在一個水下設施中，一組科學家正在研究馬卡鯊魚，以幫助重新啟用休眠的人類腦細胞。在一條鯊魚逃離該設施並試圖襲擊一艘滿載青少年的船後，金融支持者派公司高管拉塞爾·富蘭克林去調查該設施。在實驗室裡，蘇珊·麥卡萊斯特和吉姆·惠特洛克醫生透過測試一種從他們最大鯊魚的腦組織中去除的蛋白質複合物來證明他們的研究是有效的。然而，鯊魚醒了，割斷了吉姆的右臂。

在實驗室裡，蘇珊、拉塞爾、牧馬人卡特·布萊克、海洋生物學家賈尼斯·希金斯和工程師湯姆·斯科金斯目睹鯊魚將吉姆的擔架砸向實驗室的主視窗，淹死了吉姆，並淹沒了實驗室。該小組前往該設施的溼入口，他們計劃乘坐潛水器逃生。面對挑戰時，蘇珊向其他人承認，她和吉姆透過基因改造鯊魚來增加它們的大腦體積，因為它們不夠大，無法收穫足夠量的蛋白質複合體；這有副作用，使他們更聰明，但更致命。當組織到達溼入口時，他們發現潛水器已經損壞。在發表強調團體團結必要性的獨白時，拉塞爾被鯊魚拖進了潛水池並被殺死。

在這個過程中，珍妮絲失去了控制，掉進了鯊魚出沒的水中。儘管卡特試圖救她，鯊魚還是把珍妮絲拖了下去，殺死了她。在該設施的廚房裡，已經被部分淹沒，廚師謝爾曼·達德利成功地用爆炸殺死了第一隻鯊魚。然後他走向電梯井，在那裡他遇到了卡特、湯姆和蘇珊。卡特和湯姆去被淹的實驗室啟動一個控制面板，控制面板將樓梯排到地面，蘇珊則去她的房間收集她的研究資料。卡特和湯姆到達了控制面板，但是最大的鯊魚襲擊了控制面板，殺死了湯姆，破壞了控制面板。在她的房間裡，蘇珊遇到了另一隻鯊魚，並設法用電源線殺死了它，破壞了她的研究。

為了分散最後一條鯊魚逃到公海的注意力，蘇珊割傷了自己，跳入水中。儘管她設法分散鯊魚的注意力，但她無法離開水面。卡特潛入水中，但為時已晚，無法救她免於被吞噬。當卡特抓住鯊魚的背鰭時，牧師用魚叉射殺了鯊魚，但也刺穿了卡特的大腿。當鯊魚衝破柵欄時，卡特命令牧師將拖尾電線連線到電池上，透過電線向魚叉中的炸藥輸送電流，殺死鯊魚。最後，卡特設法及時釋放了自己，並和牧師一起看到一艘工人的船正在地平線上航行。