清順治十一年（1654年）春天，顧炎武來到了南京，暫時結束了流亡生活的他在鐘山腳下定居下來。這一年裡，顧炎武隱藏了自己身份，化名蔣山傭，此間雖然還與朋友保持著聯絡，也經常身著商人的服裝往來於南京和崑山、吳江一帶，但主要是在南京，因為他想暫時隱居一段時間以觀察時局變化。但第二年春天，顧炎武就被人以“通海”罪告發了，而且告發他的不是別人，而是他們顧家原來的僕人陸恩。

顧炎武的家庭本來是江東望族，但是崇禎末年其祖父去世，後來母親殉國，兄長去世，家破人亡，加上顧炎武奔走各地，無暇經營產業，家道就迅速衰落了。這時崑山有個鄉宦叫葉方恆的暗中企圖兼併顧氏的田產，而顧家那個勢利的僕人陸恩見顧氏門庭衰落，就投奔了葉方恆並且賣主求榮，揭發顧炎武有“通海”之罪。“通海”在清初就是勾結海上抗清力量的意思，這是清廷最忌恨的事。

顧炎武在得知這一情況後，立即趕回崑山，相機把陸恩速住，歷數他的背主之罪，最後果斷地將其沉入江中。葉方恆抓住了顧炎武殺奴僕的把柄，一定要置顧炎武於死地。他先綁架了顧炎武，私自加以拷打刑訊；後又買通崑山縣官府，陰謀判處顧炎武重刑，此時顧炎武的處境十分危險。

因為這個錢謙益原來在福王政權中當過禮部尚書，南京失守後卻又向清軍投降，所以顧炎武很鄙視他，向這樣的人遞交門生帖子顧炎武是決計不會幹的，哪怕丟掉自己的身家性命。錢謙益這條路是走不通了，幸虧路氏兄弟認識松江府的一個官員，靠這個人出力，把案子由崑山縣移交到松江府去處理，才得以化險為夷。

清順治十三年（1656年）春天，顧炎武由松江出獄，回到崑山，不久就準備奔赴南京，但事情遠沒有結束。葉方恆見顧炎武出獄，哪肯善罷甘休，於是派了刺客尾隨顧炎武至南京太平門外下手。這次顧炎武的頭部被打成重傷，要不是朋友聞訊趕來及時搭救，顧炎武恐怕已經沒命了。

心狠手辣的葉方恆在指派爪牙追殺顧炎武的同時，又指使十幾名家奴到顧炎武家翻箱倒櫃，洗劫一空。太平門遇刺之後，顧炎武深深感到，江南已非久留之地：葉方恆是清朝新貴，有財有勢，一旦再借故尋釁，自己還是毫無還手之力，與其在江南坐以待斃，還不如遠走避險。也就是這一年，顧炎武的生母何氏也去世了，這樣顧炎武離開江南就更沒有了牽掛。

顧炎武為什麼在垂老之年還決心遠離家鄉，過顛沛流離的生活呢？仇家的陷害使其不能安居於江南，這固然是原因之一，但並沒有這麼簡單。這個時候，江南的抗清鬥爭已經轉入低潮，南明的唐王、魯王政權相繼垮臺，繼之而起的桂王政權又已經遠離江南，退到了西南的廣西、雲南、貴州一帶。

而清軍南下之初，卻是如雨後春筍，像顧炎武最早駐足的章丘、登萊一帶就是農民軍在膠東的根據地。顧炎武到這裡來，是想更廣泛地結識各地的志士和學者，增進自己的學問，繼續對國家和民族作出貢獻。