早在白河天皇退位成為上皇之後，他便建立了一套以上皇或法皇為核心的院廳政治體系，攝政關白則被逐出了政治中心。不過與攝關家的對立相比，皇室本身的矛盾還要更為可怕。白河曾經迫使鳥羽天皇位於長子崇德天皇。

但直到白河法皇死後，鳥羽才以上皇身份執掌院廳。在他出家成為法皇后又效法白河法皇，先後使近衛和後白河兩位天皇登基，架空了崇德的所有權力。

不過鳥羽並不滿足於在政治上將對手排擠出去。為了徹底剷除崇德上皇和主張恢復攝關政治的左大臣藤原賴長，鳥羽上皇迫使對方向自己挑戰。但在1156年七月二日，鳥羽法皇也去世了，後白河天皇的命運遂完全依賴於平清盛以及源義朝等武士。崇德上皇和藤原賴長也決心利用法皇去世的機會向天皇挑戰，這又需要自己的武士支援，其中便包括源義朝的父親源為義，以及因勇武過人而號稱“鎮西八郎”的源為義第八子源為朝。

公元1156年七月十日至十一日夜間，保元之亂爆發，後白河的軍隊在京都擊敗了崇德上皇。藤原賴長在逃亡途中遭到斬殺，上皇被流放到了四國島的贊岐國。源為義被處以極刑，源為朝被流放到了伊豆大島，清和源氏一族除源義朝以外幾乎被完全消滅，平氏則成為在朝廷中唯一舉足輕重的武家力量。 更重要的是，這場保元之亂證明，若無武士的支援，就連皇室也無法維持了。武士階級徹底登上了歷史舞臺，日本的幕府政治時代即將開始。