玄慈本名慕容歸，乃慕容龍城之子，慕容博的哥哥，害眾人枉死實際就是玄慈精心設計的圈套。
玄慈之父慕容龍城生於五代之末的龍城，故而名為龍城。慕容龍城自幼不忘祖上遺訓，廣招英雄豪傑，暗自積蓄力量，意圖復國大燕，本想趁天下大亂，乘勢而起，逐鹿中原，奈何冥冥之中自有定數，卻被趙匡胤率先一步建立了大宋，終無建樹，以失敗告終。
北宋開國之初，四海昇平，國泰民安，短時內根本無亂象。慕容龍城為使復國理念世代傳承，又恐復國被大宋所知而成為眾矢之的，於是化名逍遙子，創立了逍遙派。
為留存燕皇血脈，慕容龍城將其子慕容歸、慕容博兩兄弟送往姑蘇燕子塢悉心培養，自己則收無崖子、天山童姥、李秋水三位弟子，分別授以絕世神功，並賦予重任。
慕容龍城指派大弟子天山童姥前往天山縹緲峰，並創立靈鷲宮，控制住三十六洞、七十二島武林中旁門左道之人，聽從號令，伺機而動。李秋水則被派往西夏，讓其用美貌魅術成為西夏景宗李元昊的妃嬪，勸說西夏皇帝聯合慕容世家，裡應外合，滅了大宋，無崖子留在自己身邊，坐鎮中原，觀察天下的一舉一動。
然後慕容龍城打造七寶指環，作為復國起兵的信物，就待大宋江山震動，或有內憂外患之時，乘勢而起。
這時，李秋水勸說李元昊成功，隨即李元昊率大軍陳兵西夏和大宋兩國邊境，而天山童姥則號令三十六洞、七十二島跟隨慕容龍城殺上少林。
當時，少林作為武林中的泰山北斗，在丐幫的協助下以輔翼北宋、抗擊外敵為己任，成為號令天下的武林領袖，慕容龍城深諳這點，欲取天下必須要征服少林，控制丐幫。
慕容龍城自負有獨創的“斗轉星移”，可以縱橫江湖，天下無敵，不想卻被少林掌門靈門大師數招內擊敗。
慕容龍城見征服少林已成妄語，決定另闢蹊徑來擁有少林，加之自己已到垂暮之年，於是暗中讓剛及弱冠之年的長子慕容歸遁入空門，並改名玄慈，拜靈門大師為師，以期日後能接掌少林。
慕容龍城從大理不老長春谷中盜取《天長地久不老長春功》秘籍後，決定歸隱江湖，苦心研習不老長春功。
然後，慕容龍城把逍遙派掌門傳位給唯一的男弟子無崖子，並授以七寶指環，自己則隱居於無量山，苦心研習武學，後來慕容龍城將不老長春功與慕容家傳絕學融合，終於創出了輕靈飄逸，閒雅清雋，威力無窮的逍遙派武學。
玄慈雖武學之上頗有天賦，但在為人處世，人情世故之上卻懦弱粗率缺少擔當，志大才疏且沒有底線。
正值青壯之年的玄慈拜靈門大師後，貪慕歡愉，少室山下巧遇村姑葉二孃，見其溫柔美貌，端莊貞淑，見獵心喜，花言巧語騙的葉二孃以身相許，以至懷有身孕。
就在此時，逍遙派弟子天山童姥，李秋水兩人為無崖子爭風吃醋，導致無崖子被丁春秋打下山崖，天山童姥則遭李秋水暗算，走火入魔。
由此慕容龍城對逍遙派弟子們大失所望，又怕玄慈不吸取教訓，重蹈覆轍，便命令其斬斷情絲，不要再貪慕男歡女愛，離開葉二孃。
玄慈不想自己前程被毀，但又心疼自己的骨肉，於是巧言令色，以為了孩子的前途著想為藉口，並傳授葉二孃絕世武功，留給她大筆錢財之後，終於得到葉二孃的諒解。兩人斷了聯絡後，以至二十多年再未見面，玄慈也就對其視而不見，聽之任之，任其在江湖上胡作非為。
少林方丈靈門大師圓寂後，玄慈如願以償的憑藉其假仁假義當上了少林方丈，隨即便和他的弟弟慕容博商議如何利用少林來複國大燕。
當初，李元昊兵陳兩國邊境，終被大宋迫使西夏屈膝求和，其他如吐蕃諸部，雖與大宋時戰時和，卻未對大宋構成威脅，至於西南大理，偏居一隅，與大宋更是交往甚少。
北方的遼國，此時也與宋交好，復燕之志更是無可乘之機，而天下第一大幫丐幫在幫主汪劍通的帶領下肩負民族大義，積極幫助大宋抵抗外族。
若想要復國大燕，首先要挑起大宋與勢均力敵的遼國開戰，其次要想法剷除丐幫幫主汪劍通。
此時的玄慈由於剛剛繼任少林掌門，羽翼未豐，還不能服眾，於是玄慈與慕容博商議，由慕容博負責寫信，邀請致力於宋遼睦鄰修好的遼屬珊大帳親軍總教頭蕭遠山，來中原探親訪友，然後暗地裡在江湖中散佈契丹武士欲來中原偷襲少林，搶奪寺中珍藏數百年的武功秘籍。
而玄慈則以少林的名義，號令包括丐幫幫主汪劍通等在內的二十一名中原武林高手，並擔任帶頭大哥帶領眾人在雁門關狙擊蕭遠山。
豈料，雁門關一戰，事與願違。大宋與遼國並未開戰，丐幫幫主汪劍通也僥倖逃生，唯一達到的目的只是中原武林元氣大傷，但是玄慈所做的一切卻被少林玄苦大師看穿，玄苦大師本就慈悲為懷，不願胡漢再起紛爭，在玄慈苦苦哀求之後，玄苦大師為了少林的聲譽，便將此事壓了下來，但玄慈總覺不安，決定找機會將其除掉。
雁門關之役之後，汪劍通本就不贊同收養蕭遠山之子蕭峰，但玄慈卻居心叵測，令打起算盤：先撫育蕭峰長大，然後再可以讓其師從少林，接著以少林之名推薦給丐幫汪劍通，想辦法讓其繼承丐幫幫主，最後以蕭峰為契丹人的秘密要挾，這樣便可以控制丐幫。
之後，玄慈將蕭峰寄養於少室山下自己的心腹喬三槐家中，暗中培養，希望能將蕭峰教化成一位聽命於自己的傀儡。
中原武林精英因雁門關一戰而消失殆盡，眾人紛紛向玄慈討要說法，玄慈為求自保，便將責任推給了慕容博，然後為了掩人耳目，又授意慕容博在家中假死，隨後安排其悄悄隱伏於少林寺。
天算不如人算，不想蕭遠山雁門關之戰落崖未死，也藏於少林，而蕭峰更是自幼被中原文化洗禮，成為一位為頂天立地，擔當天下，義薄雲天，恩怨分明的大英雄。
汪劍通本就忌憚蕭峰蕭峰是契丹後裔，所以對其也十分提防，但是蕭峰經過三大難題、七大功勞的考驗，終於得到汪劍通的信任，繼承了丐幫幫主。
玄慈一看蕭峰的成長和自己的想法大相徑庭，已經無法掌控蕭峰，於是和藏在少林中的慕容博商議，決定將蕭峰是契丹後裔的秘密公之於眾，讓天下武林共同討伐蕭峰，逼迫其離開丐幫，另外再扶持傀儡，來掌控丐幫。
玄慈首先找到丐幫副幫主馬大元，希望他能揭露蕭峰身世的真相，馬大元不僅為人正直謙遜，更被蕭峰的義薄雲天所折服，斷然拒絕了玄慈，玄慈為防秘密洩露，便將其殺害。
然後，玄慈偽造汪劍通遺書，裝成讓馬大元的夫人康敏無意中發現，再教唆居心不良的全冠清，讓其誘導康敏將秘密公之於眾。
隱藏於少林三十多年的蕭遠山偶然發現了玄慈的端倪，並知道了自己的孩子現在已貴為丐幫幫主，為了能讓蕭峰繼續擔任丐幫幫主，於是開始將知情者一一殺死。
蕭遠山首先殺死了玄慈的心腹、蕭峰的義父喬三槐，然後找到了玄慈。玄慈見狀，正好借刀殺人，將責任全部推線給玄苦大師，為使蕭峰能穩坐丐幫幫主，並可以讓其能率丐幫之眾與中原武林為敵，一來報了昔日喪妻之仇，二來斷了蕭峰迴頭之念。
而此時，蕭峰認為這一切是大奸大惡之人的誣陷，也在開始調查自己的身世，不想卻步步落後於蕭遠山。
待到蕭峰找到玄慈，玄慈大驚失色，情急之下，信口雌黃的將帶頭大哥的身份引到了大理國鎮南王段正淳的身上，話剛出口便覺不妥，此時年方四十出頭的段正淳怎麼可能是三十年前號令群雄的帶頭大哥？
但是此時的蕭峰著急的為解身世之謎，渾渾噩噩之中竟沒有想到三十年前，段正淳只是十多歲的孩童，在玄慈的誤導下，蕭峰憾殺了自己的愛人阿朱。
當全冠清率領丐幫之眾上山與少林爭取武林盟主之位時，面對眾人質問，玄慈開始還是選擇默不作聲，怎奈蕭峰的身世已被公之於眾，此時蕭峰也成為眾矢之的。
蕭遠山見蕭峰的秘密已被公之於眾，於是現身並亮明瞭身份，不僅揭露了虛竹身世，也道出了三十年前雁門關伏擊戰陰謀的始末，直指帶頭大哥就是少林掌門玄慈。
玄慈帶頭大哥的身份雖然被揭穿，但自己是慕容世家的後裔，且又和慕容博同為兄弟之事，卻不為人所知，為了保護藏在少林的慕容博和維護慕容世家的名聲，最終玄慈自絕經脈而死。