直到十五世紀，羅馬公教是全歐洲唯一的宗教，教會是超越國家的組織，它還透過宗教建立起共冋的價值體系、文化意識，透過知識界影響大眾。從十世紀到十五世紀，由於十字軍觀念的反覆宣傳，人們形成基督教世界和穆斯林世界對抗的觀念，把歐洲和基督教看為一體，從而也認為歐洲代表一個文化的統一體。

但是從十五世紀到十六世紀初，羅馬公教會在西方的獨霸權力不斷衰落。對教會的信條以及它在政治和道德上的自以為是，批評意見愈來愈多；然而教會的組織卻還照舊原封不動，直到德國神學家馬丁·路德（1483-1546）對它進行了“最後的一擊”。從1520年起，在路德的名下開展了一場宗教改革運動，而且取得了成功。其他的神學家如在日內瓦教書的約翰·加爾文也接著提出自己對神學和教會組織的看法。路德和其他宗教改革家們不僅提出教義和神學問題，還抨擊多少世紀以來教會的許多措施，其中包括教會徵收十一稅，羅馬教廷又發售贖罪券，把信徒的大量錢財蒐括到羅馬教廷去。神職人員往往不學無術、品行不端，使信徒對基督教的基本信仰都茫無所知。

早在馬丁·路德之前，在十五世紀的歷次教會會議上，已經有許多神職人員要求教會進行改革。馬丁·路德和十六世紀的其他宗教改革家能夠取得成功，得力於兩個重要的因素。其一是印刷術的發展，極大地推進了新思想的傳播。另一個重要因素是得到當時歐洲一些君主的支援。這些君主之中，有些認為教會的許多不當做法在他們的臣民中造成不良影響。更多的君主則不滿羅馬教廷及其在各國的代表損害了各國君主的政治和經濟權力。他們都趁這股抗議運動的潮流，迫使羅馬教廷作出政治和經濟上的讓步，使君主建立起對教會的控制；有些甚至割斷羅馬教廷束縛他們達千年之久的關係。

以法國和西班牙國王來說，他們還保持堅定的羅馬公教立場，卻大大削弱羅馬教廷對本國的影響。而英國、德國的部分王侯，以及丹麥、瑞典國王則支援宗教改革運動。由於各國的情況不同，最後在西北歐和中歐形成的局面也不同。基本說來，馬丁·路德和其他宗教改革家在統一的西歐造成了一大分裂。一千年來，文化上本來一體的歐洲從此分裂出基督教的許多新宗派，從中又發展出不同的思想和文化。宗教改革運動過後，歐洲有一部分還信奉羅馬公教，相應地還保持拉丁語言作為宗教和文化語言；另一部分則形成“新教教會”的各教派，把《聖經》翻譯成本國語言，推進了本國語言，也推進了民族文化運動。

針對宗教改革運動的衝擊，羅馬教廷召開特倫特會議，這次會議致力重建羅馬公教會，重申“普世教會”的權力，加強羅馬教皇在羅馬公教會的統治地位；建立異端審判法庭，以保證全教會遵奉正統教義，也就是遏制對教會主張和權力的任何批判。但事實上，除義大利和西班牙王國外，在其他地方都未能有力推行。儘管有這些努力，但羅馬教皇恢復普世權力的計劃並未成功。在歐洲進行宗教改革的地區，由於政治背景的緣故，都建立起國家控制的教會，其中，政教關係的力量對比，常常並不穩定。教會的改革派雖然感謝王侯的支援，卻並不歡迎政府對教會內部事務的干預。

而國家則不時運用權力，把自己的觀點，包括對宗教教義的解釋，強加給教會。這和羅馬教廷對歐洲各地天主教會的做法並沒有什麼實質上的不同。儘管有把宗教劃一化的壓力，教會改革派堅持信徒個人首先是對創世主負責。這種觀點意味著在宗教和社會、政治問題上的個人自由。這種主張在西北歐信奉新教的基督教國家比在西歐南部羅馬公教國家容易生根，是不難理解的。總的說來，無論是新教國家或羅馬天主教國家，宗教在社會中的影響都在漸漸減少。隨著“教隨國定”原則的推行，各國王侯為加強自己的權力地位，都繼續利用教會促進文化統一，或用教會作為一個宣傳渠道。

由於民眾還信仰宗教，王侯也藉此宣傳：君權神授，統治者都是由神派來的，是國家和民族的代表。知識階層又再一次幫助統治階層推行這種意識形態。過去把他們稱為“學者”，現在稱他們為“知識分子”。他們積累並傳授知識；同時，也透過語言、文章、書籍、影象影響社會。但是，十六世紀已經不是查理曼大帝的時代：唯有到教會里才能找到知識分子，知識分子也都擁護教會。現在，愈來愈多的知識分子並不歸教會管轄，有些在政府裡做事。他們或許對教會自封的權力不以為然，甚至還對教會以維護歐洲統一為己任抱對立的態度。

宗教改革運動和對教皇權威的抗拒（即便在天主教圈裡也如此）表明，在十六世紀時，要想以伊斯蘭威脅來鞏固基督教內部，或以基督教會代表歐洲統一都已經不再可能了。在老百姓中間流行一句話：“寧願歸順土耳其，也不願歸順教皇。”或者正因為過去一千年裡，教皇利用“普世基督教會”來建立他的統治，又把教皇統治和歐洲統一混同起來，因此許多人反對把歐洲和基督教混為一談。總之，各方面的發展都使得人們把“基督教大一統國家”丟到了腦後，而把歐洲看作一個獨立的觀念。持這種觀點的知識分子在說到歐洲時，是把歐洲看作許多主權國家；希望在它們之間保持平衡，以實現各國之間的和平共處。