熟悉非洲近代史的人都是知道，十九世紀初，東蘇丹族由於缺乏團結，衰弱了，他們的整個國家為穆罕默德·阿里所征服，東蘇丹族都受到埃及商人和官員的壓迫。1811年，穆罕默德·阿里佔領了埃及，就著手征服蘇丹。為了保衛埃及的獨立，勢必與奧斯曼帝國開戰。

他一心想把蘇丹這一幅員廣大的國家的自然資源和人力資源用來進行這場戰爭穆罕默德·阿里對蘇丹發動戰爭的近因，是他在埃及打敗的馬木路克人的殘部逃到了努比亞。他對努比亞打的第一仗沒有成功，因為馬木路克人穿越尼羅河流域行軍時，把沿途一切東西都毀壞了。

穆罕默德·阿里的部隊沿尼羅河流追趕馬木路克人，不料竟來到了一片荒無人煙的地方，只得退回埃及。馬木路克人奪得了棟古拉，定居下來，他們的挑釁行為引起了周圍部落，首先是這個地區佔統治地位的夏基亞人的憤慨。1819年，穆罕默德阿里的部隊跟蹤追趕馬木路克人，再次來到努比亞，夏基亞人這次也起而攻打馬木路克人。

馬木路克人就被全部殲滅。但是夏基亞人不久就對埃及“盟軍”失望：原來埃及“解放者”是一種窮兇極惡的強盜。由穆罕默德·阿里的兒子伊斯梅爾帕夏所率領的一支遠征隊，並不因為奪到棟古拉而滿足，他們立即再行南下。那些分散的弱小部落和小酋長國當然抵抗不了。遠征隊為埃及征服了整個努比亞之後，再進而征服散納爾和科爾多凡。

這一仗打了三年。儘管東蘇丹族英勇抵抗，遠征隊靠了武器優良，還是佔領了東蘇丹的整個南部。到1822年6、7月，科爾多凡和散納爾都歸埃及統治。但是，在1822年，由於那批強盜胡作非為，夏基亞人在“米利克”奈米爾領導下起而反抗。

1822年10月，伊斯梅爾帕夏的遠征隊在善迪舉行了一次大宴會，整隊人喝得酩酊大醉，正沉睡之際，遭到了突然襲擊。他們全部被殲，沒有一人倖免。此後，穆罕默德·阿里又派遣一支討伐隊去打夏基亞人。這支討伐隊對夏基亞人進行野蠻的報復，大約殺死了四萬人。但是討伐隊沒有能打敗起義者。起義者在他們的領導人“米利克”奈米爾的指揮下，撤退到衣索比亞邊境，在那裡建立了一個獨立國家，首都為卡夫塔。

在從十九世紀五十年代起，蘇丹的歷史開始了個新的階段。歐洲列強為了加緊活動，全面改變了政策，這點在蘇丹也看得出來，尤其是因為蘇丹的形勢有利於他們的野心，就格外顯著。穆罕默德·阿里死後，在埃及的中央集權大為削弱。埃及在蘇丹的權力也在瓦解。

這就促使歐洲列強蓄意征服蘇丹。在十九世紀上半葉，只有法國才比較認真地勘探蘇丹，除了法國人之外，其他國家只是偶然有旅行家到哪裡去。但到十九世紀五十年代，歐洲列強對蘇丹的勘探卻開始了真正的競爭。

此外，在五十年代中，只是個別旅行家之間展開競賽，法國人的主要對手仍舊是德國人、奧地利人和義大利人。但從六十年代早期起，各國個別旅行家的競爭卻演化為法、德、英三個最大強國之間的鬥爭。個別的旅行家和探險家為各國政府組織的或至少是由政府資助的大考察隊所代替。

1863年，伊斯梅爾在埃及一當權，英國就開始控制埃及。英國不再“勘探”蘇丹，詭稱對埃及政府提供友好“援助”，運用勢力，來準備征服埃及。因此，在反對奴隸買賣這一冠冕堂皇的藉口下，英國派遣大量代理人湧進這個國家，其中不但有旅行家，而且還有在埃及軍隊中服役的軍官。

英國在蘇丹的一個最顯要的代理人是塞繆爾·貝克。他作為科學探險家來到蘇丹，但是過了不多幾年，卻成了蘇丹赤道省的“埃及”總督。1869年，他領導了第二次考察隊，這次是由埃及政府委託並供給經費的，聲稱其目的是為了禁絕奴隸買賣。

這支考察隊的真正目的是去中非征服新的地區，名義上是為了埃及，事實上是為了英國。根據貝克從埃及總督（伊斯梅爾帕夏）所得到的憑照，他除了指揮考察隊外，並授與統治“岡杜科羅以南的白色盆地所有國土的無限和無上的權力。事實上，貝克的第二次考察是對蘇丹族進行的一次戰爭。在“反對奴隸買賣”的藉口之下蘇丹族一部分被消滅，另一部分成為英國資本的奴隸。

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