清朝入關以後，沿用明朝的官員制度，在全國設立了九大總督。

它們分別是東三省總督、直隸總督、兩江總督、兩廣總督、閩浙總督、湖廣總督、陝甘總督、四川總督、雲貴總督。

在1907年之前，直隸總督被視為疆臣之首。這是因為，直隸總督雖然只管轄直隸省一個省，但直隸省地處京畿要地，承擔著拱衛京師的重任，因而權重位顯。不是皇帝特別信任的重臣，不會被任命為直隸總督。到了晚清時期，直隸總督兼任北洋通商大臣，掌控了外交大權，更是威風八面。強勢如李鴻章，以直隸總督的身份掌握了一支北洋水師，幾乎就是一人之下、萬人之上了。

李鴻章和官員合影

但在1907年之後，疆臣之首的名號就換了主人，變成了這一年新設立的東三省總督。

顧名思義，東三省總督的管轄範圍是東北三省遼寧、吉林、黑龍江。1644年，清朝入關以後，定都於北京，隨後將原來的都城盛京（今遼寧省瀋陽市）作為陪都，設立了盛京將軍，作為當地的最高軍政長官。盛京保持著戶部、禮部、兵部、刑部、工部5部，由各部的侍郎主持工作。此外，清廷還分別在吉林和黑龍江設立了吉林將軍和黑龍江將軍，作為當地的最高軍政長官。

盛京將軍、吉林將軍、黑龍江將軍負責東北三省的最高官員，直接對皇帝負責。他們的品級最初為正一品，1767年降為從一品。

東北三省

清朝在東北三省實行駐防將軍制度，而不是像內地那樣實行行省制度，主要是保持關外“龍興之地”的顯貴地位。為此，清朝從康熙時期開始，歷經康熙、雍正、乾隆三朝修建了一條總長度達1300多公里的浩大工程柳條邊，禁止關內的漢人前往東北三省。

然而，晚清時期，由於俄國和日本在東北三省爭搶領地，大打出手，使得東北三省有淪為俄國和日本殖民地的危險。針對這種情況，清廷有必要對東北三省的行政體制進行改革，將它從駐防將軍制度改為行省制度，與內地實行統一。

日俄戰爭

1906年10月19日，在清廷的派遣下，慶親王奕劻的長子載振和軍機大臣徐卜五前往東北三省進行實地調查。

3個月後的1907年1月6日，載振、徐卜五以《通籌東三省全域性折》密奏清廷，指出駐防將軍制度存在的弊端，“以軍署為之長官，以州縣為之僚佐，夫以治兵之職而轄理民之官，所務不同，利害亦異，隔閡既甚，牽制斯多，其終乃無一利之能興，無一弊之不出”。換言之，就是駐防將軍制度有百害而無一利。

徐卜五

針對這種弊端，載振、徐卜五提出在東北三省設立一名總督的建議：“舉三省全部應辦之事悉以委之，除外交事件關係重要者，仍令與外務部諮商辦理外，其財政兵政及一切內治之事，均令通籌總攬，無所牽制。”

清廷接受了載振、徐卜五的建議。1907年4月20日，光緒皇帝頒發上諭，將盛京將軍、吉林將軍、黑龍江將軍全部裁撤，改為設立東三省總督，負責總管東北三省的軍民政務。盛京將軍、吉林將軍、黑龍江將軍原有許可權，均歸於東三省總督。在東三省總督之下，設立奉天巡撫、吉林巡撫、黑龍江巡撫各一員。

光緒皇帝

東三省總督管理“龍興之地”，雖然在九大總督中成立最晚，但一經成立，馬上就成為疆臣之首。原來的疆臣之首直隸總督就不得不屈居第二了。

首任東三省總督由徐卜五擔任。按照規定，東三省總督應該輪流在奉天、吉林、黑龍江3省行臺辦公。可是，徐卜五任職東三省總督以來，長期駐紮在奉天城（今遼寧省瀋陽市），形成了督撫同城辦公的現狀。在清朝，督撫同城辦公，總是會鬧出不愉快的事情。清廷研究了幾次，於1910年乾脆裁撤了奉天巡撫，由東三省總督負責奉天巡撫的職責。

1909年2月8日，徐卜五卸任東三省總督，回到朝廷，相繼授任協辦大學士、體仁閣大學士。東三省總督由蒙古鑲藍旗人錫良擔任。第二年，東北地區發生罕見的鼠疫。錫良任命伍連德為東三省防疫全權總醫官，撲滅了這場鼠疫。

伍連德

1911年4月20日，錫良託病離職，卸任東三省總督。東三省總督由漢軍正藍旗人趙爾巽擔任。短短几個月後，武昌起義爆發，引發了席捲全國的辛亥革命。趙爾巽隨即成為最後一任東三省總督。