從建築的角度看，祖廟是一組建築藝術高超，裝飾工藝精美的具有嶺南特色的建築群。南北中軸線由萬福臺。靈應牌坊。錦香池。鐘鼓樓。三門。前殿正殿。慶真樓等建築物組成。其整體佈局規整莊嚴，疏密有致，亭臺廊榭的設定嚴格遵守中國古代園林建築的原則，以藏和露的巧妙辯證讓遊客覺得其內部空間含蓄、內斂、複雜、神秘繼而產生肅然起敬之感。

是祖廟裡的重要建築，始建於明朝景泰2年，因明景泰皇帝將祖廟賜封為靈應祠。所以牌坊施工構建格外講究。壯麗異常。牌坊建築為三樓三層式，威嚴聳立，簷柱間大量施用斗拱，飛簷疊翠，飄逸凌雲。正面頂層正中有豎書“聖旨”二字匾。下層橫書。“聖域” “靈應”二字。背面頂層豎書“諭祭”二字匾。硃紅的木結構映襯著貼金大字。配以綠色琉璃瓦上蓋，使整座牌坊顯得輝煌奪目。風骨凜然且結構極為堅固，曾經承受過十二級的颱風而安然無恙。錦香池位於靈應牌坊前，於明正德八年開鑿。初為土池。清雍正年間改建為石池。池中有象徵北帝的石雕龜蛇像。每一位到祖廟的遊客都會往池中的石雕龜蛇像投硬幣。據說，投中的越多則財運越好。三門是整座神廟的門面，建築非常考究。面寬九開間，頂端有一條1米多高30米長的陶塑人物瓦脊，簷下是貼金木雕，中間是紅色沙岩圍牆並排配以三個進深為一米的圓拱門洞，下為石砌抬級，整個建築壯麗威嚴。