日月神教就是曾經的明教，不是朝廷不鎮壓日月神教，而是張無忌在退位之後眼見明教在楊逍手中再次四分五裂，甚至被朝廷圍剿得精英盡喪，被迫出山後，深感對不起明尊的張無忌選擇了出手收拾殘局，和朝廷達成了暗中的協議而已。再加上日月神教曾經的宗旨已經變化，對朝廷來說已經不再是威脅，自然不需要多費力去鎮壓。

朱元璋立國成功，雖然他極力想淡化自己的出身，但明教對他的登基助力極多，最終無奈在國號的選擇上還是選擇了“明”字，稱為明朝，成為歷史上倒數第二個大一統王朝。

中國幾千年歷史中，皇權一直是至高無上的，不管是本土的教派還是外來的和尚，從未有哪一個教派的勢力能夠凌駕於皇權之上。朱元璋不管是文治還是武功都是出類拔萃的，他的成功藉助了明教的力量，但立國後，如何處理曾助陣上位的明教，這還是讓他傷神不已。但不管怎麼說，他都不可能容忍明教的權力因此而無限膨脹，更不可能容許一個有望成為國教的宗教出現干涉朝政的苗頭。

朱元璋只是一名普通的洪水旗鳳陽分壇壇主，在明教的地位極低，上面還有洪水旗旗主唐洋，還有四大法王，左右光明使者，還有教主。如果他登基之後明教一直存在，讓他如何自處？即便是楊逍主動退位讓賢，將教主之位讓給朱元璋，但歷史上從未有過此類的先例，朱元璋自然不想成為這樣的歷史第一人。

所以朱元璋在應天府（今天的南京）稱帝后，第一件事就是派遣手下的大將湯和處理明教的問題。在和陳友諒的爭戰中，在朱元璋的故意縱容下，同室操戈，原本明教五行旗的精銳已經損失大半，湯和秘密調集人手，將明教各分壇全部排除，又利用已經被朱元璋控制的洪水旗旗主唐洋，將明教高層全部聚攏在光明頂，調集兩萬大軍，一把火將光明頂焚為白地，楊逍重傷逃遁，不久愧疚而死，韋一笑死於亂箭之下，五行旗旗主也被鴆殺，明教精銳幾乎損失殆盡。

朱元璋還不放心，擔心張無忌這位前教主復出，利用自己的影響力重建明教，死灰復燃之下會對自己的統治產生不利影響，於是利用專門組建的錦衣衛偵緝天下，尋找張無忌蹤影，最終在漠南的一處草原上發現了和趙敏一起隱居的張無忌，在數千明軍精銳圍剿之下，趙敏重傷，張無忌帶著趙敏逃走。

張無忌將趙敏安置妥當之後重新復出，四處打探之下才發現自己卸任之後，明教的下場竟然如此悽慘。教內高層全部死亡，各地分壇被清除乾淨，就這朝廷還在大力搜捕漏網之魚。張無忌深感自己對不起明尊，對不起歷代教主的努力，他覺得自己應該為明教做點什麼。

月圓之夜，紫禁城下，張無忌藝高人膽大，他白衣飄飄，毫無顧忌地仗劍殺入應天府皇宮。沒有了趙敏陪伴，張無忌再無後顧之憂，將輕功發揮到極致，在皇宮內快速閃轉挪移，直到了內宮大殿朱元璋的寢宮外，眼見侍衛密集，無法悄無聲息地潛入，這才公然亮相。

經過了近十年的苦練，張無忌的武功增長快速，已經接近了張三丰的境界，達到了返璞歸真的程度。只見張無忌出手之間毫無煙火氣，在圓滿級的乾坤大挪移之下，人數多寡已經不再重要，眾侍衛的刀劍往往剛剛揮出，就不由自主地改變了方向，砍向身邊的夥伴。

幾百名侍衛拼盡全力仍然不能阻擋張無忌的腳步，即使結成人牆，捨棄武器拼命想要困住張無忌，但在張無忌的乾坤大挪移下，皆是被牽引得跌跌撞撞，倒成一堆。眼見張無忌已經離皇帝的寢宮越來越近，被驚醒的朱元璋走出來喝止了眾侍衛。不顧身邊近衛的極力反對，熟悉張無忌性格的朱元璋知道自己不可能有生命危險，他將張無忌請到了書房，進行了一番長談。