒學，闡揚經術，另一方面又“躬好吏事”（《後漢書》卷三十三《朱浮傳》），對於官吏以苛刻為能，迫使儒者兼習吏事，文法吏受學經術，從而促使二者合流，形成東漢計程車大夫階層，進而奠定此後士大夫政治的基礎。
反映到學術上，便是東漢的儒生們“不為放言高論，謹固之風起而恢宏之致衰，士趨於篤行而減於精思理想”，這樣的學風變化，自然不利於講求微言大義，重視明經致用的今文學。東漢古文學的興起，固然有今文學變質、僵化、墮落的原因，但社會上這樣的一種學風變化，所起到的關係亦不小。
另一方面，“退功臣”之舉實際上是終結了自商鞅以來以官職獎勵軍功爵的“霸道”，漢家制度中“霸道”成分的根基至此被徹底剿除，而儒者與文法吏的合流，又使得東漢的行政恢復理性路線。
可以這麼說，透過退功臣和儒者與文法吏合流這兩項，東漢告別了西漢後期以來的儒學理想化政治路線，恢復了西漢中期的理性行政，但同時又沒有重拾“霸王道雜之”的舊有政體，而是開創出了一個徹底計程車大夫文治政府。
然而這個士大夫文治政府又與西漢末年由經生官僚們所掌控的政府，在人員構成和政治路線之外，還有著一個本質的區別。
西漢的經生官僚們，雖然要面對宦官、外戚等各種政治勢力，然而其本身也是國家決策系統的一部分。東漢的文吏則與他們不同，雖然文吏佔據了政府的各級職位，但卻只是供職而已，並無權做主。
而功臣列侯雖然被屏退不得進入政府，但這並不意味著他們離開了政權，恰恰相反，許多功臣以奉朝請的身份留在京師，參與朝會，其中個別特殊功臣更被賜予特進之位，擁有議政大權。而代表他們權益的皇權，更是在這一時期愈加膨脹。