儒學的嬗變
戰國末年，儒家因受當時思想及環境的影響，漸失去本來的面目。儒生一部分變為法家，如李斯、韓非，皆曾受教於大儒荀況。而大批的陰陽家和方士也進入了儒家的領域，他們大都儒服儒冠，以儒者自居，而以陰陽家言及求仙藥作為獵官詐財的手段。秦始皇所坑的“儒”，多是此輩，真正“誦孔子之言”的，為數極少。至遲在戰國末年，一部分陰陽家已有與儒家混合的趨勢。
陰陽家的基本思想和理論，至少有一部分可能淵源於儒家。孔子曾說：“天生德於予，桓魋其如予何！”又說：“小人不知天命而不畏也。”似乎孔子也具有“天人之際”的信仰。又荀子以子思、孟子“案往舊造說，謂之五行”。雖然孟子書中，並沒有顯著的談論五行之處，但他所說的“五百年必有王者興”一類的話，似乎又與鄒衍的“五德終始”論有些關連。總之，陰陽家言與儒家思想在某些地方早已是“同調”，自然比較容易混合。西漢時代的儒學，已滲入大量的陰陽家言。
當時的儒者，多好採陰陽家言以說經，認為天道人事，相互影響，因此好以自然現象來附會人事的禍福。《春秋公羊傳》，多載天變災異，既受陰陽家的影響，治《春秋》者遂多好談論此類自然怪異現象。武帝時的大儒董仲舒，曾以災異勸武帝改善政治。他所著的《春秋繁露》一書，便雜有大量的陰陽思想。元成時的劉向，治《春秋穀梁傳》，也數以禍福附會其說。總之，他們都認為天降的祥徵或災異，全是受人事的影響；與人君的勤怠、宰相的賢愚，尤有密切的關係。
當時一般人多受這種思想的感染，深信其理，因此漢儒多言天變災異以攻擊時政，君主也多臨災而懼，遇有重大事故，乃至策免三公。這類事在漢代視為當然。戰國時代陰陽家鄒衍所創的五德論，也於西漢後期為儒者用來解釋政治。昭帝以降，常有儒者指出漢運已衰，應禪位於新聖。曾有若干人因而犧牲性命，例如昭帝時符節令眭弘，上書言“大石自立，僵柳復起”，當有匹夫為天子者，勸帝禪位以順天命，結果被誅。宣帝時，司隸校尉蓋寬饒也主張皇帝應傳位賢者。
讖
宣帝以為怨謗，下吏自殺。成帝時，王氏執政，儒者谷永，仍主天運迴圈漢德已衰之說，並屢次上書，專攻成帝私生活的敗壞，以掩護王氏的擅權。漢廷因其黨於王氏，無以制之。其後哀帝欲法堯禪舜，傳位董賢，可能也是受這種思想的影響。西漢末年，又有“讖緯之學”的出現，而內容更為怪誕。讖是一種預言式的文字或圖畫，以詭奇的隱語道出未來的大事。光武本人也深信圖讖，因此東漢初年以讖緯解經的風氣，仍不稍衰。西漢末年，發生了一次研討古本經籍的運動。
這個運動的倡導者是哀帝時的劉歆。他根據若干已經發現的古本經書，另立解說，與今文家相抗衡，引起所謂“今古文之爭”。古文是以秦篆以前通行的“籀文”寫成的書籍，經人收藏，度過秦火的劫難，而於西漢陸續發現。被發現的重要古文經書有《春秋左氏傳》、《古文尚書》、《逸禮》等。
此外劉歆並把《毛詩》列為古文。今文是漢初因經書並無完整的古本出現，全憑秦代學者的傳述，以當時流行的文字紀錄而成的書。漢代五經博士，研究的皆是今文經書。劉歆不但提倡研究古文經書，並主張設定《左氏春秋》、《古文尚書》、《逸禮》及《毛詩》博士，大為當時今文家所反對，立學官的事，終告失敗。直到王莽時，才為上述四種古文經傳設立博士。東漢時代的學官，仍為今文；古文各家，始終未置博士。但民間研究古文經傳之風大盛，學者輩出。
古文家的特點有二：一是以考證為先務，即以漢代通行的語言文字，考證秦以前的語言文字。二是兼習眾經，不分今古，並究及緯書。因為既講求考證，即須兼習諸經；如專習一經，或墨守一家的師說，即無需訓詁。因此東漢儒家的學風，為之不變，研究經書的領域，也較前大為擴充套件。
但因專門講求考證而忽略思想，到東漢末年，儒學已成為無靈魂的空架，知識界幾成一片真空，佛學所以能乘虛而入，與此大有關係。自西漢末年讖緯之學興，儒家思想已為迷信所籠罩，變得迷離惝恍。儒學似乎專為野心家如王莽之流躍登皇位而設，別無一用。前面說過，法家早於成帝末年衰落。
哀平之際，政事雖已漸紊，尚有前代的舊法可循。到王莽成立新朝，亟圖改制，但西漢的法治精神，至此已蕩然無存。當時儒學雖盛，即武帝以後流行的“以《春秋》決獄”故事亦不可復見。惟知議論典章，連年不絕；而郡縣首長，卻多虛懸，甚至官吏不予餉給，一任其侵漁百姓。這樣的政權，焉有不亡之理？東漢光武帝及明帝雖也崇儒，但講求法治，未始不由於王莽失敗的刺激。
法家的儒化
先秦時代的法家，以儒家為破壞法治的主力之一。故韓非子以為“儒以文亂法”，力加排斥；及秦統一，李斯更有坑儒之議。法儒之不併立，可以概見。武帝為尚法之主，但因漢人以亡秦引為深戒，不敢純襲秦法，遂一面又提倡儒術。
儒家既興，儒生頗有任法吏者。他們常用經書古義來判決大案，侈談“誅心”之論，形成“以《春秋》斷獄”的風氣。例如元狩元年，董仲舒弟子呂步舒奉命查辦淮南王謀反案，即以《春秋》之義判定其各種罪名。
類此的事，不止一端。由於漢代儒學與陰陽家合流，法家的思想理論，也沾染了不少儒家及陰陽家的色彩。例如漢代決囚多在孟冬，春月不能行刑，這種司法行為須應於天時的原理，便與陰陽家有關。又如學者論法，多主以德為主，以刑為輔。西漢初年，即常有此論調。到東漢，更促成了法家的儒化。東漢光武帝提倡儒學，並表彰節行。