先介紹隸屬於五大國以及其他小國忍者村比較有名的組織

火之國木葉村-暗部（直屬火影）

暗殺戰術特殊部隊，簡稱暗部，類似於特種軍隊部門，暗部的成員都是從村子裡篩選出的優秀忍者，主要進行保護影和預防敵人入侵忍者村的工作，有時還負責偵察敵情和暗殺等任務，任務的性質一般極其惡劣或枯燥，比如看守重要嫌犯等。由於任務的特殊性。其成員行動時都戴著模仿動物的白色面具，任務性質及其他一切資料均被機密儲存。暗部由影直屬，一切命令由影釋出。

火之國木葉村-根（首領團藏）

在猿飛日斬繼任火影后，團藏以暗部培訓部的名義成立屬於自己的獨立組織“根”，並以領導者的身份在暗處活躍著。他深深繼承了第二代火影冷酷的思想，信念是徹底遵守規定，由於日斬沒能延續第二代火影治理宇智波一族的基本方針，因此使團藏揹負起了村子的黑暗。

水之國霧隱村-追忍

負責追殺叛忍的忍者。通常只留下叛忍的頭顱作為任務完成的證明，而其他部份則會用不同方式來處理，如以火葬或召喚烏鴉啄食殘體。他們亦必須立刻處理掉屍體，以避免屍體落入其他忍村手中，使自己忍村內的資料外洩，如忍者的查克拉型別、忍術、所用藥物型別、血繼限界等。正因為他們常常要處理屍體，故他們對人體結構方面的知識是相當清晰及詳細。

鐵之國-武士軍團（首領三船）

隸屬於鐵之國，武士身穿銀色的疊層掛甲，佩刀（兩把以上） ，武士會將查克拉集中在刀上，另外武士頭上戴的是防毒面具頭盔，在第四次忍者世界大戰中正因為防毒面具頭盔才免於山椒魚毒氣襲擊。

Ps：其餘忍刀七人眾、木葉三忍等只是稱號，並不是組織

其次為獨立於五大國的組織

曉：

兩任首領分別為彌彥和長門，最初目的是為了給自己的國家帶來和平，後彌彥的死亡導致長門墮落，長門對曉進行了改革，改變了曉的計劃，目的是收集尾獸。長門死後帶土則成了“曉”的首領，並挑起了第四次忍界大戰。大戰後期，隨著黑絕陰謀的浮現和大筒木輝夜的復活，曉組織淪為復活輝夜的棋子，帶土和宇智波斑相繼殞命，曉組織在悲劇色彩中完全滅亡。

大蛇丸組織-首領大蛇丸

大蛇丸叛逃處木葉後便建立了自己的組織，憑藉本身強大的實力以及“三忍”這個響徹五大國的稱號，並且還擁可賦予手下“咒印”用於快速提升成員實力，號召了一大群實力不俗的手下，包括前期叛逃佐助，可謂火影前期的終極BOSS

鷹小隊、蛇小隊-首領佐助

由佐助招募並組建的隊伍，四名隊員都是身懷稀有能力的特殊忍者。最初組建時名為“蛇”，目標是殺死佐助的哥哥——滅族兇手宇智波鼬。佐助將鼬殺死後，從“宇智波斑”（宇智波帶土）口中得知鼬滅族的真相，於是為了替鼬報仇而將“蛇”改變成“鷹”，目標也改為毀滅木葉，“鷹”最後隨著佐助在第四次忍界大戰中的轉變而取消了原有目標。

最後一個鳴人後宮之陣列織-人數總多，男女都有（開個玩笑）