嘉靖時期在軍隊的教育與管理已經形成了完備的制度與體系，從朱元璋時期的思想控制體現在思想政治教育上之後，到嘉靖時期已經形成了完備的思想控制體系。首先興辦武學、武儒學。嘉靖十五年四月，改建武學於皇城西隅大興隆寺舊地。二十一年，題準：直隸金山衛學，添設稟舍二十名，貴州普定等十三衛，各添設廩膳生源二十名。而在洪武二十九年，禮部請立武學、開武舉，上不許，曰：“是歧文，武為二也。武學在洪武年問是被禁止的，但是在嘉靖時期被髮揚光大，這個從史料上來說是有多方面因素的。
洪武將領人才輩出
首先，洪武年間的將領大多是元末朱元璋的老部下，除開極少數功勳武臣恃功驕橫之外，大部分武臣都能安分守紀、精忠報國；從另一方面來說，其領兵、帶兵的技能都是較強的；嘉靖時期的衛所軍基本已經癱瘓，明朝軍官腐敗也較為嚴重，朝廷缺乏的是能領兵又忠心報國的將領，這就需要武學以及武舉來為國選拔人才；其次，在這一時期湧現出的傑出將領眾多，他們的帶兵思想、思想教育都成為明軍的典範。
俞大猷、戚繼光、程中鬥、吳修齡等人的軍事思想對當時和後世都有很大影響。他們強調個人品備修養，發揮經世致用思想，充滿愛國情操，積極向上精神，則是‘脈相承的。俞大猷被稱為“儒將”。其練兵非常重視思想教育和軍紀的約束。他說：“教兵之方，技藝為先，節制次之，而其要又在於申明忠孝大節以化導之，使心知。”在這裡俞大酞強調要對士兵灌輸“忠”與“孝”的封建倫理道德。因此，嘉靖時期，軍隊思想控制的重要手段就是透過灌輸忠孝且形成認識來實現的。
內部制約方面形成文武互制的體系
嘉靖時期的文臣統軍已經相當成熟，其標誌是明朝總督領導體制定型、兵備道在全國的普遍設定和經略的出現，以及督撫、總兵、地方官三者軍事職權的劃分，其實質是明朝軍隊內部制約體制的進一步成熟。在這一時期，明朝總督制度定型。嘉靖期間設立的總督包括漕運總督、三邊總督、宣大總督、薊遼總督等等。三邊總督“至嘉靖四年，始設定“。而同一時期，由於山西戰事吃緊，山西又因為無總督大臣專征，軍事排程方面出現困難，因此在嘉靖二十一年又設立了宣大總督。緊接著嘉靖二十九年，薊遼總督設立。
這些總督與地方巡撫還有總兵之間構成的軍事體系就成了明朝軍隊體系中最為穩固的內部關係。總督由文臣出任，而總兵則是武將出任，地方軍政長官所擁有的是當地駐軍的財權和駐紮權，沒有相應的調動權；總兵是具體的軍事主官，帶兵但不調兵，調兵需要地方長官還有總督的聯合手文，這就給明朝的軍隊調動提供了相應的防範機制。嘉靖時期還更加頻繁地設定管轄廣大地區的臨時總督。
例如：嘉靖二年俞諫鎮壓河南、山東民變，總督山東、河南軍務，“以便宜節制諸道兵，討之”嘉靖六年四月“丁亥，前南京兵部尚書王守仁兼左都御史，總制兩廣江西湖廣軍務，討田州叛蠻。這種臨時總督設立次數的不斷增多說明嘉靖年問戰亂跟以往相比更加頻繁，而且每次戰亂波及範圍很廣。同時也說明明朝軍隊進入了一個相對穩定的控制器。而在這個相對可控的範圍內，這些臨時總督都節制巡撫，這種大轄區總督的頻繁設定使內地各省也經常被置於某個總督管轄之下。
兵備道最早出現在弘治年間，但是在嘉靖年問才正式遍及全國。嘉靖三十年，東南沿海設定兵備道。這樣在全國範圍內形成了中央、總督、巡撫、兵備道的四級文臣以及總兵、五軍都督府、兵部在內的三級武將的軍隊控制體系。嘉靖三十四年，明確劃分了督撫、總兵、及地方官的職權。“總督主徵集官兵，指授方略；巡撫主督理軍務，措置糧銅；總兵主設法教練、身親戰陣、至於有司，責在保安地方，固守城陛。這種職權的明確劃分，標誌著文臣統軍在制度上的成熟，同時也標誌著嘉靖年間中央對軍隊的控制形成了完整的內部迴圈。
外部監督方面形成完備的監軍體制
明朝監軍系統非常發達，有文臣監軍與太監監軍兩種。就兩者所承擔的責任、權力和作用而言，文臣監軍已成為明監軍制度的主體，明統治者將盟軍文臣納入號稱“天子耳目風紀之司”的國家最高臨察機構序列，列位“憲臣”，無疑大大提高了監軍文臣的政治權威性，從而強化了監軍制度的效能。文臣監軍有四級——兵備道、巡按、巡撫及總督。一般來講，由侍郎以上的文官出任總督與巡撫時，都會掛上“都御使”或“副僉都御使”的銜位，進入都察院體系，因而文官在軍隊，可以擁有“天子耳目風紀之司的”地事權。
起初，行使監軍權力的文官們一般不直接指揮戰役，他們主要職責在於協調、監督和考核將武將官們的業績及彈劾其不當行為。但在明朝後期的各大戰役中，這些文臣們都進入了戰爭的指揮系統，成了“文帥”。自明仁宗開始，由於“以文制武“漸為常式和內閣制度的形成，武將地位日益低下。縱觀整個封建社會，“以文制武”策略貫徹得最徹底是明朝，在明朝整個監軍系統內，有文官以總督、巡撫、巡按組成的監軍系統與另成一系的宦官監軍等相互制衡，任何一方都很難單獨調動部隊。所以說，在文臣監軍與宦官監軍的兩座大山下，明朝武將基本上沒有造反的可能。
兵役制度上由世兵制轉向募兵制
世兵制與募兵制都可以稱之為兵役制度。對軍隊控制而言，二者各有所利弊。明代前中期的主要的上兵服役制度是軍戶制，確立於明初，白明中期起走向衰落，至嘉靖朝已經名存實亡。明後期主要有募兵制、謫兵制、族兵制以及徵兵制。軍戶制實施於供武年問，即一個家庭一旦被編為軍戶，就要世世代代從軍而不得從事其他職業。這個制度在明朝草創時期使用度極廣的原因在於明朝早期農民缺乏賴以生存的土地，就不得不依靠世襲的軍屯土地來維繫生計。這種制度對提高軍隊控制有著明顯效果，它能保證軍隊的編額及軍隊的成分穩定，同時世襲的軍戶在忠誠度以及調動上都要強於其他形勢下的軍隊。可以說軍屯下的世兵制是洪武時期的重要軍隊控制制度。
而隨著時代的發展，世兵制的弊端逐漸顯現。軍戶制在早期的作用發展到後期逐步成為束縛軍隊發展的重要因素。首先，軍戶終日忙於農忙，無限操習軍事，致使軍隊發展都後期戰鬥力低下；其次，世兵多為“貶、謫、罪”之人，按照明朝的屬性劃分，世兵逐步發展到後期，地位越來越低賤；連普通的農民都抵不一卜；這種社會地位低下、所領到生活物資較少的情況極大的束縛了衛所軍的發展：最後，世兵的土地被長期侵吞，發展到明朝中後期，衛所土地被軍官、皇親國戚以及宦官等侵佔十不餘一，世兵與長官之間逐步演變成“佃戶”與“地主”的關係，這種關係的出現標誌著軍戶世兵制的正式破滅。
募兵制便大規模的實施
而隨著軍戶制的弊端在明朝中後期不斷顯現，明朝逃軍也日益增多，明朝軍隊的戰鬥力持續下降，中央對軍隊的控制降到最低，以至於“到戰時，五十餘萬的衛所，僅餘十萬不到”。這對明王朝的打擊是不可想象的。乃至於土木之變“京兵喪沒，J乙盡，所餘役卒不及十萬“，接著“也先將寇京師”，為了應付危機，明政府認命編修楊鼎為，“行監察御史事，募兵充州。而募兵制真正定型是在嘉靖年問。嘉靖十三年（1534年），明王朝確立了募兵制。既然朝廷己經認為“募兵宜為實邊久計”，正式改變明立國以來的軍制。所以在嘉靖以後，募兵制便大規模的實施。
最後
早在洪武時期乃至正德年問都大規模的募兵，朱元璋起兵時，召募是軍隊的正常途徑之一。到了建國之後，召募即被停止。正德年間的招募大多以免戶丁徭役和免租糧的方式。而且只是免除本身的徭役，發展到嘉靖時期的募兵制已經演變成政府與募兵之間的僱傭關係。這種募兵也是現代俗稱的“僱傭軍”。募兵制作為明朝中後期的重要軍事體制，在維持明朝中後期的統治七發揮了重大作用，募兵的兵源無論在素質還是質量都遠遠超過世兵，因此，在嘉靖之後，明朝依靠招募計程車兵，在打擊南倭北虜之中才得以維持明王朝的統治。募兵制的好壞，史書也沒有個標準定論，但是可以肯定的是，明朝由世兵制向募兵制的轉變，對於明朝的軍隊控制而言，是不言而喻的。