這個問題比較複雜，皇室的範圍也比較廣，如果把皇室只定義為皇帝的家人，那麼皇室就包括：
皇帝、皇后、太后、嬪妃、公主、阿哥
等等。
當然如果皇室只是指的皇室家族和宗親，那麼皇室裡的人就有
王爺、郡王、貝勒、等愛新覺羅的孫子
。
所以要問清朝皇室都是屬於八旗中的哪一旗，只能說哪一旗都有，皇帝不屬於任何一旗。
清朝是生活在東北地區白山黑水的女真族建立的，最早的時候東北女真分為
建州女真、海西女真、野人女真
三大部分。
建州女真的愛新覺羅氏有一個叫努爾哈赤的年輕人，因為父親和祖父被明軍誤殺，於是他開始用先父留下的十三副遺甲起兵，統一了女真各部，建立後金，成為明朝在東北的主要對手。
努爾哈赤之所以在很短時間內統一女真各部，得益於他的
八旗制度
，其實所謂八旗制度就是一種兵民合一的社會組織，目的就是把女真人編制在一起，平時打獵生活，發生戰爭隨時轉為兵。
由於女真人平時經常打獵，騎射本領很強，所以這樣編制起來的女真人戰鬥力很強。
努爾哈赤規定女真300人為一牛錄，5牛錄為一甲喇，5甲喇為一固山，固山在滿語中就是指的“旗幟”，所以努爾哈赤建立的軍事制度稱為八旗。
最初努爾哈赤只有一旗兵力，後來又陸續建立了其他各旗，努爾哈赤的兒子皇太極又完善了八旗制度，建立了漢軍八旗、蒙古八旗，從那以後，八旗制度正式形成，而滿人每個都是有旗籍的。
順治帝入關後，八旗進入內地，開始了圈地活動，八旗子弟也成為了貴族，由於八旗子弟的人口爆炸式增長，八旗子弟的生計問題一直困擾到清朝滅亡。
很多人都有一個誤區，那就是上三旗都是地位高的皇室，而下五旗都是一般的貴族，而實際上不是這樣的，八旗從努爾哈赤到順治帝，經歷了數次的改色和混編。
順治帝親政後，為了防止八旗旗主左右皇權，直接把八旗中最強的正黃旗、鑲黃旗、正白旗全部抓在自己手裡，皇帝成為上三旗的旗主，並且順治帝規定上三旗只有皇帝一個王。
這樣一來，其他的皇室只能到下五旗，所以上三旗的皇室宗親並不多，只有下五旗的才是真正的皇室宗親。
順治帝規定上三旗由皇帝掌握，剩下的五旗則是由開國時的八旗旗主後人掌握，就像
正紅旗都是禮親王代善的後人掌握，鑲白旗則是由肅親王豪格的後代掌握，鑲紅旗則是克勤郡王嶽託掌握，正藍旗則是由豫親王多鐸掌握，鑲藍旗則是由鄭親王濟爾哈朗掌握。
當然上面的這些只是指的旗主，至於皇室的人，則是哪個旗的都有，皇室家族其實不在上三旗，不代表著不尊貴。
因為上三旗和下五旗對於旗人是沒有什麼區別的，只是對於包衣佐領有區別，上三旗的包衣佐領下人都是為皇帝服務的，下五旗的包衣佐領都是為王公服務的，所以就是當誰的奴才問題，對於旗人沒有這個煩惱。
下面一個個說一下清朝皇室都是在哪個旗。
皇帝
清朝初期，皇帝一般是掌握兩旗兵力的，就像努爾哈赤，他掌握兩黃旗，所以不能確定這時的努爾哈赤是哪個旗，並且滿人沒有入關時，旗籍還沒有固定下來，八旗旗主之間經常變換，旗色也經常改變。
皇太極沒繼位時，他還是正白旗的旗主，結果他登基後，自己的正白旗變成了正黃旗，所以清朝入關前旗色經常變。
可能旗下的旗民今天還是正黃旗，明天就變成了正白旗，這都是有可能的，但是可以肯定的是皇帝是掌握兩黃旗的，
因此皇帝不屬於哪一旗，他是特殊的，因為他掌握兩旗人馬。
皇太極死後，多爾袞掌握大權，八旗又進行了改色和混編，旗主也在一直變化，但是順治帝親政後，八旗旗主算是定了下來。
順治帝因為幼年被多爾袞欺負，他深知八旗旗主的厲害，因此為了掌握大權，順治帝親自掌握了多爾袞的正白旗，加上自己的兩黃旗，順治帝掌握了三旗兵力。
即使這樣順治帝仍然不放心，他把兩黃旗和正白旗定為了上三旗，表示上三旗的一直由皇帝統領，上三旗沒有其他王，皇帝是三旗總旗主。
所以順治帝以後的皇帝都是上三旗的旗主，皇帝也就沒有了旗籍，因為他不屬於哪一旗，他掌握三旗，至高無上。
至於有人說鑲黃旗是頭旗，皇帝的旗籍在“
頭旗頭參領頭佐領
”裡，所以皇帝一家在旗籍上是“
鑲黃旗滿洲第一參領第一佐領
”的人。但是這種說法是不對的，因為皇帝不可能在哪個佐領下，更不可能服從哪個佐領的管理，所以皇帝是沒有固定旗籍的。
皇后
清朝的皇后一般都出身比較高貴，很多皇后都是滿洲正黃旗或者滿洲鑲黃旗的，清朝入關前旗籍比較混亂，皇帝為了安撫蒙古，有很多蒙古族的皇后，所以不屬於哪一旗。
但是順治帝以後，從康熙皇帝開始，國家已經大一統，清朝皇帝再也不需要娶蒙古女子了，這樣皇后的出身都比較高。
例如，康熙皇帝一共有四個皇后，其中
孝誠仁皇后赫舍里氏是滿洲正黃旗人、孝昭仁皇后鈕祜祿氏是滿洲鑲黃旗、孝懿仁皇后佟佳氏是滿洲鑲黃旗、孝恭仁皇后烏雅氏（一開始是滿洲正黃旗包衣，後來抬入了滿洲正黃旗）
。
透過康熙皇帝的皇后就說明，一般皇后出身都是正兒八經的兩黃旗人，即使有個別不是兩黃旗人，也會透過抬旗進入兩黃旗人。
後來乾隆皇帝的皇后也有過抬旗的情況，比如乾隆的第二任皇后那拉氏本來是鑲藍旗人，後來被乾隆抬進了正黃旗。乾隆的第三任皇后魏佳氏，也就是嘉慶帝的生母，也是從正黃旗包衣抬到了鑲黃旗。
當然，除了兩黃旗，還有正白旗的皇后也出現過，比如道光帝的母親就是正白旗的。
所以，清朝的皇后不管是後來抬得也好，還是原來就是也好，最後都是上三旗人。
太后
清朝的太后其實可以參考皇后，因為皇帝的皇后如果可以活到皇帝駕崩，都會成為太后，因此太后的旗籍應該也和皇后一樣，都是上三旗的人。
當然清朝前期的不算，畢竟孝莊這樣的是蒙古人，不是屬於哪個旗的。
皇帝的嬪妃
這個就不好確定了，前面說了皇后如果不是兩黃旗的人，都會被皇帝抬旗，抬到兩黃旗，但是嬪妃就不會這樣好運了。
皇帝的嬪妃，除了皇帝比較喜歡的，會恩寵抬旗，而一般的嬪妃之前是什麼旗就一直是什麼旗。
有人問，難道嫁給皇帝不自動進入上三旗嗎？
這個還真不會，原因很簡單，皇后有的都需要抬旗，更何況嬪妃。
以乾隆皇帝的嬪妃為例，他的5位皇貴妃基本上都抬旗了，慧賢皇貴妃高佳氏就從鑲黃旗包衣抬到了鑲黃旗人、淑嘉皇貴妃金佳氏從內務府包衣抬到了滿洲正黃旗、純惠皇貴妃蘇氏入了正白旗、慶恭皇貴妃陸氏入了鑲黃旗。
但是乾隆其他嬪妃，有的就沒有這個機會了，例如循貴妃伊爾根覺羅氏，滿洲鑲藍旗人，她沒有被抬進兩黃旗。
所以清朝皇帝的嬪妃，真是哪個旗都有，漢軍旗和蒙古旗的也有。
皇子
清朝的皇子在清朝前期，分到哪個旗的都有，比如太祖努爾哈赤的子孫：
鑲紅旗：褚英子孫、代善第二子嶽託子孫、阿濟格子孫；
正紅旗：代善子孫（除嶽託一支外）；
正藍旗：阿拜子孫、阿巴泰子孫、賴慕布子孫、多爾袞子孫、多鐸子孫；
正白旗：湯古代子孫、塔拜子孫；
正黃旗：巴布泰子孫；
這就說明努爾哈赤的子孫在哪個旗的都有，當然皇太極作為皇帝，還是不屬於固定的哪個旗。
皇太極的兒子也一樣，哪個旗都有。
鑲白旗：豪格子孫；
正黃旗：葉布舒子孫；
鑲紅旗：碩塞子孫；
正黃旗：高塞子孫；
鑲黃旗：常舒子孫、韜塞子孫；
這也可以看出清朝入關前，皇帝的兒子隨便分旗，有的直接在正黃旗，屬於皇帝的旗人。
例如正黃旗滿洲第二參領下第十佐領與第十一佐領，即是清太祖之子巴布泰的後裔管理的佐領。巴布泰，系清太祖小福晉所生庶子。正黃旗滿洲第三參領第十七佐領，為清太宗第四子葉布舒後裔管理的佐領。
但是順治帝規定了上三旗和下五旗以後，上三旗不能有王公，這樣一來皇帝的兒子再也不會分到上三旗了，而是皇子們成年後都被分到下五旗，當然皇子到下五旗都是當小旗主，用來分化旗主的權力。
其中
雍正皇帝
當皇子時就分到了
鑲白旗
擔任小旗主，其他的皇子也都分封在了下五旗。比如十三爺允祥被封到了正藍旗，就連太子允礽都分到了鑲藍旗。這也說明了，皇帝的皇子成年後必須要分到下五旗，不管是什麼身份，這樣可以保證上三旗沒有王爺。
當然雍正皇帝是皇子的時候分到了鑲白旗，但是後來人家是皇帝了，自然不再屬於鑲白旗了，不過其他阿哥的後人旗籍是不會變了，十三爺的後人都是正藍旗，這些都是可以查證的。
因此，清朝入關前，皇帝的兒子在哪個旗的都有，而清朝入關後，皇帝的兒子到了成年後，是要進行分旗的，所以清朝入關後，皇帝的兒子都在下五旗。
最後再說一下宗室
其實宗室可以參考一下皇子，畢竟皇子當不了皇帝就會成為宗室，這樣清朝的皇室宗親也是哪個旗都有。
但是一般來說上三旗的宗室很少，因為只有清朝前期部分皇子分到了上三旗，人數有限。
後來的皇子都是在下五旗，所以清朝的宗室在下五旗的比較多。
綜上所述，清朝的皇室，只有皇帝沒有固定旗籍，其他的無論是皇后、太后、嬪妃，還是親王、郡王、貝勒，都是有自己的旗籍。只不過皇室宗親都會分到下五旗，從而確保上三旗只有皇帝一個王。皇后和太后都會是上三旗的人，畢竟都坐過皇帝的正妻，地位不可能低的。