1907年，安慶百花亭畔的巡警學堂正在舉行畢業典禮，巡撫恩銘在接受學員行禮時忽聽一聲大喊：“回大帥，今日有革命黨起事！”驚恐中，一枚炸彈飛至身旁，在地上轉了幾圈卻沒有爆炸。緊接著，人群中一個叫馬宗漢的人眼明手快，拔出手槍，擊中了恩銘的右手，正想打第二槍，卻怎麼也打不響。未等恩銘清醒過來採取進一步行動，徐錫麟馬上又喊：“大帥勿驚！這個革命黨，卑職終當為大帥拿到！”一邊說，一邊迅速地從靴統內拔出2枝手槍，左右開弓，“砰！砰！砰！”子彈連著射向恩銘。
恩銘
恩銘身中7彈，他盯著這個往日自己無比器重、一手提攜起來的“高徒”和他手中指向自己的槍口，應聲倒地，眼裡滿是驚恐、疑惑和憤怒……禮堂內頓時大亂，嚇得魂飛魄散的其他文武官員，在混亂聲中紛紛逃竄。
恩銘中槍後沒有即死，“神志頗清，語音亦朗”，急送西醫診治，在其死前口授的奏摺中，提到了自己的7處槍傷：“除左手、左腿、腹部三傷外，左右胯骨及下部復有槍傷四五處，皆已前後洞穿”，而腹部的這槍，因為只要稍稍上移便迫近心臟，醫生又稱非剖開不能取彈，恩銘當時已62歲，擔心剖腹取彈凶多吉少，便未取出。
徐錫麟，字伯蓀，浙江紹興東埔村人，商人家庭出身，他性格剛直，12歲時，因不願忍受父親封建禮教的束縛，負氣跑到錢塘當和尚，後被家人找回。1901年起，他在紹興府學堂教書，後提升為副監督。1903年，他以參觀日本大阪博覽會名義東渡，併到東京遊覽參觀了東京博物館，在那裡看到了兩口被擄到日本的中國大鐘，他輕撫大鐘，悲憤不已，那時中國正經歷了甲午戰敗，八國聯軍侵華，清政府簽訂《馬關條約》，清政府腐敗無能，賣國和鎮壓人民的本質暴露無遺，徐錫麟認為只有革命才能挽救中國。
徐錫麟在日本期間結識了陶成章、龔味蓀、鈕永建等革命志士並深受影響。回國後，也在浙江一帶聯絡會黨，進行反清活動。1904年，在上海加入蔡元培組織的光復會，後在紹興創辦大通學堂。大通學堂，又稱大通師範學堂，是徐錫麟、陶成章以辦學名義創辦，目的主要是掩護光復會的革命活動，實際上也是浙江各地會黨的聯絡中心，也為浙江的辛亥革命培養了一批軍事骨幹。
徐錫麟
在徐錫麟看來，要想革命成功，“非握有軍隊不能達到目的”，所以“捐官陸軍，謀握軍權”就成了他們革命策略。因為根據晚清政府的規定，要去日本學習軍事，先要在國內捐官取得資格。富商許仲卿，出資5萬元，為徐錫麟、陶成章等5人捐得官職。之後，徐錫麟又赴湖北，求見其表叔俞廉三，請他代為捐官。
這個許克丞，字仲卿，出身富商家庭，曾在紹興府學堂師從徐錫麟學習經學和算學，並在其影響下接受了革命思想。徐錫麟起義失敗後，許仲卿被扣押並沒收了財產。
徐錫麟到安慶後，恩銘出於對老師俞廉三的感念，加上徐錫麟做事幹練，漸漸加以信任和重用，屢次提撥。他先後擔任武備學校副辦、警察處會辦、巡警學堂堂長。可是，徐錫麟雖領食清政府俸祿，雖始終不忘革命和反滿，他說：“法國革命八十年始成，其間不知流過多少熱血，我國初創革命，亦當不惜流血，以灌革命的花實。這次赴皖，就是打算流血的。諸位，切不可引以為慘而存退縮的念頭才好。”他與秋瑾約定皖浙同時起義。
徐錫麟和秋瑾等人
起義原定於1907年7月8日，但恩銘臨時有事，將畢業典禮提前了2天舉行，起義未能充分準備，行事倉促。6日這天，恩銘和隨行官員分別乘坐50多頂轎子陸續前來，現場氣氛熱烈。此前革命黨人已在花廳預埋了炸藥，可恩銘忽然改變原先先酒宴，後檢閱的安排，中途變卦，改為先檢閱，後設宴。徐錫麟接到恩銘改變計劃的通知後，心中疑慮俱增，只得倉促起事。
安慶起義失敗，徐錫麟被俘，審訊中藩司馮煦、臬司毓朗問道：“恩撫臺待你不錯，何故如此？”徐錫麟回答：“恩銘待我是私交，我對他是公義，私交何得勝過公義？我一死而已，不必多言。”
他們逼徐錫麟寫口供，徐錫麟提筆寫道：“我蓄志革命已十餘年矣，今日始達目的，本擬殺恩銘後，再殺端方、鐵良、良弼……”他們還逼徐錫麟供黨人名單，得到的答覆是：“革命黨人本多，在安慶實我一人。”
端方致電馮煦立即處死徐錫麟，安慶司道等欲將他剖腹剜心祭恩銘。徐錫麟聽到自己將被挖取心肝時，毫無懼色，面對逆境，反而仰首大笑，說：“殺我好了，將我的心剖了，兩手兩足斷了，全身碎了，都可以，但不可冤殺學生。”
7月6日晚，徐錫麟在安慶撫院門前慷慨就義，年僅35歲，心肝被挖來祭奠恩銘，用於炒菜被恩銘手下士兵分食，時年35歲。
安慶起義
孫中山說：“光復會有徐錫麟之殺恩銘，其功表見於天下”，並親書輓聯：“丹心一點祭餘肉，白骨三年死後香。”
也有人認為：“恩銘天下人皆可殺，唯徐錫麟不可殺”。自古以束，天地君親師是最為人們尊崇敬仰的，恩銘是徐錫麟的老師，徐錫麟刺殺自己的老師恩銘，有違倫理。對此，徐錫麟說道：“爾等言撫臺是好官，待我甚厚，但我既以排滿為宗旨，即不能問其人之好壞，至於撫臺厚我，系屬個人私恩；我殺撫臺，乃是排滿公理。”
參考資料：
《安徽巡撫恩銘為受傷甚重口授遺折事奏摺》
《安徽布政使馮煦等為恩銘出缺及請將徐錫麟正法事致端方電》