神秘的“博格”DNA似乎同化了來自不同生物體的基因

神秘的“博格”DNA似乎同化了來自不同生物體的基因

據悉,在美國加利福尼亞的一個後院裡,發現了一些神秘的DNA鏈,它們似乎吸收了周圍環境中許多不同生物的基因。

科學家們將這些元素命名為“博格(Borgs)”,他們的發現不僅可以幫助我們理解微生物的進化,還可以幫助我們理解它們在生態系統中的相互作用,以及它們在更廣泛的環境中所扮演的角色。

根據加州大學伯克利分校的地球微生物學家吉爾·班菲爾德(Jill Banfield)的說法,“博格(Borgs)”可能會涉及一個極其重要的發現。

神秘的“博格”DNA似乎同化了來自不同生物體的基因

上圖:“博格(Borgs)分享了全部基因組特徵

吉爾·班菲爾德表示:“自從CRISPR以來,我還沒有對一項發現如此興奮過。我們發現了一些神秘的東西,就像CRISPR一樣,與微生物基因組有關。”

第一個“博格(Borgs)”是在從班菲爾德家的後院挖出的泥漿中發現的。 據報道,吉爾·班菲爾德正在與加州大學伯克利分校的遺傳學家 Basem Al-Shayeb 合作,以確定感染生活在溼地環境中稱為古細菌的缺氧微生物的病毒。

環境 DNA 是識別棲息在生態系統中的生物範圍的極好方法。 但在他們的一勺泥裡,班菲爾德和阿爾沙耶布發現了一些有趣的東西:一種由近一百萬個鹼基對組成的 DNA 結構。 那是相當巨大的。

仔細觀察序列,科學家們發現了更多的特點:超過一半的基因是新的; 它在每條鏈的末端都有映象序列; 它顯示出與自我複製能力一致的結構。

但令人困惑的是,研究人員轉向 DNA 資料庫,想看看他們是否能找到其他與他們的發現相似的東西。 最終,他們鑑定出了 19 個似乎符合這一特徵的序列。

這些 DNA 結構是什麼還不清楚,但它們肯定很吸引人。 它們屬於一類稱為染色體外元件(ECEs)的結構,可以在包含生物體大部分遺傳物質的染色體之外找到。

ECEs 很大,可以自我複製,它們可以在細胞核內或細胞核外找到,例如質粒和病毒DNA。研究人員在論文中寫道:“我們既不能證明它們是古生菌病毒、質粒或小染色體,也不能證明它們不是。”

然而,根據班菲爾德的說法,博格細菌比其他ECE要大得多:是它們宿主微生物大小的三分之一。

測序結果顯示,他們發現的“博格(Borgs)”與一種叫作 Methanoperedens 的古菌屬具有共同的特徵,這種古菌可以氧化甲烷,這表明這些結構可能與那些特定的微生物有關。 事實上,“博格(Borgs)”家族可能會積極參與這一過程。

這樣的結果就非常讓人感興趣了,因為這個過程可以減少大氣中的甲烷量。 由於甲烷是一種強效溫室氣體,瞭解微生物如何進行這一過程,可能會對氣候科學產生影響。

然而,Methanoperedens 不能在實驗室環境中生長(至少現在還不行)。 環境DNA的一個問題是,它可能會被同一環境中的其他遺傳物質汙染。

事實上,“博格(Borgs)”似乎共享了許多來自其他元素和微生物的基因序列。 研究人員將此解釋為 ECE 已經吸收並同化了這些基因和元素。

神秘的“博格”DNA似乎同化了來自不同生物體的基因

上圖:細胞卡通畫,說明了由共存的丁香提供給 Methanoperedens 的能力。

但是,這些共享基因有可能是環境汙染的證據。 在 Methanoperedens 可以在實驗室中生長,並與那些汙染影響隔離之前,可能無法明確宣佈這些遺傳結構是一項新發現。

然而,這一發現仍舊是一個有趣的發現。 如果“博格(Borgs)”是真的,它們可能會提高甲烷古生菌氧化甲烷的能力。 這表明可能有未知的過程在起作用,這些 ECE 在調節大氣中起著以前未知的作用。

研究人員最後表示:“博格(Borgs)攜帶大量代謝基因,其中一些會產生具有不同生物物理和生化特性的 Methanoperedens 蛋白的變體。假設,這些基因擴充套件和增強了 Methanoperedens 的能量代謝,博格可能會產生深遠的生物地球化學後果,包括減少甲烷通量,對氣候產生重要和不可預料的影響。”

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