天界寺位於中華門外雨花西路能仁裡。

天界寺始建於元代。據《龍翔集慶寺碑》記載，元代文宗天曆元年（1328），李兒只斤圖帖睦耳在大都（今北京）即登皇位，遣使傳旨當時駐留金陵（今南京）的御史臺大夫阿思蘭、海牙等人，將自己當年在南京做藩王時位於朝天宮東側的宅邸“潛宮”作為基地，在上面修建“大龍翔集慶寺”。第二年（1329），大龍翔集慶寺禮請杭州中天竺寺笑隱大欣禪師前來開山，授其為大中大夫主管寺務，並尊為第一世祖師。

又據《佛祖歷代通載》卷三十八、《元史·本紀》第三十三、《古今圖書整合·職方典》第六六一、《金陵梵剎志》卷十六、卷三十九記載，元代明宗天曆三年（1330），朝廷敕召趙世延以金泥書寫《無量壽經》千部及《佛經》一藏。元代惠宗順帝至正十七年（1357），敕改寺名為“大天界寺”。至正二十七年（1367）朝廷頒賜“天界第一禪林”額匾。明代洪武十五年（1382）改名為“善世院”。寺內曾經設定有僧錄司管理僧人。日本留學僧原要法師曾經來善世院留學。

明代洪武二十一年（1388），善世院遭遇火焚諸堂悉毀，太祖皇帝朱元璋下令在金陵城南風山移址重建，並賜名為“天界善世寺”永樂二十一年（1423），天界善世寺又遭火災幾乎焚燒殆盡，僅留存大雄寶殿一座。永樂二十三年（1425）再度興建，改稱寺名為“天界善世禪院”，也有傳說為“善世法門”。明代天順二年（1458），僧人覺義法師募捐重建天王殿、觀音殿、輪藏殿等。工程尚未完成，覺義法師不幸去世，其弟繼承其遺願繼續募捐修復。明代崇禎年間，博山艤禪師來到天界寺開法，覺浪道盛禪師繼其後塵，從此宗風再度大振。清代世祖順治十七年（1660），天界寺一度重修，其中大殿迄今猶存。

明代，天界寺與靈谷寺、報恩寺齊名號稱為南京三大佛寺。當時，金陵大部分佛寺以天界寺為主寺，構成了金陵最為龐大壯觀、方圓數百畝的佛教寺院體系。據上述史書記載，其地位及規模“統次大剎二，城內曰雞鳴，郭內日靜海”，統中剎12座，其中包括清涼寺、永慶寺、瓦官寺、鷲峰寺、承恩寺、普緣寺、吉祥寺、金陵寺、嘉善寺、普惠寺、弘濟寺、接待寺等12座寺廟及26庵，成為城南一帶的主寺。天界寺周圍還有很多規模較小的寺廟陪襯。天界寺的山門左右兩側分別為能仁寺、碧峰寺。天界寺原有的金剛殿、天王殿、正佛殿、左觀音殿、右輪藏殿、左伽藍殿、右祖師殿、鐘樓、毗盧閣，一度成為金陵四百八十寺的建築範本。

太平天國定都天京（今南京）之後，南京古城中華門雨花臺一帶成了清軍與太平軍對抗的主戰場，天界寺等城南諸寺均遭兵燹。後來，太平天國運動被鎮壓，天界寺卻已經瓦礫遍地雜草叢生，僅存一座黃色牆壁、龍頭瓦當的大殿及一方懸掛於大殿上方的“天界寺”匾額。如今，天界寺內部建築格局有幸依舊儲存了下來。向裡觀察，存有紅漆圓柱、木樑結構殿頂，大部分窗門也都保留著紅漆屏風式樣，頂樑上兩條飛龍回首相望。院內古樹參天，不遠處小池塘內依舊躺著一座當時所建的古老單孔石拱橋。

天界寺曾以“六大景觀”聞名四方，“西庵曲徑“蒼翠喬松”“半峰煙雨”“雙桂返照”“南庵碧玉”“古拙品梅”一度為世人嚮往。天界寺不僅是當時最為璀璨的佛教聖地，而且是中國傳統史學文化的策源地之一。清代乾隆時期朝廷所勘定《二十四史》之一的《元史》，就是在天界寺內誕生的。