而明太祖實際上做了很多事情。朱元璋在歷史上一直是個頗具爭議的人物。正評者一般是從其大力打擊腐敗，恢復經濟的角度來看，歷史上記載朱元璋是少有勤政的皇帝；而持負面評價者，多從其高壓統治下，大加殺戮功臣、以特務錦衣衛控制政治、文字獄及廷杖。經濟學和戶籍管理參見：大槐樹屯田與洪洞大槐樹之時，中國發生了多起大規模的大瘟疫，還有連年的戰爭，人口銳減。

在大明建立統一全國以後，朱元璋實行休養生息政策，全國農業生產在大規模戰爭中受到嚴重破壞，加之洪武年間大規模遷往淮河以北、四川等地，大量移民遷往淮河以北和四川，使人口得以穩定增長。另外，還實行屯田政策，軍屯面積佔到全國耕地面積的十分之一。

另外，商屯地區也相當盛行，政府以專賣鹽（又稱鹽引鹽）作為交換，誘使商人向邊境地區運送糧食，以保證邊境對糧食的需求。明太祖又派國子監到鄉里監督水利建設，賑災，獎勵農業稅。這一舉措使許多曾經被戰爭破壞的地區恢復了生機，使明朝經濟迅速恢復。至明太祖洪武二十六年（1393年），全國共有六千五百萬人，其中民戶佔6175萬人，軍戶325萬人。

此外，為了動員全社會，明太祖也非常重視戶口普查，人人有責任。民眾被劃分為軍戶（弓兵、校尉、力士）、工匠、民戶（馬戶、陵戶、茶戶、柴戶、陰陽戶、醫戶）、灶戶等，不允許隨意轉換工作，不允許隨意轉換工作，而且不允許轉業。如果要脫離原來的戶籍制度是非常困難的，需要皇帝的特旨批准。各種各樣的活動也要有合法的證明。

明初，政改沿襲元朝制度，設中書省，左、右丞相。甲、月、月、月、月、月、月、月、月、月、月、月、月、月、月。吳元年，改右相國為左相國，左相國為右相國。洪武元年，改左、右丞相。以六部為中心，不設中書令。1380年，在洪武十三年（1380年）發生一起胡惟庸案後，明太祖朱元璋下詔書，將六部書分給他。前中書省官屬盡革，惟存中書舍人。到目前為止，秦、漢以降實行六百餘年的丞相制度自此廢止，相權與君權合而為一，實行軍權、行政、監察三權分立的國家體制。因國事紛繁，皇帝無能應付，洪武九年九月罷官，仿宋殿閣制，設內閣。閣下只是皇帝的參謀，雖然沒有宰相的名字，卻有宰相之實。

另外，他還沿用元朝制，設定六部吏、戶、禮、工、刑、兵六部。設事中六人，分吏、戶、禮、工、刑、兵六科，各一科一人；此外，還建立了五寺，包括大理寺、太常寺、光祿寺、太僕寺、鴻臚寺等五寺制度。另外，他還沿襲元監察制度，設立御史臺，設左右御史大夫一人，不久又改為都察院，下設若干監察御史，負責監督各級官吏。

此外，他還頒佈了《大明律》等，以規範官吏管理。明朝初年家境貧寒，特別是政治貪汙，對貪官汙吏的懲處極為嚴厲。朱元璋統治時期，有許多不法貪官被處死，包括國父朱亮祖、女婿御馬都尉歐陽倫等，其中甚至還有因郭桓案、空印案等被殺。明初相當長的一段時期，由於朱元璋的嚴刑峻法，官吏腐敗得到了有效遏制。朱棣本人節儉、勤勉地工作，在明南京皇宮內，沒有設立「御園」，只有種滿蔬菜的「御菜園」，使皇宮自給自足。

但是，明太祖性格多疑，對這些功臣也有一定的猜忌，怕他們居功枉法，圖謀不軌。廖永忠、朱亮祖、李文忠先後被殺。後來，朱元璋以擅權、枉法的罪名殺了胡惟庸，又殺了御史大夫陳寧、史中丞等。後來李善長也被牽連，其家屬七十多人被殺，共株連者三萬餘人。其後在藍玉案中，連坐被族誅的有一萬五千多人。為了加強對軍隊的管理，朱元璋還設立了錦衣衛（洪武二十年廢止）、詔獄、廷杖、打擊功臣、監視等一系列措施。

明初的兵源，有諸將之人，元兵歸附於元軍，有獲罪而貶發，而最主要的來源是籍籍，是從戶籍中抽丁而來。此外，尚有簡拔、充填、收等方法。洪武十三年（1380年），朱元璋廢止了大都督府，改為中、左、右、前三軍等五軍都督府。洪武十七年（1384年），朱元璋在全國各軍事要地設立軍衛，由都督府管理。一衛有軍隊五千六百人，其下依序為千戶所、百戶所、總旗及小旗等單位，各衛所隸屬於五軍都督府，其上有千戶所、百戶所、總旗及小旗等單位。

兵源是世襲軍戶，家家戶戶都派一人為正丁至衛所當兵，軍人在衛所內輪流守守和屯田，屯田所需。五軍都督府有統兵權但又無調兵權，兵部有調兵權，兩者相互制衡，互不統轄，直接與兵部聯絡，最後奏請皇帝裁決，以避免權力過大。