行政中樞
部門和地方大吏層的公文運轉，是指朝廷行政中樞以下，擁有上奏權的高階官員的公文處理活動。這個層次的組成人員包括兩部分：一是中央部、卿、院等大臣，如秦漢的九卿，唐宋以降的六部及其他寺、監、院官員；二是地方一級行政區劃的長官和朝廷派往地方的大員，如秦漢的郡守、州刺史，魏晉南北朝的州牧、都督，唐代的州刺史、節度使等，宋代的知州、通判、路轉運使等，元代的行省、宣慰司、路等官，明清的總督、巡撫、布政使、按察使等。中央部門官署大體是按執掌政務的類別分工組建的。
奏疏或申文
它們能否以本部門的名義，較獨立地上奏皇帝，或釋出下行公文給地方官執行，各個朝代制度不盡相同。兩漢九卿施政，多數情況下可以直接向皇帝奏報自己負責的政務。丞相、尚書檯下達郡國的公文，也須九卿轉達的史實。中央部門官署公文案牘的具體管理，是由部、卿、院、寺、監所屬的吏員和首領官負責的。上行奏疏或申文，下行牒札及平行諮札的草擬權誰屬，各個時期也略有變動。
明代六部下行給布政使司的諮文，發端必雲據某司某呈，表明當時各部公文最初是由所屬司書吏具稿的。清則改變明制，六部處理公文時，堂官負責審定與簽署，司官專掌撰擬。各部主事、筆帖式、司務等書吏，則查取案例，抄寫翻譯及儲存傳遞公文。否則，就會被視作專擅和違錯。以清代為例，六部衙門一律按照“案例”處理給布政使、按察使的札付，處理給道、府的牌、牒，以直接指示其行政。
同時，以題本形式向皇帝報告“照例”處理的日常政務。若遇疑難或無適宜的慣用案例可循，遂用奏摺向皇帝請旨。這樣一來，清代六部諸色吏員雖然無權起草奏章和札、諮、牌等下行公文，但他們檢核案牘以充處理庶政之據的職司，仍然可以某種程度地左右長官，暗操政柄。地方大吏既是地方官府的中心，又是朝廷與地方官府聯絡的樞紐。他們經手處理的公文也相當繁雜。例如，兩漢郡守上承皇帝、丞相、九卿的詔旨、檄牒等，指導郡內政務，下接屬縣官吏的奏記等上行文。
郡守還可以向皇帝或丞相奏報政事。在郡轄區範圍內，郡守或頒條教節制吏民，或書寫檄牒切責不法，黜罷縣令等。清代總督、巡撫主要是奉旨處理一省或數省的軍政大事。督撫多是皇帝親信，又帶憲銜和部院官銜，長期擁有秘密奏摺權力。遇到突發事件，他們或可不拘案例，便宜處置，或者越過部院、內閣，徑直向皇帝上遞奏摺請旨。
布政使、按察使、學政及提督、總兵等，則主要依照案例處理各自分管的事務。其所上奏疏多是題本，奏摺較少。他們還以平行諮文，移於部院或鄰省同僚，請求政務上的指點、協助，或進行某些交涉。轉發朝廷的詔令諭旨等下行文，接收和處理下屬府州縣廳的申、詳、稟、呈等上行文，也是布政使、按察使等官員的職責。
房草
另外，總督、巡撫衙門的公文，皆由各房草擬，由各房具簿呈長官稽核。總督、巡撫辦理奏摺、題本等重要上行文時，還要延請幕賓為助。如田文鏡充河南巡撫，重金聘請鄔先生為幕中客，每日入幕揮毫命筆。
凡題本奏摺，均經其審定，而且能夠曲中皇帝之意。幕賓佐助督撫處理公文庶務，所賴的是他們對刑名、錢穀案例文書的嫻熟。當時，朝廷頒佈的律例，有律注而無箋。幕賓常懷揣句疏節解的《律例匯刻便覽》，以為治刑獄之本。負責錢糧的，則收藏各省所刻的《錢穀事例》《賦役全書》等，以為理財之經。魏晉南北朝仍以公車令掌吏民上書等事。稍有變動的是，南朝宋、梁政權時期，公車令改屬門下省侍中。蕭齊政權又改屬尚書省起部。唐代朝廷接受四方表章由中書舍人負責。
全國各地的驛傳，則掌於兵部所屬的駕部司。傳遞公文多由使者負責。所使用的交通工具就是驛傳。在沒有驛傳的邊遠地區，又專設“過郵”若干。唐德宗時，朝廷還制定了郵驛條式。按照這一條式，傳送公文的使者使用郵驛，必須有門下省發給的紙券。節度使和州衙不得給往返券。
統一管理
使者到所詣州府後，要交納朝廷頒下的紙券，再從所詣處領取郵券返回。宋代門下省所屬的通進司及進奏院，掌管奏牘章疏。又以兵部等統一管理全國的公文驛遞。通常，驛遞分步遞、馬遞、急腳遞三種。急腳遞日行四百里，最為迅速，專用於軍興之類的緊急公文傳遞。神宗時又特置金字牌急腳遞，即以書有黃金字的朱漆木牌為憑信。持金字牌的使者，“過如飛電，望之者無不避路”，日行五百里。
若有緊急機密軍事，金字牌則發自皇帝，不經過樞密院和中書、門下、尚書三省。岳飛進軍朱仙鎮之際，趙構所下的十二道金字牌，就屬此類。元代自窩闊臺汗始，設定站赤，專供使者傳遞公文，“通達邊情，布宣號令”。元王朝建立後，各行省普遍建立了驛站網，籤取站戶掌管驛馬、車船和使者食宿。
朝廷則由兵部或通政院統一管理。據說，遇有緊急大事之類的公文，朝廷及各地行省等衙門遣專使馳驛送達。較小的公事，則用急遞鋪遞送。元代公文傳遞實行專使馳驛和鋪丁輪番轉遞兩種方式。急遞鋪轉遞，比起兩宋的急腳遞，又有了新的發展。明代始置通政使司，主管中外奏章的敷奏封駁等事。
凡吏民上奏實封入遞，先於公廳啟視，節為副本，然後奏聞。全國各省都設有驛站和遞運所，由兵部及所屬車駕司統一管理。驛站以站戶充役。使用驛站，要持有朝廷頒發的用驛符驗。又仿元制設急遞鋪接送公文。