1979年薩爾瓦多爆發內戰，1992年內戰結束，歷時12年。20世紀20年代以來，薩爾瓦多一直由親美軍政府實行獨裁統治，國家的政治權力和經濟命脈一直掌握在本國的“14個家族”和外國資本家手中。他們占人口不到5%，卻佔有全國90%的土地和財富，廣大人民食不果腹，生活極為貧困，人民強烈不滿。

1979年10月，受尼加拉瓜革命的影響，薩爾瓦多人民武裝鬥爭興起，矛頭直指軍事獨裁政府。美國政府為阻止革命向中美洲蔓延，加強幹涉薩爾瓦多內政，支援憲法派軍人發動軍事政變，緩和國內矛盾，穩定政局。反政府武裝規模不斷擴大，活動加強。

70年代末，薩爾瓦多反政府游擊隊組織迅速發展，對抗政府軍，發生多起流血衝突。1980年3月24日羅梅羅大主教在主持彌撒呼籲制止流血衝突時遭遇暗殺，矛盾進一步激化。10月，全國政治軍事組織聯合成立法拉本多·馬蒂民族解放陣線，該陣線決定為成立一個“民主政府”而奮鬥。1981年1月向政府軍發動總攻，政府軍在美國的全力支援下頂住了游擊隊的攻勢，至1983年政府軍基本穩住了全國局勢。

1983年後游擊隊控制了東部和北部的鄉村地區，並得到古巴和尼加拉瓜等國的援助。政府軍在美國支援下開始反攻。1984年6月何塞·納波萊昂·杜阿爾特組成聯合政府，同遊擊隊方面進行了兩輪談判，除聖誕節停火外沒有達成任何協議。

1987年10月，在中美洲和平協議的推動下，雙方經過兩輪會談，同意透過政治對話實現國內停火，但沒有任何實際成效，直到1989年武裝衝突仍有增無減。1989年10月雙方對話，同意透過政治協商實現停火和平。11月游擊隊因工會總部遭襲擊，發動了最大的攻勢，解放6萬平方公里土地，人數增至1萬人。11月中美洲大學6名西班牙傳教士被右翼軍人殺害。1990年初，聯合國派秘書長進入薩爾瓦多和談，9月雙方簽署《人權協議》。1991年4月達成修改憲法的協議。經過近1年的努力，政府軍裁減和游擊隊的遣散已完成。1992年底，長達12年的薩爾瓦多內戰結束。