“東林黨”是明朝歷史上頗有名氣的一支政治派別。與它對立的是“齊楚浙黨”，以及後來“齊楚浙黨”所依附的“閹黨”。上溯源流，它的形成其實是來自一場朝廷內部為了冊立皇太子而發生的激烈政見之爭。
明神宗萬曆十四年，也就是公元一五八六年，當時的皇帝朱翊鈞寵愛鄭貴妃，便想立鄭貴妃所生的皇三子朱常洵為太子。按照明朝典章制度，皇位本由嫡長子繼承，如果出現皇后無子，就應該立庶出的長子為太子，朱常洵顯然不在此列。尤其中國自古崇尚“嫡長子繼承製”，隨意按照皇帝好惡冊立太子，歷來被認為是動搖國本的大事。當時的禮部儀制顧憲成等力主按照制度冊立太子，但是明神宗和其他的朝臣對此持反對意見，所以，冊立太子的事情就被拖延下來，這一爭論國本的事件在很多朝代都有，但是在明朝，卻成為黨爭的開始。
明朝對官吏的考核有“京察”和“外察”制度。從成化年間開始，開始實行“京官考察”，一般是六年一考察，在巳、亥年進行。四品以上的官員考察後，或升或降，交由皇帝親自進行裁決。五品以下的由主管考核的官吏確定“致仕、降調、閒住為民者有差，具冊奏請”。“外察”的考核地方官吏，三年一次，每逢辰、戌、醜、未年進行。外官要專門到京城朝覲，即趁此時機進行考察。由於考核的目的最終直接關係仕途的升遷，所以，官吏們對其非常重視，為了能夠應付上級的考核，他們往往結黨營私，扶植同黨，在考察的過程中排斥異己，打擊對手，用考察掩蓋內部的政治鬥爭。
萬曆二十一年又到了“癸巳京察”的時間，主持考察的是吏部尚書孫鑨、左都御史李世達、考功郎中趙南星等。他們在顧憲成的支援下，罷黜了不少貪官汙吏，因而得罪了內閣權臣和被罷黜官吏的親朋好友。按照史書的說法，他們”秉公澄汰，無所徇私”。所以，很是得罪了一批朝廷裡的官員，使得以王錫爵為首的閣臣們以及追隨者“皆不悅”。隨後，王錫爵以“吏部專權結黨”為由向皇帝告了一狀，明神宗便下令將孫鑨“罰俸”，趙南星降三級，“調外任用”。如果這件事到此為止，則明神宗也會繼續平衡兩派，不再糾纏下去。沒想到，左都御史李世達、吏部郎中於孔兼、員外郎陳泰來等不服，連續為趙南星鳴冤叫屈，並且攻擊王錫爵。明神宗看到眼裡，更加認定他們真的在搞“團團夥夥”，所以，大怒，直接將孫鑨罷官，趙南星“削籍”，乾脆永不敘用。陳泰來、于孔兼“皆降調”。不久之後，吏部郎中顧憲成，因為會推閣臣不稱旨意，也跟著被罷官。
顧憲成既然被罷官，便回到故鄉無錫，與弟弟顧允成倡議開始修復東林書院。東林書院創建於宋代政和元年，是北宋時期，著名理學家程顥曾經講學的地方。顧憲成重修書院後，與高攀龍、錢一本等人開始在裡面講學。他們雖然名義是講學，但是實際主要的目的還是議論朝政，並且與朝中政治看法相同的官員互通聲氣，所謂“朝士慕其風者，多遙相應和”，對於朝廷中的國事決策有一定影響的政治勢力，這樣一來，這種類似政治沙龍的鬆散組織，便被時人認定為一股政治力量，所以稱之為“東林黨”。
與此同時，以沈一貫的追隨者為基礎的“齊楚浙黨”也逐步擴大形成。齊、楚、浙三黨是按照官員籍貫形成的集團。齊有亓詩教、周永春、韓浚等；楚有官應震、吳亮嗣、田生金等；浙有沈一貫、姚宗文、劉廷元等。
兩派鬥爭空前激烈，互不相讓，他們在宦官專權、後宮干政，開放言路，減輕賦役負擔，發展東南地區經濟，礦監稅使的掠奪等方面看法嚴重分歧，成為明朝末期最為激烈的黨爭。
萬曆末期以及天啟初年，皇宮內部發生三個案件。分別是“梃擊案”，“紅丸案”，還有“移宮案”。“梃擊案”發生在萬曆四十三年。當時有一名叫“張差”的中年男子手執木棍闖入慈慶宮打傷內侍，後來將其拿獲後，調查發現該男子與鄭貴妃宮中太監有牽連，故而被“東林黨人”認定為企圖謀害當時還是皇太子的朱常洛。而調查者，擁戴鄭貴妃兒子，依附福王派系的“浙黨”御史劉廷元拿出的審訊報告，卻將張差“梃擊”太子宮的事件與擁戴福王的事情作了明確切割。這一撇清的動作，不僅讓持中立態度的官員產生疑慮，更加讓“東林黨”人認定為後宮干政的具體證據。本來明神宗就不想立朱常洛為皇帝，現在又出現這種“梃擊”太子的行為，使得皇宮內部的各種政治勢力充滿了疑忌。明神宗看到內部分裂無法彌合，一改多年不見群臣的做法，公開帶著皇太子朱常洛與群臣進行了一場會見。他譴責了群臣“離間”父子的關係的做法，隨後太子以“瘋癲之人宜速決，毋株連”，匆匆將張差處死，這場內部的紛爭才告結束。
明神宗去世後，太子朱常洛登基，但是已經病入膏亡的狀態。這時，鴻臚寺丞李可灼給皇帝獻上了“紅丸”治病，沒想到，第二天就暴亡。接著發現內侍崔文升在朱常洛服用“紅丸”前，曾經服用過他所進獻的瀉藥，這又涉及到了鄭貴妃，因為崔曾經在鄭貴妃屬下任職。其後，明光宗朱常洛的妃子李選侍為了挾持幼帝，不肯從乾清宮遷至噦鸞宮，是為“移宮案”。這幾次宮廷內部的重大案件，東林黨人以維護皇權的面目出現，公開抨擊危害皇帝的行為，主張嚴厲追查，目的在於堅決反對鄭貴妃、李選侍干預朝政，朝廷內部的黨爭更加激烈。
同時，明朝政府為了彌補空虛的國庫，從萬曆二十四年開始，朝廷派出大量宦官充當礦監稅使分赴各地，這些宦官囂張跋扈，搜刮百姓無度，如狼似虎，與強盜無異。“東林黨”人對於這種肥了皇帝，闊了宦官，苦了百姓的做法，嚴厲反對，多次與“閹黨”進行抗爭，結果導致很多東林黨人削職罷官，逮捕問罪，甚至被迫自殺。
到了明熹宗天啟年間，“東林黨”與“閹黨”的鬥爭更趨激烈。當時很多非東林黨投靠了“閹黨”，而“閹黨”也在魏忠賢的操控下，更加壯大，他們嚴厲打擊“東林黨”，毀書院，建立黑名單，所謂有《東林點將錄》一百零八名，《東林同志錄》三百十九人，《盜柄東林夥》三百九十三人。並且向各省頒佈“東林黨”人榜，凡是榜上有名的，活著的要削籍，死去的要奪官，許多人因此被迫害。明思宗崇禎登基後，開始懲治魏忠賢以及“閹黨”，恢復了“東林黨”人的名譽。不過，崇禎帝個性疑神疑鬼，而殘餘的“東林黨”人反而因為門戶之見更為加深，朝廷黨爭不讓前朝。就在風雲飄搖之間，李自成的農民軍開始興起，十多年後，李自成率領農民軍攻入北京，大明朝就在這爭爭吵吵中，也走入了歷史的盡頭。