《水形物語》講述的是一個發生在美蘇冷戰時期的故事。

啞女艾麗莎內心對愛的渴望

艾麗莎是一個在政府實驗室的一名最底層的工作人員——清潔工，是一個能聽見但是不能說話也不漂亮的啞女。

她一個人獨居，和隔壁的落魄的同性戀男畫家是朋友，在工作上受到同事善良的黑人婦女澤爾達的照顧。

除了這兩個人之外，她的世界是與世隔絕的。

她的心非常孤獨，渴望得到愛，就像渴望那雙美麗的紅色高跟鞋。

艾麗莎和水怪

在一個偶然的機會，艾麗莎見到了被美國政府抓住要用來做實驗的水怪。

實驗室安全負責人理查德對水怪的殘忍虐待讓艾麗莎對水怪充滿了同情和憐憫。

她一次又一次的偷偷地潛入實驗室看望水怪，水怪喜歡上了艾麗莎給的雞蛋和播放的音樂，並用欣賞地目光看著艾麗莎跳舞。

在音樂中，不能正常表達的兩個生物，就這樣慢慢相愛了。

艾麗莎的心燃起了愛火，整個人變得愉快、雀躍，原本綠色的髮帶悄悄換成了紅色，腳上也穿上了那雙紅色高跟鞋。

實驗室的一位研究員是蘇聯安插在美國的間諜，研究員向蘇聯政府報告了美國實驗室研究水怪的事情。

理查德對艾麗莎提出性要求

理查德用淫威控制著實驗室的一切，只有水怪和艾麗莎沒有屈服於他的淫威。

他妄圖用虐待的方法來換取水怪服從，但是換來的卻是水怪對他的攻擊；他利用上司的身份對艾麗莎提出性要求，並告訴艾麗莎，不是因為喜歡艾麗莎而是為了享受使啞女喊出聲來的征服的感覺，充滿了對艾麗莎的蔑視。

艾麗莎感到了恥辱和憤怒，憤然拒絕。

水怪雖然受盡折磨但是依然不服從於他，所以他向美國政府進言為了趕超蘇聯的科技發展，他要求活體解刨水怪進行研究。

他對艾麗莎的做法是時刻盯著，找機會下手。

蘇聯政府給研究員間諜的命令是毒死怪獸，讓美國人研究不成。

水怪成了美蘇冷戰的犧牲品。

但是研究員間諜卻憐惜它是條生命，不忍活體解刨它，也不忍毒死它。

水怪在艾麗莎家的浴缸裡

艾麗莎在得到水怪要被活體解刨的訊息後，心如刀扎，極力勸說男畫家和自己一起去救水怪。

她認為水怪是和她一樣的存在，不能說話，身體上有著缺陷，無法讓別人完全瞭解自己的感受和想法，內心充滿了孤獨。

她哭著對畫家比劃手語：“如果不救他，那我就不是人。”

但是畫家不能理解她的想法，最後還是同意幫助艾麗莎。

在艾麗莎做營救準備時，被研究員間諜發現了，間諜在營救行動的最關鍵時候幫助了艾麗莎和男畫家。

水怪終於被解救出來，躺在了艾麗莎家裡的浴缸裡。

艾麗莎和水怪

水怪和艾麗莎，孤獨的、有缺陷的兩個，終於走到了一起。

艾麗莎在上班時穿上了幸福的紅衣服。

水怪隻身跑出去卻被電影吸引，回來時對抓傷了男畫家和吃了他家的貓對男畫家表示歉意，它會聽音樂，還學會了艾麗莎的手語，它就是一個人啊。

畫家因此明白了艾麗莎的話“如果不救他，那我就不是人”，他接納了艾麗莎和水怪的感情。

他建議水怪留下來和艾麗莎在一起。

查理德

查理德因為丟失了水怪而被上司訓斥和威脅，查理德害怕失去強權而瘋狂尋找水怪。

研究員間諜因為沒有執行蘇聯政府的命令而被殺害，臨死前還受到了查理德的虐待。

殘忍的查理德查到了水怪的下落，一個他最瞧不起的啞女能突破他設定的嚴密的守衛救走水怪，讓他受到了失敗的重創，他開始了瘋狂的報復。

艾麗莎和畫家帶著水怪逃到岸邊，不甘失敗的查理德追到岸邊，開槍射殺水怪和艾麗莎。

水怪在中彈後不久就甦醒過來，在暴擊查理德之後，抱起已經死亡了艾麗莎跳入水中。

美好的人魚愛情

在水中，就像在童話故事裡一樣，水怪救活了艾麗莎，他們終於生活在一起了。

沒有冷戰、沒有強權、沒有孤獨、不再被鄙視、不再被虐待，不再成為犧牲品，兩個有著各自的缺陷的生物幸福地生活在一起了。