1618年努爾哈赤蟄伏四十餘年，終於正式反明，攻打撫順等地。次年明援兵遼東，最終慘敗於薩爾滸。此戰據說雙方兵力都約十萬，應當可信。後金八旗兵已6萬，還有蒙古旗。此還僅是常備兵，遇此存亡之戰自然還會臨時募兵。至於明自身八萬，朝鮮葉赫各一萬，也難再多。像明援朝初期就四萬，後期吃緊也僅加到十一萬。明軍慘敗主要還是低估了八旗兵的實力，所以分兵之下各路也就一兩萬人，杜松還敢冒進。薩爾滸大勝後，努爾哈赤順勢滅了葉赫部，徹底兼併海西女真。

薩爾滸敗後，以楊鎬留在瀋陽的部隊和李如柏的一路退軍及各路散兵，再調援兵，轉守堅城要塞不是問題。但明廷派了袁應泰這個不懂用兵的來主事，導致遼陽瀋陽兩大城池陷落，遼東局勢於是崩潰。後來再用王化貞這種只會吹噓的庸才為廣寧巡撫，前線敗仗直接棄城，一路逃到寧遠，以北諸城皆棄，令時局雪上加霜。

1623年袁可立任登萊巡撫，從山東渡海入遼南作戰，一度收復南衛三城，讓後金損兵折將。努爾哈赤只得遷走遼南人口，等秋後搶糧，後搶糧也敗得狼狽。但袁僅一年便離任，不久經營遼西的孫承宗也離任。孫承宗的想法是先建寧錦防線，再用遼人建軍收復遼土。

公允來論，薩爾滸之後一敗再敗，三四年間盡失遼東，兵員、輜重、錢糧損失無數，一時間是不可能收復遼東的。所以戰略應該轉向防守，等待恢復元氣，中原地大物博，強盛時復遼不在話下。既然守就要在容易的地方守，穿過狹長的遼西走廊遠去錦州設防，不僅補給困難也容易被圍城，斷掉歸路致全軍覆沒。可以說風險大代價高，即使成功也無非是多守了遼西走廊這塊地，但其因狹窄面積很小，所以放棄時都不該眨下眼睛。而山海關就不同，城牆一路到海，只要防一面，不用擔心圍城。而且南面就是燕雲大地，補給能源源不斷。連袁崇煥視察山海關後都吹噓，只要兵馬錢糧夠，一人足以守關。從登萊海路進犯遼南，道理也一樣。大軍不能野戰獲勝，那就只能襲擾，不能深入，也就不能動其根本，所以也沒必要投入太多。

明廷對守山海關還是寧錦爭論過，最初選擇了山海關，放棄寧錦並將邊軍撤回關內。但袁崇煥在寧遠不想撤退，願獨自守城。後來努爾哈赤軍至，久攻不下，最終退兵，半年後便死，很可能是圍寧遠時被炮炸傷。這不合時宜的大捷給了明廷一些錯誤的信心，重新經營起寧錦防線，再搞孫承宗那一套。後來也確實在錦州和寧遠抵擋住了皇太極的一次攻城，但也僅此而已，還被毀別處小城。

防守寧錦本就是下策，當舉棋不定來回變動，更是空耗錢財人力，疲於修城調兵。最後寧錦也沒能成為有用的防線，反而套死了明。1531年因修大淩河城，祖大壽被圍。明派兵救援，共沒援軍五六萬，而祖兵原三萬，開城降時僅剩一萬。1540年冬又因祖大壽在錦州被圍，明廷讓洪承疇掛帥與八總兵會兵13萬救援。鏖戰數月，最後僅剩3萬人逃回寧遠，祖大壽開城再降，被滿清授予漢軍正黃旗總兵。

皇太極可能因此役而死。他八月趕來指揮，九月就突然跑回瀋陽，清說是由於其宸妃病危，後又因其死才悲傷而疾，兩年後猝死。但實際在九月，明將曹變蛟曾選壯士夜襲清營，直衝正黃旗大營內大帳，並砍殺多人，最後成功撤退。後來清軍破松山城，盡殺明將士，僅留元帥洪承疇及祖大樂兩人活口。祖大樂是何人如此幸運？顧名思義自然是祖大壽兄弟，兩人一個倖免一個還被授漢軍正黃旗總兵，很耐人尋味。

以前入口皇太極總會親征，但九月之後再未出面，所以他是否死於兩年後也很存疑。後面還因其來不及立儲，引發了短暫的繼位之爭，給了多爾袞立幼帝攝政的機會。後來多爾袞若不是意外墜馬而亡，應該會逼順治禪讓，畢竟從攝政王到叔父攝政王，再到皇叔父攝政王，最後到皇父攝政王，不臣之心已昭然若揭。

1529年皇太極曾傾巢而出，繞開遼西走廊，借道蒙古入圍北京。雖然明守城成功，但影響極大。第一，袁崇煥被處死。袁的忠心毋庸置疑且守城有方，欲守寧錦有袁或許不會像日後敗得那麼慘。第二，在勤王的隊伍中有一支因為軍餉譁變，而李自成就在其中，自此造反。清對明只算手足之疾，就算是圍北京也無非是第二次土木堡之變。明雖一敗再敗卻總打不垮，因為有人有錢糧總能重新募兵再戰。所以從努爾哈赤佔領遼東後，過了二十多年滿人還是在遼東。但流民卻是腹心之患，破壞統治凋敝經濟，令明財政枯竭難以運轉。但光靠流民也不足以亡明，這次民亂主要由陝西饑荒引起，不是全國性的，完全可以撲滅。沒有遼東戰事消耗國庫，或許還可以有效賑災。