王安石第二次罷相後，宋神宗任命了舊黨出身的吳充為宰相，這讓新黨在朝中的統治形式岌岌可危。一方面是因為王安石和呂惠卿相繼離任，使得新黨內部群龍無首，出現分裂跡象。另一方是吳充上任後力圖起復以司馬光為首的舊黨，廢除王安石的新法。在這種情況下新黨面臨著重大危機，甚至有可能因為舊黨的迴歸而分崩離析。新黨想要繼續下去，必須要有一位新的領袖站出來團結所有官員，阻止吳充和司馬光的計劃，從舊黨手中奪取朝廷的控制權。於是在這可以稱之為歷史轉折點的時刻，新黨的第三位領袖出現了，那就是蔡確。
蔡確本是韓絳出任陝西宣撫使時看中的官員，他推薦給弟弟權知開封府韓維。韓維因獲罪貶謫外放後，反對變法的保守派官員劉庠接任了開封府。蔡確因為不滿開封府的一些陋習與劉庠發生衝突，於是名聲大噪，受到王安石和宋神宗的看中。蔡確先被王安石推薦為三班主簿，然後又被御史中丞鄧綰舉薦為監察御史裡行，逐漸的走入了新黨的核心要員行列。王安石第二次罷相後，新黨內部紛爭不斷，蔡確便趁機崛起。他先是彈劾同為新黨的三司使沈括，然後又主導了引發宋朝官場地震的相州案，奠定了其新黨領袖的地位。
蔡確彈劾沈括的事情前文已經有了詳細剖析，本章節不再贅述。但此時產生的一個影響便是他從眾多的新黨要員中脫穎而出，成為了新黨新的具有標誌性的官員，也有了一定的影響力。正因為如此，他才在宋神宗心中留下了深刻的印象，為後來介入相州案奠定了基礎。
相州案在宋朝非常有名，是宋神宗時期引發黨爭的兩大著名案件之一，與其起名的便是蘇軾的烏臺司案。這個案子本是盜竊傷人的小案，根本不值一提。但是在蔡確介入後玩出了精彩的效果，引發了宋朝官場的大地震。而蔡確也透過此案將舊黨高層一網打盡，藉此成為了新黨的領袖人物。
這個案件在歷史上非常有名，它本個是小案子，卻讓蔡確玩出了精彩的效果。案子出自於相州，本是一個簡單的搶劫殺人案，案情並不複雜。據說是一個強盜帶著兩個徒弟搶劫，強盜吩咐徒弟，如果有人出來阻止就將其殺掉。有次強盜在搶劫過程中遇到了鄰居勸阻，這鄰居也能奇葩，沒有動手，只是嘴上勸阻。但強盜的徒弟還是把這個鄰居殺了，於是這風格強盜團伙被官府追捕。強盜團伙被捕後很快按照宋朝法律進行了審判和處理，師傅和徒弟都被判了死刑。按理說殺人償命天經地義，可在宋朝的法律上卻引發了爭議。
因為在量刑時遇到了個關鍵性問題，兩個徒弟是主犯還是從犯。按照熙寧新法規定，主犯要判處死刑，從犯可以減免。如果從犯到案後主動檢舉揭發，也可以免除死刑。相州主管此案的官員叫陳安民，他將兩個徒弟作為主犯判處了死刑，刑部也沒駁回，案子就定下了。這個案子送到朝廷後，就有複核的司法官員提出異議，認為兩個徒弟應該是從犯。而且他們到案後有揭發檢舉的情節，不能夠判處死刑。這個案子被中書刑房堂後官周清提了出來，引發了宋朝司法系統的爭執，其中爭執最激烈便是主管司法的大理寺和負責複核的中書刑房。
對於周清的質疑，宋神宗把案子發給了大理寺處理。大理寺的詳斷官竇平和詳議官周孝恭對周清的意見表示反對，他們認為徒弟殺人雖然是師傅吩咐的，但被殺的鄰居並沒有武力反抗的動作，所以不在師傅吩咐的範圍內。因此他們認為徒弟殺人是自主動手，並不是從犯，而是該以主犯論處。他們複核的結果是相州陳安民的判決不存在問題，同時他們又得到了周清的上司中書刑房檢正公事劉奉世的支援。周清對此不服再次告到宋神宗面前，宋神宗又將案子丟給了刑部，而刑部這次卻支援了周清，認為相州案判決失誤。
正當大理寺、周清和刑部對此案發生爭執的時候，案件卻有了新的變化。根據皇城司的密報，相州的司法官潘開來帶著三千貫錢到了東京，向大理寺的官員行賄，希望這個案子能夠平息下來。於是案件性質從最早的盜竊殺人，到判案錯誤，變成了行賄和徇私枉法。這事被報給宋神宗後，宋神宗指派開封府進行審理。經查陳安民得知朝廷在複審這個案子，便派了繼任者潘開來到東京拿錢疏通，同時又寫信給東京的朋友找機會幫他平事。潘開來到了東京後，找到一個司農寺叫高在等的相州官員，請他到大理寺走門路。
開封府審理後發現，高在等並沒有走通大理寺的門路，而是把潘開來的錢給吞了。他們認為大理寺對相州案的判決沒有受到外界的干擾，是依據法律和客觀事實斷案，應該給予支援。事情辦到這裡，按理說大理寺定下來的案子，周清是很難推翻了。周清作為王安石提拔起來的新黨要員，很快請出了大神，這便是蔡確。蔡確認為這個案子涉及到很多高官的利益鏈，開封府沒有資格審理，需要提高到御史臺。蔡確的說法並不是無事生非，因為相州主審陳安民是前宰相文彥博的小舅子，而文彥博的兒子文及甫則是大理寺評事。
順著這條線索往下理，文及甫還是當朝宰相吳充的女婿。同時又有人曝出，相州案發生時的相州知州是三司副使韓忠彥，他是前宰相韓琦的兒子。當時審理相州案的除了陳安民，韓忠彥也是有所參與，並且在判決上簽字。於是相州案背後被扯出個巨大的關係網，而且牽連到一大批的宰相二代。最為讓蔡確得意的是，這些宰相二代的父輩，都是舊黨的核心領袖人物。於是在時任副相王珪的推薦下，宋神宗讓蔡確來主審這個案子。蔡確上任後，第一時間派大理寺丞劉仲弓把前面涉案的所有官員都抓起來投入獄中。
蔡確沒有采用刑訊逼供的方法，而是把這些官員和死刑犯統統關在一起，放在條件極差的牢房中，吃喝拉撒睡混雜在一起。白天他就把這人拉出去曬太陽，太陽落山便送回牢房。吃的東西也是最差的牢飯，這些官員很快便受不了了，紛紛招供初不少事實。最奇葩的是，蔡確還製造刑訊逼供的假象，用來騙別的御史臺官員。然後御史中丞鄧潤甫便提前到宋神宗面前告狀，說蔡確刑訊逼供。宋神宗於是又派知諫院黃履、勾當御藥院李舜舉複查蔡確的審訊過程。但複查的結果是蔡確沒有刑訊逼供，所有案犯和官員口供屬實。
其實蔡確這裡面玩了個花招，史書上說這叫作鍛鍊成獄。他知道宋神宗會派人複查，所以天天找這些罪犯反覆錄口供。凡事有翻供跡象的官員，都被他拉出去反覆折騰。一來二去的這些官員都麻木了，期盼著趕緊結束回家，於是也就沒有了抵抗意志。等複查的官員過來，他們根本分不清是不是蔡確在搞鬼，只能按照之前的口供複述。於是宋神宗對鄧潤甫非常不滿，對蔡確卻更加信任，將審案大權全權交給了蔡確來辦。蔡確利用這個機會敲開了這些案犯的嘴，將當朝宰相吳充捲了進去，讓整個舊黨高層損失慘重。
在蔡確的口供中有很多對舊黨不利的供詞，這些供詞構成了舊黨官員結黨營私和徇私枉法的證據鏈。比如陳安民曾經寫信給吳充，希望他在這個案子上關照。文及甫供詞中也承認給吳充打過招呼，吳充答應關注這個案子。文及甫還供稱，曾囑託太常博士吳安持過問相州案。吳安持不僅僅是吳充的次子，而且是前宰相王安石的女婿。同時中書刑房檢正公事劉奉世在口供中承認，暗示大理寺法官按照自己的意思斷案。而這位劉奉世正好是吳充當樞密使時的部下，他調入中書刑房也是走的吳充門路。他為大理寺和相州說話，是收到吳安持的請託。
於是關於相州案的一條利益鏈擺在了宋神宗的面前，也將舊黨高層一網打盡。文彥博的小舅子陳安民和韓琦的兒子韓忠彥在相州案中判決失當，被中書刑房的周清上告。陳安民怕案子被推翻，一邊讓潘開來到大理寺行賄，一邊託外甥文及甫給姐夫吳充送信。吳充得到這個資訊後答應對此案予以關注，同時文及甫又讓吳安持向劉奉世請託。劉奉世暗示大理寺官員竇平、周孝恭將周清的質疑駁回，拒絕重新審理很判決此案。案子雖然不大，但卻形成了舊黨徇私枉法的鐵證，於是舊黨從上到下被擼了一遍，蔡確還窮追猛打。
於是涉案的所有官員貶官和懲處，被牽連進去的吳充、文彥博、韓琦等宰相級大員顏面掃地。吳充本來還跟司馬光謀劃著起復舊黨，將之前被貶謫的舊黨官員召回朝廷。這個案子一出，舊黨結黨營私的形象暴露，各種謀劃都進行不下去了。而吳充也因為這個案子坐不穩宰相之位，案子了結後不久便選擇了請辭退出政事堂。蔡確成了案子中的最大受益者，也成了新黨的領袖人物。他先出任御史中丞，然後又出任參知政事，成為繼王安石和呂惠卿之後的第三位新黨領袖。後來還在元豐改制中成為次相，掌控朝廷的大權。
這個案子可以說是蔡確這輩子最為高光的時刻，讓他獲得了最大的政治收益，也為他在元豐改制後出任次相奠定了基礎。但也因為這個案子蔡確譭譽參半，還被舊黨人釘在歷史的恥辱柱上，被認為是奸臣的代表。從他個人的意願來看，作為激進派的新黨，是主動進行名利與權勢的交換。
在王安石和呂惠卿罷相後，新黨內部分裂，局面不穩的情況下，他透過此案不僅贏得了宋神宗的信任，也重新團結了新黨，可謂是名利雙收。至於被認為是奸臣，而且受到舊黨痛恨的副作用，他是不屑一顧的。只要能登上相位掌控權勢，個人身上的一些虛名他是不在意的，犧牲了又有何妨？