在西班牙人忙於在下秘魯定居和控制、同時在發生內槓、主要注意力集中在南部地區的時候，上秘魯這個地區直到1545年才引起西班牙人的關注。那年，波科的礦工在附近地區發現了南美大陸礦脈最好的銀礦，那就是後來著名的波託西。因此，在最後一次秘魯西班牙內戰的那塊高地，網薩羅·皮薩羅就是在那裡曾經試圖違抗王室任命的殖民地總督的命令，當時稱之為“塞羅里科”，在發現礦藏之後馬上進行開採。

岡薩羅·皮薩羅在下秘魯剛被打敗，行政當局立馬就派一支新的遠征軍進入查爾卡斯地區。這支遠征軍在1548年在艾瑪拉的心臟地區修建了極其重要的拉巴斯城，從而形成了丘基薩卡-波託西-庫斯科通道。拉巴斯很快變成重要的商業中心和船運交通樞紐，併成為一個主要農產品經銷市場。

但是，丘基薩卡成為新的查爾卡斯地區不斷拓展邊界的城鎮。恰恰相反的是，波託西和拉巴斯則轉而在本地區發展，丘基薩卡也因此而成為在相簿曼周圍的阿根廷東北地區一系列主要遠征活動的可靠基地。事實上，在此後的幾十年間，丘基薩卡一直試圖把相簿曼和阿根廷北部的一些城鎮變成自己的衛星城。在最終失去了對智利聖地亞哥的行政控制權之後，上秘魯再也沒有把阿根廷北部地區變成一個經濟獨立地區，而是與高原礦業經濟緊密地聯絡在一起了。

與此同時，由皮薩羅支援的從北向南的擴張活動遇到了來自里奧拉普拉塔地區遠東部的另一支西班牙殖民者的同樣擴張活動。在16世紀30年代中期，西班牙人最終在巴拉圭河岸邊的亞松森港口定居下來，那些決定在西部內陸核心地區可以發財致富的業主們則先行開始了在查科地區的開發活動。

1537年，一夥巴拉圭人成功地跨越了查科地區，到16世紀40年代，他們已經在安第斯山腳下的丘基託和莫佐地區建立了永久性的村落。利馬和庫斯科的業主們馬上進行了反擊，巴拉主殖民者最後被迫接受低地作為自己邊界的要求。在16世紀50年代晚期幾經征討並在聖克魯斯地區定居下來後，巴拉圭殖民軍隊於1561年在聖克魯斯山定居下來。

到了16世紀60年代，查爾卡斯邊界的外圍地區都已經建立起定居點。巴拉圭人還開闢了一條通往低地區域的道路，以保證那些力量薄弱的具有戰略地位的城鎮與東部的聯絡。但是，在這個到處都是充滿敵意的半遊牧印第安人的地區，既沒有金屬礦藏，也很少有定居的農業開顯者，西班牙人也不在此定居。

奇裡瓜諾、多巴和查科地區的其他人以及低地區域的印第安人馬上適應了與西班牙人的戰鬥，許多人成為馬背上的遊牧部落，他們成功殺死了許多西班牙士兵。同樣充滿敵意的東部和西南部印第安人邊區時不時地向西擴充套件，那裡的半遊牧印第安人經常強擾這個與相簿曼地區連線的重要南部樞紐，從這個樞組地區可以直接到達里奧普拉塔的大西洋各個港口。大查科低地平原地區是一個極為重要的邊界，必須加強教會的傳教活動並修築水久性的設施來防止當地部落的侵擾。

因此，甚至一直到殖民地時代結束，那裡都是由西班牙人單獨直接控制。