在努力建設新社會的過程中，清教徒們面臨了諸多挑戰，其中最迫切的是生存環境問題。他們必須建造房子，清理荒野種植莊稼，防禦印第安人有組織的進攻。即便這些問題得到了解決，但為了純淨並聖潔他們的團體，清教徒們仍不得不應付宗教學說上的挑戰。
印第安人
在1630年至1631年整個嚴寒的冬季，印第安人本可以輕而易舉地殺死那些清教徒，他們毫無自衛條件。但印第安人卻沒有進攻，而是等待著、觀察著這些陌生的到來者的意圖。
清教徒們儘量友善地對待那幫土著人。他們把印第安人視為一群不幸的應該需要開化、需要教育、需要皈依基督教的野蠻人。印第安人成功地發生改變初步顯示了清教徒使命團的勝利。
雖然新英格蘭地區的某些印第安人部落心存敵意——他們不但針對這批歐洲定居者，而且也針對其它印第安人部落——不過大多數印第安人都歡迎這批新來的移民。正如歷史學家奧爾登。T。 沃恩（Alden。T。Vaughan）在其著作《新英格蘭地區的邊疆民、清教徒及印第安人》中寫道：
“當早期的清教徒證實那些消費者為急欲得到毛皮——以他們印第安人的標準——可以不惜拋棄土地，大量購買，他們又為那些土著人提供了鐵鋤、刀子、和其它奇妙有用的物品，保護他們抵抗其他敵對部落，於是，印第安人很快就打消了針對這些新鄰居動機的最初疑慮。”
【土地問題】起初，大部分土地是在印第安人和清教徒都滿意的情況下進行交易。當白人想保護財產時，印第安人卻為垂涎白人的貨物還往往急於出售土地。清教徒力圖小心謹慎，以避免在土地問題上引起衝突，為此，在與印第安人的所有業務往來上，他們都要求做到公平，並允許舉行聽證會以聽取各方在涉及不動產問題上的爭論。
在印第安人之間，土地所有權都以非正規的形式達成。每個部落都擁有各自的領土，並在該部落的家庭之間進行劃分。憑藉著來自英國王室的特許，賦予了清教徒擁有土地的權利。然而清教徒官方的基本態度是，印第安人才是這些土地的真正擁有者，應該作為土地交易的一方代表。在大部分交易中，從前的印第安人的土地業主保留了在土地上打獵捕魚的權利。
清教徒與印第安人
【皮科特戰爭】早在十七世紀三十年代初，清教徒就開始在新英格蘭地區尋找新的定居點。他們的探險活動將他們帶進了康涅狄格峽谷。在那裡，他們在如今的哈特福德、韋瑟斯菲爾德和溫莎的位置上建立了定居點。然而這片地區卻屬於敵手皮科特族印第安人的領土，他們在更早時候就用武力控制了這片峽谷。1634年，皮科特印第安人殺死了一批在康涅狄格河域探險的殖民者，於是在皮科特印第安人和清教徒之間引起了一場衝突。由於事件情況不明，雙方暫且停止了衝突。後來，清教徒發現又一個英國人遭到神秘殺害，他們這才感到除了用武力報復，已別無選擇。在約翰·安德考特（John Endecott）的率領下，一群清教徒攻擊了皮科特族人，摧毀了相當數量的部落財產，打傷了幾個部落勇士。
而後，皮科特族人也毫不猶豫地對那些歐洲殖民者發動了進攻。康涅狄格峽谷很快就淪為了襲擊和暴力橫行的地區。其他印第安部落由於不滿於皮科特族人對這塊地區的統治，看到這回有了機會進行報復，便加入了清教徒的陣營。在莫黑根族人和納拉甘西特族人的援助下，清教徒部隊迅速推進，決定征服皮科特族人，確立對該地區的控制權。後來透過談判，結束了皮科特戰爭。倖存下來的皮科特族人被納入到了其他部落。
【新英格蘭地區印第安人的衰落】 皮科特戰爭後，清教徒試圖與新英格蘭地區各印第安人部落保持和平，向那些土著人灌輸基督教。一些傳教士學會了印第安人語言，開始在那些部落中傳道。到了1651年，他們的努力得到了回報，那便是建立了最初的幾個“祈禱鎮”，即基督教印第安人村。他們在教育印第安人孩子方面所做的努力，就是邀請許多印第安人孩子來清教徒學校學習。一些印第安人男孩甚至進入了哈佛學院。
不管清教徒如何教育印第安人，並如何公正地對他們進行管理，然而，新英格蘭地區的印第安人人口還是遭到了下降。其中一個原因是那些歐洲人帶來美洲的疾病。天花、麻疹、結核病等還有其它傳染病在凡是與白人頻繁接觸的部落中傳播開來。
戰爭也導致了印第安人的人口下降，因為戰爭的破壞性不但出現在印第安人和白人間的衝突，也同樣出現在印第安人各部落之間。另外，與其接受白人的生活方式，屈服於白人的權威下生活——一種強加於紅種人的選擇——許多印第安人寧願遷移至西部或北部新的土地上去生活。
分歧
在努力與印第安人保持和平的同時，清教徒領導人又面臨了來自他們社會內部的挑戰，那就是有些人的思想偏離了正統清教徒思想。因為清教徒認為政府存在的最基本任務是為促進上帝在塵世的工作，因此與教派間的分歧一樣，清教徒教派內部的分歧也成為一件讓政府關注的事。政府力圖勸說那些分歧者，使他們能認識到自己的錯誤，然而當勸說無效後，清教徒領導人便不得不尋找別的辦法來對付這些錯誤思想。
【羅格·威廉姆斯】第一位對清教徒正統思想提出挑戰的人是羅格·威廉姆斯（Roger Williams），此人於1631年移民至波士頓。因為清教徒教派沒有同英國國教脫離關係，威廉姆斯強烈的宗教信仰便促使他對清教徒教派予以了同不純潔的英國國教一樣的猛烈抨擊。威廉姆斯還對清教徒社會其它方面提出了質疑，例如他質問定居者對他們佔領的土地有什麼權利，並聲稱國王授予公司對屬於印第安人的土地所有權的假定權利是基於“一個公開的冠冕堂皇的謊言”。他甚至表示殖民地應該把特許狀還給國王，並要求他撤消凡涉及土地所有權的所有條約。
羅格·威廉姆斯
然而威廉姆斯最危險的論點是，文明政府無權干涉宗教事務，它甚至不能要求人民禮拜天去教堂。當他被塞倫教派聖會選為牧師後，殖民地其他人開始害怕他的影響會播及甚遠。
1635年，馬薩諸塞灣普通法院傳喚威廉姆斯，要求他對自己的錯誤言論做出解釋。威廉姆斯出現在了法庭上，但他否定了法庭有權免去他塞倫教會的牧師職務，因為法院這樣做破壞了教會的獨立性。
當其他教會牧師要求政府免去威廉姆斯的職務時，他便決定將他的聖會與那些不純潔的教會脫離關係。這對於他那些塞倫教友來說實在要求太甚，因為他們不相信塞倫教會之外的所有人都是錯誤的。由於威廉姆斯拒絕在其處於極端處境下——這將會導致清教徒殖民地分裂——做出讓步，普通法院便責令他返回英格蘭。
威廉姆斯就帶著一些教友前往普羅維登斯農場（羅得島）。在那裡他終於接受了約翰·韋索帕和其他人曾一直努力勸說過他的話——即在這樣一個不純潔的世界上，他想建立一個絕對純潔的教會的目標是無法實現的。威廉姆斯放棄了他偏狹的宗教狂熱，建立了殖民地中最寬容的羅得島殖民地。它具有一定程度的宗教和個人自由，甚至對於那些不但在新英格蘭，而且在祖國都默默無聞的天主教徒和猶太教徒也是如此。
【安妮·哈欽森】安妮·哈欽森（Anne Hutchinson）作為清教徒牧師約翰·科頓的追隨者，於1634年來到波士頓。她的超強才智和宗教熱忱使她捲入了諸多爭論，在那些爭論中，她的想法擾亂了清教徒更為正統的思想。她相信人類太無能上帝太強大，只有當上帝直接將聖靈置於他體內，他才能得到拯救。她辯論道，人類的行為不足以作為證據表明他是否得到了拯救。這一觀點背離了清教徒正統思想。清教徒正統思想認為，人類透過自身聖潔的生活，往往可以鑑別出自己是否得到了拯救。
哈欽森夫人更大威脅的言論是，當她在家裡舉行的每週討論會上宣稱，一個人得到了拯救，因此聖靈便在他體內，他便可以辨別出哪些人僅僅是外在行為上純潔，哪些人則是真正被選中的一位。她還暗示道，馬薩諸塞大部分牧師都不在被選之列，因此他們不適合佈道。
安妮·哈欽森（1591-1643）
1637年，她受到了普通法院傳喚。在對她的審理過程中，似乎唯一的指控就是制止她在每週家裡舉辦的由分裂主義者和分歧者出席的討論會上，發表具有破壞性的謬論。就在那一系列指控看來不足以證明她犯有任何重罪後，她開始聲稱自己已得到啟示，上帝已向她揭示，祂要懲罰那些膽敢懲罰她的人。
由於安妮·哈欽森聲稱知道上帝已直接向她揭示了祂的意願，這樣她就違背了清教徒的信仰，清教徒的信仰認為《聖經》才是關於上帝方面知識的唯一源泉。該異端也被視為對清教徒領導人的挑戰，於是清教徒領導人把她當作“一個不合乎我們這個社會的女人”，將她從馬薩諸塞殖民地驅逐了出去。
道德汙染
雖然清教徒領導人可將少部分不承認過錯的分歧者驅逐出去，但他們無法驅逐所有破壞了嚴厲的清教道德戒律的清教徒。於是他們就對有罪的人實行公開懲罰。
在清教徒社會里，不道德行為總能引起社會上所有人的關注。目睹有罪的人受到懲罰關乎每個人的事，甚至到了今天，美國人也要對個人的良知和宗教信仰問題做出考量。不過，清教徒認為個人只有將自身和對社會的責任作為整體聯絡起來，他們社會的道德才能保持純淨。
清教徒社會對個人在宗教和民事行為方面所犯下的過錯的懲罰是嚴厲的。一個人——只要他滿十六歲——若敢否認上帝的真實性或打罵父母就有可能被處死。其它重罪如盜竊、姦淫、嚴重褻瀆及經常酗酒則施以監禁、烙印、鞭打、強迫勞動或重重罰款等手段予以懲處。女人一旦被發現有道德過失，則苛以鞭打；或者如果犯有通姦罪，就強迫她們穿上帶有紅色“A”字表明是淫婦的衣服。輕微些的過錯，如偶爾酗酒或不守安息日，則予以罰款或短期監禁。
納撒尼爾·霍桑在《紅字》中就展現了一幅傳統清教徒社會及其道德規範的圖景。霍桑以如下場景說明了清教徒對待有罪之人的態度：
霍桑的《紅字》
“二百多年前一個夏日的上午，獄前街上牢房門前的草地上，滿滿地站著好大一群波士頓的居民，他們一個個都緊盯著佈滿鐵釘的橡木牢門。如若換成其他百姓，或是推遲到新英格蘭後來的歷史階段，這些蓄著鬍鬚的好心腸的居民們板著的冷冰冰的面孔，可能是面臨兇險的徵兆，至少也預示著某個臭名昭著的罪犯即將受到人們期待已久的制裁，因為在那時，法庭的判決無非是認可公眾輿論的裁處。但是，由於早年清教徒性格嚴峻，這種推測未免過於武斷。也許，是一個慷傾的奴隸或是被家長送交給當局的一名逆子要在這笞刑柱上受到管教。也許，是一位唯信仰論者、一位教友派的教友或信仰其它異端的教徒被鞭撻出城，或是一個閒散的印第安遊民，因為喝了白人的烈酒滿街胡鬧，要挨著鞭子給趕進樹林。也許，那是地方宮的遺願西賓斯老夫人那樣生性惡毒的巫婆，將要給吊死在絞架上。無論屬於哪種情況，圍觀者總是擺出分毫不爽的莊嚴姿態；這倒十分符合早期移民的身分，因為他們將宗教和法律視同一體，二者在他們的品性中融溶為一，凡涉及公共紀律的條款，不管是最輕微的還是最嚴重的都同樣今他們肅然起敬和望而生畏，確實，一個站在刑臺上的罪人能夠從這樣一些旁觀看身上謀得的同情是少而又少、冷而又冷的。另外，如今只意味著某種令人冷嘲熱諷的懲罰，在當時卻可能被賦予同死刑一樣嚴厲的色彩。”