日本侵華戰爭中，國寶石鼓面臨了長途遷徙的命運。自“九·一八”事變之後，日本侵略中國的意圖已經非常明顯，北平隨時處在戰爭的邊緣，古都的文物準備南遷以避戰亂。石鼓隨故宮第四批文物一起南遷，原故宮博物院院長馬衡負責石鼓的遷運工作。此後十餘年間，石鼓赴上海、轉南京、抵重慶，在經歷了南遷、西遷、東返、北歸之後，終於在1950年迴歸北京，在新家故宮博物院 落戶，從此，國寶得到了更好的保護、展示和研究。

其實在石鼓南遷途中，曾經兩次歷險。一次是在重慶酉陽，承運的車輛為趕時間不慎翻入山澗之中，萬幸的是，石鼓在車墜入山澗之前已經落在地上，沒有收到損傷。還有一次是在重慶江津，車輛為趕夜路，不小心撞在樹上以致翻車，石鼓卻又安然無恙。

兩次化險為夷，得益於石鼓的裝箱方法——故宮的專家先用浸溼的高麗紙附在石鼓表面以保護刻字，再包上兩層棉被以做緩衝，然後再用麻繩打成辮子將棉被纏緊，之後放在厚木箱中，箱內塞滿稻草，箱外包上鐵皮條。事實證明，這一辦法使石鼓得到了萬全的保護。