持統天皇的即位儀式，具有劃時代的意義。在稱制3年後，持統天皇於持統四年（690年）元且正式即位。在即位儀式上，首先由中臣大島誦讀神壽辭（按：諸神對天皇的祝福辭），然後由忌部色夫晉獻鏡和劍、持統天皇升壇即位，再後由群臣列隊繞壇徐行並拍手禮拜。

誦讀神壽辭和晉獻鏡和劍，史無前例其意已不是僅限於群臣對新主的擁戴，而是具有新天皇承襲了“太陽之子”的血脈、稟承先帝的遺願的含義。而“拍手”則是所謂“柏手”，按廣辭苑的解釋“拜神之時，雙手掌互擊發出聲音。”總之，將原來“大王”即位的各項儀式改為“神”即位的各項儀式的發端，始於持統天皇。持統三年（689年）6月，天皇向諸司頒賜令1部22卷，《飛鳥淨御原（律）令》正式施行。

雖《飛鳥淨御原（律）令》全文現已無存，難解其詳，但其中戶令考仕令等篇目，現仍有留存，可知在官員令中有持統四年（690年）7月任命太政大臣、右大臣，以及遷任“八省百僚”、“國司大宰”的記事；在衣服令中有同年4月和7月關於施行朝服的記事。自持統三年，以其戶令為基礎，在全國編定戶籍，並於翌年（庚寅年）完成，故此戶籍被稱為“庚寅年籍”。以後所謂“六年一造”即六年審訂一次為特色的律令戶籍，即始於“庚寅年籍”。

另外在持統六年（692年）朝廷任命了機內班田大夫，施行班田。新都城藤原京雖則在天武十三年（684年）已經規劃，但是正式建造完成則是在持統朝。據史料記載，持統天皇在即位當年（690年）遣高市皇子前往藤原官地視察，12月親王行幸，在翌年班給諸臣宅地，並於持統八年（694年）正式遷都。藤原京和難波京是日本以中國的都城為藍本建造的正式的都城。

原先人們認為，藤原京系模仿中國長安建造，但是20世紀70年代中，岸俊男經過考證後指出，藤原京不僅和北魏洛陽城及東魏鄴都南城頗多相似之處，甚至近於《周禮》所記中國理想的都城形態。

持統十一年（697年）2月，持統天皇在藤原不比等的輔佐下力排眾議，立其孫、草壁皇子之子輕皇子為太子，並於8月將皇位讓與太子，使日本又一位天皇——文武天皇因此登基，並娶藤原不比等的女兒官子為妻，生下了首皇子（以後的聖武天皇）。持統雖然退位，但此後依然理政，與文武天皇“並坐治天下”。