明末清初，蒙古族分為三部：漠南蒙古、漠北喀爾喀蒙古、漠西厄魯特蒙古。厄魯特，蒙古分為和碩特、準噶爾、土爾扈特、杜爾伯特四部。其中準噶爾部勢力最強，其先後兼併了土爾扈特部以及和碩部的牧地。噶爾丹執政時，準噶爾部勢力更強。

隨著準噶爾勢力不斷膨脹，噶爾丹的野心也越來越大。此時，沙皇俄國也正瘋狂擴張，為了侵佔中國西北而不斷唆使噶爾丹叛亂。在沙皇俄國的支援下，噶爾丹終於率兵進攻喀爾喀蒙古。

1688年，噶爾丹親自率兵攻佔喀爾喀地區。喀爾喀三部首領倉皇逃往漠南，向清廷求援。康熙將他們安置在科爾沁（今內蒙古科爾沁旗）放牧，又勒令噶爾丹停止戰爭。噶爾丹不但不聽反而率軍南下侵入烏珠穆沁境內。面對噶爾丹猖狂南下，康熙下令徵集兵馬，準備北上。

1690年六月，康熙親征，分兩路出擊：左路軍從古北口（今河北灤平南）、右路軍從喜峰口（今河北寬城西南）迂迴北進，準備在烏珠穆沁地區消滅噶爾丹。康熙親自指揮，並命令塞外地區將領率各部協同作戰。右路軍北進初戰不利向南撤退。噶爾丹乘勢南下，進抵烏蘭布通。清左路軍也抵達烏蘭布通南側，與右軍會合。

1695年九月，噶爾丹率領3萬騎兵，大舉內犯。第二年二月，康熙調集9萬軍隊兵分三路親征。他親自率領的中路軍經科圖（今內蒙古蘇尼特左旗北）向漠北挺進，逼近敵軍。噶爾丹得知康熙親自率精銳前來，而清西路軍又已過土剌河，恐被夾擊便連夜西逃。五月十三日，清西路大軍抵達昭莫多（今蒙古烏蘭巴托東南），與噶爾丹軍相隔15千米紮營。