明朝是皇權集權意識非常濃厚的朝代，自洪武帝朱元璋開朝建國起便設計了一系列集權制度，廢除宰相打破了傳統皇權相權二元關係，六部直接對皇帝負責，為了保證皇權的絕對權威，朱元璋不惜殺掉開國功臣，使得後世對於奪權造反望而生畏，寒了文人士子的心，設立藩王制度，是因為農民起義的朱元璋不放心任何有能力奪權的組織或集團治理天下，重用宦官和東廠，讓特務情報機關削弱大臣的勢力，但就是這樣一位不惜一切代價集權的君主卻是勤勉為政，在沒有宰相的情況下，親自處理公務國事，為天下立楷模，為萬世開太平，只可惜朱元璋沒有料到，他的子孫卻沒有繼承他的勤勉，立下的規矩不但沒有起到作用，反而成了絆腳石。
燕王朱棣清君側發動靖難之役，篡位奪權後，將各地藩王圈養起來，沒有軍權，只拿朝廷撥款來繁衍生息，於是每年僅養藩的錢就是國家財政的大頭，目的也是為了保證皇權不會旁落，而後成為導致明王朝財政睏乏的一大重要原因，提到明朝末期的亂象叢生，就不得不提明末的著名黨派鬥爭，雖然王朝在任何一個時期都有派系爭鬥發生，但明末的東林黨和宦黨（又稱閹黨）可謂是將黨爭演繹到了最高潮，東林黨和閹黨也成為明朝時期最大的政治黨派，那麼為什麼會有所謂的閹黨和東林黨存在呢？事實上，宦官這個組織在明朝政治舞臺上一直都存在，自明成祖朱棣開啟“宦官參政”的局面時，文官集團和宦官集團就勢不兩立了，其實這也是皇帝的初衷，因為宦官組織相當於內朝，直接為皇帝服務，而文官集團則屬於外朝，並不直屬於皇帝，那麼集權意識再一次主導了朝政，宦官和文官一內一外互相牽制，皇帝從中則達到了平衡的目的，皇權成為絕對權威。
到了明末時期，文人士大夫想要改變這一局面，變皇權一元結構為君主士子共治天下，所以才有了顧憲成的那句名言“風聲雨聲讀書聲聲聲入耳，家事國事天下事事事關心”，顧憲成是有名的東林書院創辦者，一方面他依託東林書院讀書講學和文學交流，另一方面東林書院也評論時政針砭時弊，從而影響朝政，所以東林黨由此形成，東林黨人自稱“清流”，也就是正直的以儒家學說為綱領的官員，形成這一局面的原因則是當時的“國本”之爭，萬曆帝沒有嫡子，所以太子將立長子朱常洛和朱常洵中的一個，萬曆想立朱常洵，但遭到極力反對，以顧憲成的反對程度最為激烈，於是就跟皇帝槓上了，最後還是文臣們取得了勝利，立長子朱常洛為太子，從此開啟了萬曆皇帝三十年不上朝的特有景象，萬曆二十二年，朝廷推薦選任內閣大學士，顧憲成提名的人，都是神宗所厭惡的，從而更觸怒了神宗，竟被削去官籍，革職回家，便有了東林書院，整個文官集團除了東林黨以外，還大大小小的林立著各黨派與東林黨對立，比較大的例如浙黨、楚黨、齊黨，三黨並稱為“齊楚浙黨”，是以地域為劃分形成的黨派，東林黨內部也是分了很多小黨派，浙黨原以張居正為首，可謂聲勢浩大，但後因東林黨兩朝天子擁立有功，東林黨成員逐漸被重用，東林黨坐大，浙黨衰落，東林黨坐大後，利用“京察”等政治手段，迅速將其餘黨派肅清，朝堂上現在只有正直、直抒己見的正人君子，號稱“眾正盈朝”，按照傳統，皇帝對大臣形成的黨羽是非常厭惡的，但如果黨羽依附於皇帝則不同，皇帝不會對其剷除，東林黨就是一個不依附於皇權，代表自身利益的黨派，他們不僅對反對黨大肆欺壓，對內朝和皇帝也加以批評，久而久之，弄得君臣離心，臣臣離心，但東林黨則以正直的道德標準標榜自己，來維護自身的政治地位，還把那些破壞儒家原則，依附皇帝、閣臣計程車人稱為“邪佞”、“邪黨”。
就在熹宗一朝，以魏忠賢為首的閹黨開始登上政治舞臺，成為明朝最大的宦官政治集團，魏忠賢因為深得熹宗朱由校和其乳母客氏的喜歡和信任，可謂是獨霸朝綱，權傾朝野，昔日被東林黨打壓的“齊楚浙黨”在內的黨派紛紛投靠魏忠賢，這也使魏忠賢的閹黨勢力迅速擴大，
閹黨坐大後將東林黨人士殘酷迫害，導致東林黨主要得力骨幹能人干將消滅殆盡，這也使得東林黨在崇禎朝變得空談誤國，過分強調所謂的“正義性，道德性和精神高尚”，而如何建設，改革，發展的問題上卻拿不出切實可行的辦法，明朝末期的黨爭在這一時期達到了前所未有的高潮。
反觀東林黨的種種行跡，不難發現，除了帶來了內耗極其嚴重的黨爭外，
東林黨還代表著在任朝廷官員，曾任朝廷官員以及地方士紳的利益，東林黨主張減免海關稅、鹽稅、茶稅、鈔關稅、商稅等稅收，目的就是為了保障背後富商與官僚集團結合的共同利益體的利益
，朝廷稅收渠道縮小，最後還得從農民身上加派稅收，而正處於小冰河期的明王朝，糧食顆粒無收，農民餓殍遍野，慘不忍睹，此刻還要多繳納稅收，這不是把人往絕路上逼嗎？於是出現了全國各地的農民起義，由於朝廷財政緊張，官餉軍餉發不出，朝廷就決定砍掉一些無足輕重的部門機構，李自成就在被裁撤的隊伍之列，丟了飯碗那還不得起義造反！沒有官餉，官員就自己“想辦法”，朝野上下貪腐成風，連軍餉也敢貪！也正是財政問題導致軍隊供給不足，甚至等不到訓練完成就被派上戰場，結果可想而知，面對對內的農民起義和對外後金得強勢攻擊，明朝軍隊不堪一擊，最終一聲嘆息王朝覆滅。所以後世對於東林黨的詬病大概是出於此，連帶著將東林黨爭也狠狠批評罷了。
