國際足聯執委會是日常工作的領導機構，由主席、副主席、委員、秘書長等人組成。

國際足聯下設專門委員會：包括財務委員會、世界盃組委會、聯合會杯組委會、奧運會足球賽組委會、國際足聯青年比賽委員會、室內足球委員會、女子足球委員會、裁判委員會、技術委員會、運動醫務委員會、運動員身份委員會、法律事務委員會、安全與公正競賽委員會、媒體委員會、禮儀委員會。

國際足聯秘書處下設技術部、財務部和發展部。

1、國際足聯代表大會

國際足聯的最高權力機構是代表大會，每兩年舉行一次。每個正式會員協會有一票表決權，但准許派3名代表參加討論。只有代表大會才能夠修改章程和規則。透過一項章程修改議案必須獲得投票的3/4。選舉採用無記名投票方法。決議在代表大會透過3個月後生效。國際足聯主席由代表大會選出，任期四年，可連選連任。代表大會閉會期間，由21人組成的執委會行使一切職權。

2、執行委員會

負責國際足聯的行政管理，由國際足聯領導成員和各大洲足聯的代表組成，設主席一人、副主席8人和執委15人。主席由代表大會選出，副主席和執委由各洲足球聯合會根據以下名額分配選派：非洲、中北美和加勒比、南美洲、亞洲各選派一名副主席；歐洲選派2名，根據1946年國際足聯代表大會決議，其中一名應由英國四協會中選出，另一名由蘇聯（俄羅斯）足協選出。執委會選派下屬工作委員會的主席和成員，指定世界盃足球賽舉辦國。不允許領取報酬的官員進入執委會。在主席離職的情況下，其位置由最老的副主席擔任，直到下屆代表大會選出主席繼承為止。

3、世界盃組織委員會

它由一名主席和若干名成員組成。其中主席和至少兩名成員是執委會成員，一名是舉辦國所在洲足聯代表，一名是舉辦國足協代表。該工作委員會根據專門規則負責世界盃的組織，有權建議執委會修改專門規則。在組織委員會指定的小組委員會中，將含有上屆世界盃舉辦國足協代表一名和下屆舉辦國足協代表一名。

4、秘書處

秘書處的任務在國際足聯章程和規定中有明確條款。秘書長是新聞和裁判兩個組織的領導人。秘書處下設技術部、財務部和促進部。技術部負責發展規劃和培訓班的組織工作，負責大比賽的技術調研工作。財務部負責財會和辦公室工作。促進部經管同經濟夥伴的聯絡，特別是同比賽和發展規劃有關的資助者的聯絡和交往。秘書處還編髮國際足聯新聞、國際足聯雜誌、規則、教練員手冊、比賽技術報告等。