開普勒在 1621 年 4 月出人意料的爆發是故意的，同時也很容易理解：他實在沒轍了。從 1620 年 12 月到 1621 年夏天，卡塔琳娜一直被關押在居格林根，而對證人的審訊早在 1621 年 1 月 16 日就結束了。開普勒主要居住在居格林根，他的朋友威廉·席卡德知道他確切的地址，常給他寫信。另一位值得信賴的朋友約翰·黑本施特賴特則不太清楚他住在那裡，所以也只能在信封上寫下「請把這封信當面交給數學家約翰尼斯·開普勒，他可能住在萊昂貝格或居格林根，也可能在別的地方」。 到了 11 月底，開普勒離開了斯圖加特地區，返回了雷根斯堡，陪伴在已有身孕的妻子身邊，關愛他們的幼子西博爾德、前妻生的十幾歲的兒子路德維希和女兒蘇珊娜。

開普勒考慮過沃頓邀請他為詹姆斯一世效力一事，不過卻無心接受。首先，去往英國的旅途危險重重，要「跨越大海，然後才能到達那個狹窄的島」。他也放不下自己兩個已經長大的孩子。他還盼望著十三歲的路德維希能夠像他一樣在學術上有所作為。他希望兒子能考上大學，並用圖賓根獎學金支付其學費。再說了，他去了英國能幹什麼呢？同時，開普勒也放不下自己的家庭，因為當時林茨已經被信仰天主教的巴伐利亞人佔領了，這些人愛從老百姓中榨取錢財。

蘇珊娜已年滿十九歲，到了談婚論嫁的時候。儘管戰亂連連，她仍勇敢地從雷根斯堡走到林茨，為了獲取父親新書《哥白尼天文學概要》第四卷的副本。《哥白尼天文學概要》是開普勒為學者們寫的一本開創性的教材，該書的理論依據來自哥白尼而非托勒密。在他搬家前在林茨匆促印刷了第一版。從 1619 年 5 月起，《哥白尼天文學概要》第一卷就被收入了羅馬教廷的《禁書目錄》。開普勒只攜帶了 17 本副本，而且都沒有卷頭插畫和序言。到了那年最後兩個月，開普勒曾試圖讓圖賓根和烏爾姆的印刷廠幫忙出版第五捲到第七卷，但被對方拒絕了。

開普勒準備在接下來的幾個月完成最後一卷的寫作，這都要歸功於和邁克爾·馬斯特林交談中得到的靈感。馬斯特林是圖賓根大學的教授，曾教導開普勒說作為造物主的上帝關愛世人、非常仁慈，關心每一個胎兒的成長。研究自然能夠讓人更好地理解上帝。比聖經更神聖的是天堂。只有精通數學和物理的人才能瞭解自然，因為這些人的思想是上帝按照自己的形象創造的。 和其他自然哲學家一樣，馬斯特林之前曾當過牧師，和開普勒一樣，也得過獎學金。他的簽名是四個 M 的英文組合（Michael Mstlin Master Mathematician），即邁克爾·馬斯特林大師級數學家，令人印象深刻。他同時也觀察月亮的運動。即便如此，到了 1609 年，公國的顧問們仍覺得他「太老了」。圖賓根大學的教授牆上，馬斯特林雙眼凹陷，白鬍子也非常稀少。雖然只比卡塔琳娜小几歲，但他在圖賓根天文學教授的位置上一直待到 1631 年 81 歲去世才讓出來，這可讓開普勒的朋友威廉·席卡德苦等了很久。開普勒在事業初期曾極力去爭取老師的關注和關愛，但是到了 1626 年卻把它說成一個「脾氣暴躁」的老頭，並在一年後調侃說他是圖賓根大學所有系裡唯一的老父親。1620 年的時候，對開普勒影響很大的老師裡就只剩下馬斯特林了，甚至連神學家哈芬雷費爾（曾在自己年近六旬時稱自己為「老男孩」）和西格瓦特也都相繼去世。馬斯特林如果去世將標誌著一個新時代的到來。

在完成著作的同時，開普勒還急需為母親擬定一份法律辯護。在小女兒寇朵拉於 1621 年 1 月出生後，開普勒離開了自己的小家庭。到了 4 月份，黑本施特賴特將寫給開普勒的信寄到了圖賓根的藥房。5 月 21 日，開普勒給貝爾納格寫信，告訴他自己將待在圖賓根向更多人諮詢如何打贏母親的官司。他在信中讓貝爾納格給他寄一本 81 年前（1540 年）出版的天文學著作。 從 5 月底開始，開普勒已經身在斯圖加特了。到了 8 月，在他僅存的一封寫給貝爾納格的信中說自己這一年過得混混沌沌的，不過並沒有在日期旁留下自己的居住地。與此同時，他的好朋友最近聽到一條惡毒的謠言，說開普勒到了斯特拉斯堡卻不來看望自己，這讓他心煩意亂。但實際上，開普勒到達圖賓根後就沒有再往南前行了。