在我國古代歷史上，每逢皇子們爭奪繼承皇位的時候，大臣和貴族都面臨著派別站隊，蒙古族貴由稱汗時也是一樣。因為成吉思汗傳承下來時，就已經打破了“幼子守灶”傳統舊制，所以在當時無論是誰稱汗，都不會得到整個蒙古的支援。再加上貴由的母親乃馬真後操控的稱制和賄選，完全的脫離了蒙古民族的樸實，所以朮赤之後和託雷之後對貴由登上汗位最不服。

蒙古帝國的派系之爭正式開始，是在窩闊臺即位後。蒙古的繼承製度是“幼子守灶”制，並不是漢族的“嫡長繼承”制。成吉思汗的四個嫡子分別是長子朮赤、次子察合臺、三子窩闊臺、四子拖雷，雖然窩闊臺既不屬於幼子守灶，也不屬於嫡長繼承，但是成吉思汗考慮到帝國的需要這才傳位給窩闊臺。在這四個兒子中，成吉思汗根據他們各自的才能分別予以重任，朮赤掌狩獵；察合臺掌法令；窩闊臺主朝政；拖雷統軍隊。成吉思汗最喜歡的兒子其實是老四拖雷，因為拖雷像成吉思汗一樣喜歡帶兵打仗，是一位傑出的軍事家，這方面特別符合成吉思汗的胃口。但在成吉思汗晚年，蒙古帝國已經發展的相當巨大，成吉思汗很明白帝國需要一位政治家來鞏固和發展，幾人相比之下窩闊臺的政治才能和治國能力更高些，所以成吉思汗打破了蒙古的舊傳統，立了窩闊臺為繼承人。

蒙古各部落的貴族非常重視傳統的“庫裡勒臺製度”，也就是各部落的民主選拔會議。窩闊臺雖然是成吉思汗的指定的繼承人，但在成吉思汗去世的兩年內依舊沒有當上蒙古大汗，而在汗位空缺的兩年裡，是幼子拖雷監攝國政。直到1229年的庫裡臺大會上，貴族們支援幼子拖雷稱汗的人依然非常多，最終在經歷了40多天的辯論後，窩闊臺才千辛萬苦的登上汗位。也就是這個時候，託雷系和朮赤系與窩闊臺系的矛盾就已經產生，真正站在窩闊臺系一邊的只有察合臺系。

窩闊臺的汗位本身就已經產生了矛盾，失去了一些蒙古貴族的支援，到了貴由這裡就更加激化了，再加上窩闊臺並沒有立長子貴由為繼承人的意思，顯得矛盾進一步擴大。窩闊臺想要讓三子闊出繼承他的位置，但闊出在1236年2月徵南宋時陣亡，隨後窩闊臺又想要讓闊出的兒子失烈門繼承大汗，但還沒來及立詔，窩闊臺就去世了，這就徹底給繼承大統留下一盤殘局。

在窩闊臺死的時候，貴由還在外面征戰，在這種危急的朝內局勢下，乃馬真皇后是想立自己的親兒子貴由為汗，於是找相國耶律楚材商議，但耶律楚材並不想幫乃馬真皇后，他堅持要遵守窩闊臺的遺願立失烈門為汗。就在兩人爭執不下的時候，乃馬真心腹奧都剌合蠻建議先由皇后稱制，等失烈門長大後再說，於是蒙古帝國的大權暫時就落在了乃馬真後的手上，這樣才為貴由迴歸後的稱汗打下了基礎。

貴由的能力在家族中的頂尖的，西征時更是立下汗馬功勞，如果他能繼承汗位，應該會表現不錯的。但貴由上任後，乃馬真依然掌控著朝政，她雖然有幫助兒子上位的手段，卻沒有能力治理國家，把國家整成了矛盾重重的局面，政治更是日趨腐敗。蒙古人把造成國內混亂的罪名全都放在貴由身上，造成貴由剛當上大汗時的名聲就不好。當貴由真正掌握政權的時候，他依然沒有做出任何的改變。貴由不僅沒有一改母后專政的混亂，還大開府庫，封賞幫其稱汗的諸王、大臣。他雖然常年在外征戰，但身體並不健壯，手足又患拘攣病。作為大汗，上臺之後也沒有注意身體，整天在酒色中度過。在他掌政的兩年中，政局依然混亂，可以說他是個失敗的大汗。

透過上面的描述，貴由之所以沒有得到整個蒙古人的支援，是因為從成吉思汗破壞舊制開始，就造成了蒙古內部的矛盾。這種體制問題在日後的，忽必烈與阿里不哥爭奪汗位中都有體現。貴由母親的稱制和專權擾亂了蒙古內部局面，為他留下了不好的口碑，當貴由掌政後並沒有做出任何改變，反而使蒙古更加混亂，因此得不到大部分蒙古人支援也是應該的。如果成吉思汗那個時候沒有打破傳統繼承製度，按照“幼子守灶”傳承，蒙古國以後還會不會出現那麼強大的實力？