1631年8月初，皇太極率大軍進圍關外要地大淩河。當時明兵部急檄調登州兵赴授，孫元化先是令孔有德等率三千軍從海上援救，結果遭遇颶風，孔有德幾乎喪命。渡海不成，孫元化又拼命催促九死一生的孔有德從陸上取道山海關。孔有德很不滿。行至吳橋——今河北吳橋縣東，遇大雨雪，軍中乏食，引起眾怒，一聲呼喊，叛變反明。

兵變原由在於孔有德部的驕悍無法，也由於長期以來遼東將士與山東士民的矛盾，毛文龍事件的積恨等。叛軍配備紅夷大炮 20餘位 ，大將軍炮 300餘位 ，炮彈 6斤至 10餘斤不等 ，炮兵都剛剛接受過葡籍炮手的操炮瞄放訓練 ，大炮“一發五、六里”， “對城攻打， 準如設的”， 令“城垛盡傾， 守垛者無處站立”。

隨後， 叛剿雙方在登萊一帶交戰18 個月， 雙方各倚紅夷大炮為攻守， 出現了“百炮齊射， 炮矢如雨”的局面，這恐怕是當時整個東亞技術最高的戰鬥了。

崇禎五年正月叛軍攻打登州 ， 是時，耿仲明正在城內關禁閉——其弟參與皮島兵變被殺，他受牽連正在被崇禎皇帝查處，併為此憤憤不平。耿仲明及都司陳光福等立即策應，舉火開門，讓叛軍從東門攻入登州城，登州便告失陷。

此時巡撫孫元化除自己親兵外已無法指揮任何部隊了，城裡一片混戰景象。

而此刻，崇禎二年來到登州的葡萄牙炮兵教導隊本著僱傭軍的職業精神，固守炮位和叛軍作戰，在周圍的明政府軍紛紛逃亡和叛變的情況下，只有葡萄牙人的十字戰旗一直飄揚在戰火中，他們的叛軍學生猛烈的向他們開火，僱傭軍們忠於職守地戰鬥到了最後。

葡萄牙人後來在澳門回憶當晚的經歷：孫元化與的公沙的西勞，各率士卒，出而抗拒，不斷向叛軍開炮，並且向城下投擲炸彈。但終於不支，在極短時期中，公沙的西勞守於城上，一手執燈，一手向叛軍發炮。不少叛軍被葡人炮火擊斃，一個叛兵遂向執燈之目標放箭，箭中葡人上校公沙的西勞心胸，遂在士兵前倒地不起，箭已穿透胸部，抵杭到次日身死。同時，有數名葡軍士兵戰死。居民為免禍起見，乃開城而降……

孫元化

《崇禎長編》卷五八：崇禎五年四月丙子兵部尚書熊明遇疏言“澳人慕義輸忠，見於援遼守泳之日，垂五年所矣。若赴登教練以供調遣者，自掌教而下，統領、銃師並奮滅賊之志。登城失守，公沙的、香未略等十二名捐軀殉難，以重傷獲全者十五名，總皆同心共力之人，急應贈恤，請將死事公沙的贈參將，副統領香未略贈遊擊，銃師拂郎亞蘭達贈守備，謙伴方斯谷、額弘略、恭撒、錄安尼、阿彌額爾、薩珠、安多、兀若望、伯多錄各贈把總街，仍各賞銀十兩給其妻子，其現存諸員，萬里久戎，各給行糧十兩，令陸若漢押回。而若漢倡道功多，更宜優厚，榮以華衷，量給路費南還。仍於澳中再選強幹數十人入京教銃，庶見國家柔遠之涯，兼收異域向化之功”。帝俱可報可。

葡萄牙籍炮隊的毀滅，僅有陸若漢等人倖免於難，登州這個先進的技術基地也就被輕而易舉地毀掉了。崇禎大怒，撤掉了餘大成、孫元化兩人之職，雖然朝中大臣包括徐光啟等為之求情，崇禎依舊殺了孫元化。

這一刀，不僅砍掉了一個巡撫，同時也砍掉了一個很有價值的科學家式的高階官員。本來，登州是一個應用先進西方技術的基地，但隨著孫元化的被殺，更嚴重的是許多已學會這些技術的原登州官兵，包括孔有德、耿仲明在內，不久後投到了皇太極手下，反過來攻打大明。

史料中一般提到有葡萄牙人36名（有說是40人）在登州城頭抵抗叛軍，其中陸若漢就是所謂的“掌教”神父。這位當年已經72歲的葡萄牙神父陸若漢，也在城頭奮力抵抗孔有德叛軍，在眼見叛軍已經攻入城內後，陸若漢和其他三名炮手考慮到繼續抵抗也是徒勞，所以乘著夜色急忙退到城頭，一躍而下，跳到城外積雪數尺厚的堤防上，好不容易逃過一難。

與西洋傳教士討論問題

隨後陸若漢冒著嚴冬和戰士一起迅速回到北京。戰死和還活著的葡萄牙人都獲得了崇禎皇帝的封贈及賞賜，只有陸若漢以自己是修道者拒絕了賞賜。

陸若漢有著傳奇的經歷，曾經在日本擔任耶穌會主教幾十年，和豐臣秀吉、德川家康都有著密切來往，豐臣秀吉稱他為師，他和當時諸多日本的切支丹（天主教）大名有著來往。日本發出“半天連追放令”禁止天主教後陸若漢到了中國，又和徐光啟等中國天主教名人相交深厚。他會流利的日語和漢語，是當時周旋在中日兩國高層的眾多天主教傳教士的代表人物。

據《耶穌會教士在亞洲》儲存的一份文獻記載：

登州陷落在1632年2月22日，而陸若漢逝世於1633年8月1日。史料稱他是久病而死的，病了有一年多時間，是登州那個大雪天深深傷害了他的身體。

一六四四年十月六日，按照崇禎皇帝的批示，“中國官府批出青洲島對面的一塊土地用來埋葬陸若漢神父。後來，除了這塊土地外，又賜給了灣仔島銀坑的另一地段”，即今珠海之北山島。