1946年3月17日，軍統負責人戴笠因飛機失事而亡。訊息傳來，蔣悲慟不已，這可是他最信賴、為他立下汗馬功勞的大將。

為此蔣命令厚葬戴笠，並親自在中山陵為戴笠選了墓地、進行了公葬、寫了輓聯，同時追授他為陸軍中將。

僅時隔數月之後，戴笠一手建立的龐大的、具有30萬之眾的軍統，就被蔣親手瓦解終結，軍統由此成為了一個過去時，這到底是怎麼回事呢？

戴笠對於蔣可謂是忠心耿耿。僅一件事就可以說明，在西安事變時，戴笠冒著生命危險去解救蔣，並在張學良的地下室寫下遺書“自昨日下午到此，即被監視，默察情形，離死不遠，來此殉難，固志所願也，惟未見領袖，死不甘心”。後來在西安終於見到蔣時，戴笠跪在蔣的面前，痛哭不已，臭罵自己失職。

蔣對於戴笠的信任也是毋庸置疑的，對於軍統的人事任命全由戴笠自己決定，活動經費也不像其他部門那樣嚴格限制。在戴笠住院期間，蔣還委派宋美齡去看望，這可以極高的待遇，沒有幾個人能享受到。

為了向蔣表達自己的忠心，展現軍統的雄厚實力。1942年，在軍統成立十週年慶典時，戴笠特意邀請了蔣去檢閱。但就是這件事，讓蔣對戴笠有了一定的戒心。之前蔣對於戴笠比較放權，因此對於軍統的家底並不十分清楚，但這次讓蔣發現這個結構太龐大了，而且裝置精良、人才濟濟，軍統人員5萬多人、另有特務武裝部隊20萬，這合起來就是近30萬，此外還有外圍組織，這個人數就很難統計了。難怪另一特務機關中統總被軍統按在地上摩擦，向蔣告狀。這麼多人完全聽命於戴笠，如果哪一天戴笠對自己有了二心，這可了不得。

但這時蔣只是起了戒心，但並沒有採取什麼行動，因為他還需要戴笠和他的軍統。到了1945年抗戰勝利之後，軍統的使命已經完成大半，再保持這麼龐大的組織，已經沒有必要。同時民眾和內部競爭對手要求取締這個特務組織的呼聲也越來越高。蔣則順水推舟做出了重組軍統的表態。

戴笠感受到了壓力，開始計劃如何安排自己和屬下。他曾經親近美國，想讓美國為自己說話，讓他擔任海軍總司令。對於蔣來說，給個官職問題不大，但戴笠想把所有嫡系勢力全部帶入海軍形成海軍陸戰隊，這是不能接受的。後來戴笠又想將軍統人員安插到其他部門，自己直接或間接地控制，也被蔣否了。

後來蔣組織了一個8人小組專門討論軍統的改組問題，這個8人小組中大部分都是戴笠的對頭。從此可以看出，軍統被瓦解已經是板上釘釘的事情，只是戴笠的死讓這個事情提前了而已。

1946年6月，在戴笠去世僅3個月後，軍統就被拆分為4部分，人員分別被劃歸到國防二廳、警察總署和交通總局，核心情報部門改組為保密局，毛人鳳任局長，核定編制只有6021人，不及原來的1/10。

因為戴笠已死，對於分拆到各個部門的原軍統人員，蔣也不用再擔心是戴笠安插入到各個部門的勢力和眼線了。所以當時戴笠的死對於蔣是一件好事，但是後來退守臺灣後，蔣介石有些後悔了，曾感嘆戴笠死得太早了，他說：如果戴笠不死，不至於失去大陸。但這一切只能是如果了。