朱棣於建文元年（1399年）起兵反抗，隨後揮師南下，史稱“靖難之役”。 建文帝起用老將耿炳文統兵北伐，又派李景隆繼續討伐，而建文帝也缺乏謀略，致使主力不斷被殲。 朱棣經幾次大戰消滅南軍主力，於建文四年（1402年）攻下帝都應天（今江蘇南京） 。

為什麼說靖難之役的元兇是朱元璋而不是朱允炆呢？

第一、藩王實力都很強大，給朱允炆留下後患。

明太祖朱元璋在位時，害怕兒子危及到他的地位，就把兒孫分封到各地做藩王，藩王離皇宮都比較遠，朱元璋根本控制不了他們，所以藩王的勢力日益膨脹。等朱元璋駕崩後，藩王的實力特別是燕王朱棣的實力最為強大。

第二、朱允炆繼位，朝廷很多人不服。

中國曆代的君位繼承一般有三種：第一是兄終弟及，第二種是立愛立賢，第三種是嫡長子繼承製。這三種方法朱元璋都曾仔細考慮過，但最終選擇了嫡長子繼承法。

洪武二十五年，朱標去世，朱元璋很傷心，一夜白了頭髮、鬍鬚。作為一國之君他不僅考慮自己的喪子之痛，更重要的他擔憂國家的安危。後來他多次召叢集臣，討論大明國事，朱元璋正式冊立了朱標太子的兒子朱允炆為未來的君位繼承人。

但是在朝廷內也有一部分大臣對這個繼承人不服，認為朱棣不論在身份上還是能力上都應該強於朱允炆。同時朱棣對父皇的做法也存有不滿，這樣在朱元璋去世後更是虎視眈眈窺視著皇位。

第三、朱元璋在位時誅殺了很多國家元老，造成人心惶惶。

朱元璋是一位放牛娃，能夠成為皇帝，可以說一位是有勇有謀的人物，要不然也不會滅掉了元朝當上了明太祖。可是他天性多疑，自他當上皇帝之後，為了保住自己的皇位，他殺掉了自己很多跟隨自己很多年的元老級人物。

相傳朱元璋做皇帝后，擔心那些與他出生入死打天下的兄弟們奪權，於是建造了一座慶功樓。慶功樓建成那天，他擺下宴席邀諸位文武功臣們前來赴宴慶功，暗地裡卻派人在樓下埋好大量火藥和乾柴，準備藉機引火燒樓，以除後患。

這事雖然做得很隱秘，但卻被劉伯溫看穿了。席上，劉伯溫坐在朱元璋旁邊，悄悄將朱元璋龍袍的一角壓在自己的坐椅上。當大家喝得酩酊大醉時，朱元璋悄然離席。由於有衣角牽動，劉伯溫頓時警覺，於是跟隨皇帝出了門。果然，朱元璋下樓以後，功臣樓便籠罩在滾滾烈焰中。可憐赴宴功臣，全部葬身火海。

以上雖說是傳說，但是朱元璋在位時，很多大臣被他誅殺，這是不爭的事實。

以上三點導致朱允炆繼位後，朝中沒有信服的大臣為他效力，各地藩王虎視眈眈，所以說他的後臺不是很牢固，導致他的政權不穩。

朱允炆登基後為了鞏固自己的政權，開始削藩。這些藩王可都是朱允炆的叔叔，不但有皇室血統而且勢力很大，對他的皇位威脅也最嚴重。朱允炆為了除去這些心頭之患，積極聯絡親信大臣齊泰、黃子澄等採取一系列削藩措施。

削藩從長遠來看是對的，尤其是朱元璋封的這些個個都擁有實權，長此以往難保不成為亂臣賊子。只是朱允炆過於心急，對實力比較差的藩王都被他消滅，但是在燕王朱棣這塊就困難了。

朱允炆在北平周圍及城內部署兵力，又以防邊為名，把明太祖第四子燕王朱棣的護衛精兵調出塞外戍守，準備削除燕王。可畢竟他太年輕，被朱棣渡江直逼南京城下，京師遂破。燕兵進京，南京城內的皇宮大院起了火，建文帝失蹤。

朱元璋的打算是很好，立朱棣是太平一代，立朱允炆是太平萬代。如果讓大家知道做太子是立賢不立長，那後人就有更加正當的理由造反，天下更加不安！

朱元璋規劃得很好，想用文韜的建文帝來管理朝政，用武略的朱棣來鎮守北疆。不過沒想到最後叔侄反目成仇，爺爺把孫子朱允炆推到了斷頭臺上。

因此說“靖難之役”的元兇是朱元璋，而非朱允炆。