進入明代中期以後，山東衛所的許多制度，都在國家日漸穩定的情況下，發生著變化。隨著明朝戰事的結束，明朝皇帝對武官的看法在改變，而且在越來越重視科舉取士的情況下，武官的驕縱、跋扈使皇帝對武官的成見越來越深。

這也是歷朝歷代以武取天下，以文治天下的普遍思維，所以皇帝以此將衛所的財政大權，歸附於府州縣，使其經濟獨立的地位動搖，進而動搖了武官的地位。

但是於此同時，對於明代的世襲兵役制來說，普通軍士的地位，隨著皇帝對武官的態度，也越來越不受重視，其地位在沒有絕對的經濟優勢的情況下，肯定會下降，月糧問題是衛所始終所面臨的問題，而衛所軍士逐漸依賴於民養的後果，是若是則非養兵也，養民也。衛所制度在明中後期的毀壞，是其必然結果。

再者對於班軍制度來說：班軍上京操練，雖然可以加強中央軍事力量，但是被私役的情況下，不可能保證山東地區繼續有能力，保證班軍的上京人數，因為其不能保證月糧供應。班軍上京春班三月至，八月還，秋班九月至，二月還，這其中有月糧、有行糧，一人要領兩人的糧食數量，再加上私役，可能一去不還。

衛所就要重招軍士，就必須有發給軍士新的月糧，舊餉要支出，新鮮又要增加，這就加重了支付衛所月糧的政府的負擔，再加上府州縣因自身考慮，不一定發給足夠的月糧，因而對於被私佔的班軍來說，逃亡才可以擺脫困境。

除了上京班軍之外，衛所中的其他

軍士

，也面臨著這種窘境，黃宗羲在《明夷待訪錄》中，詳細解說了衛所軍士所變化的過程：一軍之田足贍養一軍之用，衛所、屯田蓋相表裡也。

山東各衛的內部矛盾和種種問題，也推動著衛所的變化，軍官絕對的領導，衛所軍士世世代代的世襲，以至於形成了僵硬化的管理模式，軍士沒有晉級的機會，軍官的領導地位永遠不會改變，所以衛所的內部腐敗問題，漸漸滋生。

城守、班軍、操軍、屯田被軍官大批佔役，軍士不僅負責屯田、執行任務、繳納屯糧，還要被官軍奴役，所以逃亡對於衛所的軍士來說，是最好的選擇，奴役導致衛所戰鬥力下降，逃亡導致人數減少，在這種情況下，衛所勢必會失去原來的防控力量，從而向一般的屯田民戶轉化。兗州府三衛屯田人數的增多，就是其最好的證明。

隨著山東各地衛所的變化，帶來了嚴重的影響。造成軍武空虛，戰鬥力下降。逃亡導致軍武空虛，再加上普通的軍士漸漸忙於各種屯田加派、調遣、奴役當中，使軍事訓練漸漸廢弛。

而到最後淪為衛所的農奴，衛所的軍事防禦和軍事戰鬥力直線下降，所以防禦、守禦能力在應對防盜、防倭時不斷下降。以至於使整體明朝整體軍事實力不斷下滑和嚴重削弱，從整個明王朝後期看，對於北方的作戰實力進一步的下滑埋下了不可估量的惡因。

造成百姓、朝廷的壓力。軍餉、軍糧的絕大部分轉移到普通百姓身上，普通百姓在除了平時的各種稅收外，還要負擔沉重的軍餉，這就使朝廷的統治根基鬆動，朝廷在軍衛的設定，為其提供糧餉的同時，還承擔著百姓的民怨，所以使整個明政府的治理，出現很大的問題，並且造成嚴重的影響。

明政府面對著步武空虛、戰鬥力下降和巨大的軍費開銷，不得不另闢蹊徑，解決問題，這就是明朝後期衛所制度，趨於民化以及募兵制的進行。

極容易引發矛盾並且使其激化，造成社會動盪不安。隨著軍事地位的下降，衛所中的軍士大量逃亡，他們或者隱藏於民間或者成為流民使社會動盪不斷，並且在沉重雜稅和軍餉的供應下的百姓，也面臨著同樣的境況，許多人不堪忍受落地為寇。

在宣德時期的明宣宗，就逃亡于山林的流民進行過安撫，但是隨著衛所制度的越來腐敗，致使逃亡的軍民一定程度上也不斷擴增，以至於矛盾的激化，比如正德時期大規模的礦盜。所以衛所的種種變化和周圍的百姓、社會的安定和經濟發展緊密聯絡在一起，牽一髮而動全身，造成社會的動盪不安。