清入關前後，透過以聯姻、拉攏以及武力征服等手段，逐步確立起了對漠南蒙古的統治地位，並摸索出了盟旗制度這一有效手段，實現了對各部人眾的統一管理。
內札薩克蒙古東三盟，就是在這一背景下建立，並確立起了外藩札薩克旗式的地方行政建制。
早在努爾哈赤、皇太極時期，為了與明朝以及察哈爾部相抗衡，後金（清）政權即透過聯姻、結盟、武力征討相結合的方式，逐步收服了漠南蒙古。
滿洲皇室與蒙古貴族間長期、頻繁的聯姻活動是清朝的一項國策。
據今人統計，“
總計入關前後的整個清朝，滿蒙聯姻多達586次
”。其中，尤數漠南科爾沁部與清皇室的姻親關係最為密切，早在努爾哈赤建立後金政權之前，二者就已經開始以聯姻來強固彼此間的政治合。
努爾哈赤於萬曆四十年迎娶科爾沁部明安臺吉之女，此為清皇室與科爾沁部聯姻之始。
此後，努爾哈赤子阿濟格迎娶科爾沁貝勒孔果爾之女，皇太極先後迎娶了科爾沁貝勒莽古斯之女額爾德尼其其格，後諡為孝端文皇后，以及科爾沁貝勒宰桑之女海蘭珠、布木布泰兩姐妹，海蘭珠諡哀妃，布木布泰諡孝莊皇后，即順治帝之母。
除科爾沁部貴族之女頻繁嫁
為
清廷后妃之外，清朝皇女下嫁科爾沁部亦不在少數。
除一般王公宗室之女出嫁外，清皇室共有八位公主（包括皇室撫養宗王之女封為公主），嫁於科爾沁部。
昭烏達盟、卓索圖盟諸部與清皇室間的聯姻關係亦頗
密切
。尤數喀喇沁部和敖漢部為最，至於巴林、奈曼、翁牛特、阿魯科爾沁、郭爾羅斯、東土默特諸部，也都不同程度地與清廷存在聯姻關係。
乾隆二年，清廷所定“備指額附”的13個札薩克旗，
即科爾沁左翼前、中、後三旗，科爾沁右翼前、中二旗，喀喇沁左、中、右三旗、土默特左翼旗，巴林右翼旗、奈曼旗、翁牛特右翼旗、敖漢旗，無一例外均屬哲里木、昭烏達、卓索圖三盟，更能說明其與清廷間聯姻關係的緊密。聯姻是連線滿蒙貴族的政治紐帶。
透過長期而頻繁的聯姻，清廷與包括東三盟在內的漠南蒙古各部保持著友好關係，不僅穩固了北部邊疆地區的統治，也獲得了入關定鼎所必需的重要後方基地。
與親暱聯姻關係的建立相同步，面對銳意恢復北元大汗權威的察哈爾林丹汗的挑戰，
清初統治者還擅長運用離間、拉攏的政治手段，並輔之以適時的軍事征伐，軟硬兼施
，互為表裡，藉以進一步推動漠南蒙古的內部分化，最終使其各部先後投歸後金。
作為蒙古諸部名義上的宗主，察哈爾林丹汗在後金政權崛起，並不斷拉攏鄰近蒙古部落的局面下，力圖強行恢復北元汗廷的集權統治，因之招致漠南蒙古各部貴族的不滿。
為求自保，嫩科爾沁部首先試圖建立與後金之間的同盟關係，藉以抵禦察哈爾部進攻。
天命九年，林丹汗率兵進攻嫩科爾沁部，其首領奧巴洪臺吉求援於後金，努爾哈赤派八旗兵來援，將林丹汗之兵逼退。天命十一年（1626）六月，奧巴洪臺吉親朝努爾哈赤，接受“土謝圖汗”賜號。
自此，
嫩科爾沁部及其親族部落扎賚特、杜爾伯特、郭爾羅斯自此臣附後金，是為哲里木盟之前身。
八月，皇太極繼位，仍沿用其父策略，以武力為後盾，利用察哈爾林丹汗不得人心的集權舉措，不斷拉攏漠南諸部歸附。
天命十一年十月，皇太極以通好明朝、襲殺後金邊堡哨探為由，出兵征討漠南左翼內喀爾喀五部。
林丹汗為壯大自身勢力，非但不予援救，反而落井下石，乘機抄掠潰退至西拉木倫河以北的內喀爾喀人眾。
五部中之扎魯特、巴林兩部，被迫逃入科爾沁境內避難，繼而於天聰二年（1628）歸附後金。
內喀爾喀五部潰亂之後，屬察哈爾萬戶的敖漢、奈曼兩部，亦陷入前恐後金大舉來襲，
後懼林丹汗乘機吞併的兩難境地。在皇太極的招誘下，兩部權衡利弊，終在天聰元年五月東遷遼河，歸附後金。
失去敖漢、奈曼之屏障後，林丹汗因恐後金大兵來襲，率察哈爾萬戶主力西遷避敵，並襲取漠南右翼諸萬戶。
天聰二年九月，
林丹汗在挨不哈之戰擊潰土默特、喀喇沁、鄂爾多斯三萬戶聯軍，一時間盡佔漠南蒙古右翼之地。
與林丹汗的倒行逆施，擅行殺伐形成鮮明對比，皇太極的招撫、安置、優待逃難部落的做法，進一步壯大了後金政權在蒙古諸部內的影響力。
天聰四年，遠在漠北的阿魯科爾沁部，南遷西拉木倫河流域，歸順後金
。天聰五年，喀喇沁部貴族畢拉式汗、布顏臺吉、蘇布地塔布囊、萬丹衛徵塔布囊、圖琳固英塔布囊，以及東土默特貴族鄂木布楚琥爾洪臺吉、善巴塔布囊等亦陸續歸附皇太極，人眾或被收入八旗，或安置於遼西一帶，演變為昭烏達盟諸旗。
天聰六年，原服屬察哈爾的翁牛特部，亦“以避林丹汗虐”，
在遜杜稜、棟岱青等貴族率領下向皇太極稱臣。
這樣，構成日後昭烏達盟基礎的蒙古部落，亦大體上均已處於後金政權統治之下。天聰八年，為免遭後金與漠南蒙古諸部聯軍討伐，林丹汗率部西遷青藏，於閏八月間，病死於甘肅大草灘，“其子及國人皆欲來歸”，紛紛降附後金。
天聰十年四月，皇太極於盛京稱帝，更國號為“清”，
漠南十六部四十九臺吉前往朝賀，奉上“博格達徹辰汗”尊號，承認其為蒙古共主。
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