（一）穿V字領羊頭骨T恤的謎之犀牛
朱迪坐火車進城那一段，當火車進站朱迪下車時，可以看到她背後有一頭身穿綠色印有羊頭骨圖案T恤的犀牛也要下車（分開的手指證明了這不是大象，後面冷飲店那段可以看到大象的手是不分指的）：
而在警察局裡我們也可以看到河馬的膚色和手指形狀都和犀牛不同，說明跟在朱迪背後的這個大塊頭只可能是犀牛：
雖然這頭犀牛和朱迪一起下車，但在後面乘電梯出站時，卻落在了朱迪的後面：
如果你在電影院仔細看，會看到這頭犀牛穿的是綠色V形領口的T恤，並且眼睛一直注視著朱迪。朱迪和尼克第二次會面時，這頭犀牛疑似再次出現。由於電影中只能看到衣服的顏色和褲子的式樣、顏色，看不到那個標誌性的羊骷髏，所以只能說是“疑似”：
後來，在朱迪和尼克去車管所查帶走水獺的汽車下落時，這頭犀牛又出現在車管所裡，大門旁邊隊尾：
這個瞬間可以看到犀牛穿的T恤是V形領口的：
這個角度可以看到，朱迪和尼克一進車管所，這頭犀牛就盯著他們看，而與此同時其他動物都沒有留意朱迪和尼克（廢話，閃電的工作效率，人家等得心急啊！）：
不僅如此，在官方海報上，也有這頭身穿綠色V形領T恤的犀牛的一席之地：
能在海報上露面，說明這頭犀牛在片中肯定不是打醬油的，但他又沒有一句臺詞，只是在朱迪初到動物城和去車管所時出現過兩次，那麼，他在片中究竟扮演了怎樣的角色呢？我在電影《瘋狂動物城》有哪些細思恐極的細節？ - kmlover 的回答裡有初步簡略分析，此處就不贅述了。
（二）提前劇透的最後結局
在博物館，朱迪和尼克設了一個局，讓自以為計劃完美的羊市長得意地說出了自己的陰謀。這裡有兩個細節在最後謎底揭曉前偷偷劇透了答案。
一是尼克在為朱迪包紮時，看了地上的藍莓一眼：
這為後來用藍莓替換子彈埋下了伏筆。二是羊打手把尼克和朱迪撞下去裡的一瞬間，裝有槍支的箱子是向相反方向飛出的（紅圈內為箱子）：
物理定律告訴我們，這顯然是尼克在被撞下去的一瞬間故意把箱子扔了出去。否則的話，箱子應該跟著朱迪和尼克一起掉下去才對。當然，看得太仔細並不是件好事。比如我，就因為注意到了這兩個細節，所以後面尼克佯裝發狂咬住朱迪脖子的時候就一點都不緊張……
（三）朱迪和尼克（或者編劇）的數學是誰教的？（這算是一個bug吧）
讓我們理一下時間線：
朱迪上班第二天——開罰單被各種罵——垂頭喪氣時豬店主來報案
這一段故事發生在早上，從影子可以看出來，太陽尚未升到很高，估計也就早上九到十點
之後捉到黃鼠狼，回警局，接下調查失蹤水獺的案子，然後發現冰棒的線索，找到尼克，從影子看，時間沒過去多久：
尼克帶著朱迪去了自然主義者俱樂部，這時候影子短了很多，說明快到中午了：
之後朱迪和尼克到車管所時才是中午（看車的影子，正好在車體下方），也證明了之前在自然主義者俱樂部時還沒到中午：
也就是說，從朱迪在牛局長那裡接下案子，到朱迪和尼克從自然主義者俱樂部出來，其間的時間最多也就兩三個小時。但是朱迪卻對尼克說“我只剩下三十六個小時來查這個案子了”，那麼，朱迪前面說自己數學成績還不錯，其實……當然，從後面的情節看，尼克的數學也沒好到哪去：
尼克帶朱迪去車管所——在閃電處消耗了許多時間，出門時天都黑了——找到牌號為29THD03的汽車，隨即被大先生的手下帶走——在大先生處化干戈為玉帛，得到水獺發狂的線索——去雨林區找到黑豹——黑豹發狂追趕朱迪和尼克，朱迪報告警局——牛局長率隊趕到，沒有看到朱迪報告的“發狂美洲豹”後認為朱迪謊報案情，要朱迪交出警徽，尼克為朱迪解圍
注意，尼克為朱迪解圍時說的是“我們還有10個小時來找到水獺”。也就是說，按臺詞交代的時間，從自然主義俱樂部出來，到尼克為朱迪解圍，中間過去了26個小時。但是，從自然主義俱樂部出來時還不到中午，那麼26個小時後頂多就是午後一兩點的樣子，而尼克為朱迪解圍時，已經是深夜了。那麼，尼克的數學水平……
而且，如果當時真的只剩10個小時，那麼到朱迪和尼克發現懸崖收容所的秘密時，已經過去了遠不止10個小時：
尼克帶朱迪坐纜車離開（此時天還黑著）——在纜車上尼克講起兒時傷心往事，天逐漸亮起來——尼克看到早高峰堵車，想到可以從監控探頭下手——朱迪和尼克找到羊副市長查監控，發現帶走美洲豹的汽車的去向——朱迪和尼克找到懸崖收容所，發現失蹤動物被關在此處（這時天色已暗）
從天還黑著到天即將黑，中間怎麼也不止10個小時吧？當然，如果動物城地處高緯度又恰逢冬季，白晝特別短，那倒還說得通，但這樣一來，前面在車管所門口就不會有太陽垂直照下，汽車影子基本位於車子正下方的景象（高緯度地區冬季太陽昇不到天頂），所以，時間點上的這個bug，是無論如何也圓不回來的。
當然囉，朱迪那麼萌（萌得我都換頭像了），尼克又是萬人迷，這怎麼會是他們倆的錯呢？所以，編劇！你過來，把這口黑鍋背上！
（四）懸崖收容所裡為何會多出一間牢房？
（這大概也算是個bug吧）
一開始，朱迪和尼克推門進入了一間類似手術室的大屋子，朱迪用手機錄影時，尼克憑藉夜視能力，發現了地上的爪痕：
然後朱迪和尼克被突然竄出的老虎嚇了一跳，這才發現更多的牢房：
可以看到，其他的牢房都是兩兩相對的，只有關老虎的這間對面是手術室，所以我們得出一個結論：牢房間數為奇數（影片截圖不清楚，如果在電影院看，上面這個鏡頭可以看到走廊兩側是兩排紅燈，沒有綠燈）但隨後朱迪點數被關押的動物時發現這裡除了剛剛關進來的黑豹之外正好有14只動物，再加上後來朱迪和尼克藏身的那間沒有關押動物的牢房，一共是14+1+1=16間牢房，而16是偶數。那麼，這多出來的一間牢房是從哪冒出來的呢？
（五）朱迪的視力究竟怎麼樣？
從車管所裡出來的時候，朱迪很著急地對尼克說：“快點，我們得趕在晚高峰前……”然後轉過頭看了一眼門外，發現天已經黑了，驚呼：“這麼晚了？”
問題是：車管所的門可是透明的玻璃門啊，早在他們走向門口的時候就該發現了吧……
所以，朱迪你的眼睛真的大丈夫麼？
（六）尼克的雙關語少兒不宜笑話
在車管所尼克給閃電講的那個笑話，原文是：
What you call a three humped camel？
字幕把hump翻譯成了駝峰，不過，如果繼續深究下去，就會發現：
注意劃紅線的部分……所以，尼克講的笑話表面上看是“你怎麼稱呼一隻有三個駝峰的駱駝？”實際上卻是“你怎麼稱呼一隻被XX了三次的駱駝？”這樣“懷孕了”的答案就顯得合理多了……
（七）來毀一下各位女生心目中的完美老公的形象
朱迪和尼克進入懸崖收容所那段，看門的狼靠嗅覺察覺到了尼克的存在：
問：為什麼被發現的是尼克而不是朱迪？
答：你以為”狐臭“這個詞是怎麼來的？
（八）尼克和耳廓狐的日常生活
朱迪辭職回鄉下，發現了午夜嚎叫的真相後回到城裡，找到耳廓狐詢問尼克下落時，耳廓狐的第一反應是什麼？
他拿著棒球棒凶神惡煞地開啟門大吼了一聲：“是誰！”換成是你，你會在聽到有人敲門時提著大型兇器做好戰鬥準備去開門嗎？
由此我們可以想見耳廓狐和尼克平常都過著什麼樣的生活了……
（九）朱迪受過傘兵訓練？
從馬桶逃出懸崖收容所時，朱迪從下水道飛出的瞬間做出了一個傘兵跳傘的動作：
紅圈內即是朱迪，由於擷取自槍版影片所以比較模糊，如果是在電影院，可以很清楚地看到朱迪的動作和傘兵躍出機艙尚未開傘時的動作是一樣的（圖片擷取自《哥斯拉》）：
所以……美帝的警校裡還有跳傘訓練？
（十）裝有槍支的關鍵箱子是怎麼保留下來的？
受過訓練，在和兩隻羊惡鬥和列車翻覆時都保持鎮定冷靜的朱迪都沒想到要帶走箱子，表現得驚慌失措的尼克怎麼會想到要保住箱子呢？
列車翻覆的那一刻，注意看圖：
因為翻車時箱子正好掉在尼克懷裡！眾所周知，人在失去平衡時會本能地抓住身邊的物體，這樣一來尼克保住了箱子的情節就合理多了。
（十一）最後在博物館牛局長為什麼來得那麼快？
一開始朱迪到警局報道時，給過一個警局大樓外觀的特寫：
結局處羊市長帶著三個羊打手在博物館堵截朱迪和尼克的一個鏡頭，看看博物館對面是哪？
（十二）感覺這就是在致敬《教父》
黑幫“教父”大先生不是老鼠，是一種鼩鼱Arctic Shrew。它是最小的陸生哺乳動物之一，但生性很兇殘。據說把四隻鼩鼱放一個桶裡，到早上只剩一隻；