1644年四月二十三日，已有李自成敗訊傳回北京。劉宗敏等人慌忙令士兵搬運兵器上城牆，並拆毀所有靠城的民房以及佛寺。農民軍兵士紛紛相聚，不少人放聲大哭。確實，溫柔鄉太短暫了，大禍即將臨頭。四月二十六日這天，李自成率殘兵遁回北京。此時，大軍只剩幾千騎兵步兵全部在山海關及沿途被殺。這次敗入城後，城內大順兵皆知末日將至，完全喪失紀律，開始在北京城內燒殺奸掠，備極慘毒。特別是北京西城一帶，受害最深，被姦汙後投井自殺的婦女不可勝數。

吳三桂一家不必講，李自成入城後，第一件事就是派人把他全家三十四口盡數剛殺，一個不剩。轉天一大早，李自成即在武英殿舉行正式的“登基禮”，追尊自己老李家七代皆為帝后（估計他只記得上兩代）。然後他頭戴冠冕，受“百官”朝賀。（李自成先前在西安已經稱帝，在進京路上一直稱“朕”）。為了便於逃跑，他草草結束典禮，然後派人在城外加緊準備，當夜把北京城內宮殿及九門城樓盡數焚燬。

然後，他以郊天為名，第二天一大早就匆忙離京，向西奔逃。逃之前，農民軍把皇宮宮內金器和金錠皆融鑄成大餅，餅重千金，騾載數萬餅，隨軍而走。混亂逃亡途中，崇禎三個兒子均於亂中走散，但李自成始終未加害他們北京居民見農民軍敗走，個個振奮，在城內搜出腳慢未走的農民軍或傷兵數千，盡數殺死。李自成聞之，大怒，立遣數千鐵騎往回奔，準備入城內遍屠居民後再把城內燒成白地。恰巧，一家被殺三十四口的吳三桂率部報仇心切，率軍已經殺至城南，農民軍士兵不敢攖鋒，即刻掉轉馬頭奔逃，北京由此躲過大劫。自入城到離京，“大順”政權僅存在了四十二天。

五月二日，多爾袞率清軍抵至北京。士民大喜，以為是吳三桂擁太子而至，紛紛出城擺香案迎接。結果，看見一大群清軍，大家驚愕異常，但最終不得不接受殘酷的現實。至於京內昔日的明官們，看見清兵反而大都鬆下一口氣。何者，如果是吳三桂率明軍回來，肯定會清算他們“降賊”的罪名。“大清”來了，就無此憂。所以，日後勸多爾袞南下消滅殘明，出謀劃策的數這幫人居多，純屬民族敗類。多爾袞當然吸收李自成的失敗教訓，四處張榜，表示說無論是誰，只要降順大清，官復原職不說，還要加官晉爵，新有封賞。這一來前明官員大悅，個個彈冠相慶。李自成自北京敗逃。訊息傳出後，各地官民知道他大勢已去，紛紛起來殺掉、趕走“大順”在當地任命的官員，靠近北京的就歸順清朝，南方地區則大多打出恢復“大明”的旗號。

1645年正月十二日，守潼關的李自成部將馬世耀獻關投降。轉天，他與七千名農民軍均被集體屠殺。困愁於西安的李自成聞訊灰心，西北看來是呆不住了，南逃有張獻忠政權在四川堵著，只能再去河南、湖廣。只要能消滅南明政權，自可擁有半壁河山。臨撤退時，他下令部將田見秀把西安城內所有建築和倉庫燒燬。幸虧這位田將軍還算有人性，只點燃了東門樓和南月城樓，為西安百姓留下了禦寒的房屋與糧食。李自成撤退途中回望西安城中煙火沖天（兩個城樓著火），以為田見秀完成任務，這才滿意地放心而去。由此可，這位“起義領袖”，本性是多麼不仁道。

李自成逃離西安，原先西北地區的明朝降將紛紛降清。白廣恩、馬科、鄭嘉棟等前明總兵紛紛成為滿服辮髮的“大清將領。整個西北，只有榆林的高一功是李自成舊部，堅守不降。從西安逃離時，李自成手下仍有十三萬之多。依理，如果他急速行軍，搶在清軍之前殺往南京，最起碼可以把東南一帶富庶地區佔為己有。但不知為什麼，李自成走到河南內卻耽誤了不少時間，估計是臨行前士兵們拖家帶口拉金銀，嚴重拖慢了行軍速度。不久，清軍阿濟格部逼近，農民軍在三月中旬往湖北方向逃竄。清軍邊追邊打，共交手八次，每次均以“大順”軍告輸為結果。

李自成部隊打不過清軍，卻渡過長江在荊河口大敗左良玉部明軍，嚇得這個一直“養寇自重”的軍閥率部移向南京。他借“北來太子案”為由，要找弘光小朝廷算賬。大敵當前，他不思同仇敵愾，反而與自己人“窩裡反”，左良玉的人品可見一斑。這樣一來，“大順”迴光返照，武昌、襄陽均落入李自成之手。他集軍二十萬，準備攻取南京。清軍沒有給李自成機會，未等農民軍喘息，已經追至武昌。李自成只得棄城接著逃。四月下旬，在江西九江附近的一次大戰中，農民軍大敗，數萬人被殺，李自成的兩個堂叔以及大將劉宗敏皆被俘後剛，“活神仙”宋獻策也投降了清軍。此前，“大順”的“宰相”牛金星見勢不妙，悄悄溜走，跑回兒子牛佺處躲避。由於牛佺降附清軍並被任命為黃州知府沒人追究牛金星過去“助賊”的事情，牛老爺子善終於家。滿清朝廷中也有漢官惦記他，先後有兩名給事中上疏多爾袞，要求清廷逮捕牛金星這個流賊宰相，把他父子處斬。多爾袞不同意，斥訓道：“流賊偽官，真心投誠者多能效，此奏殊不合理！”如果不是牛金星在李自成“朝中”官階太高，如果不是怕惹起前明官員反感，說不定滿清還會給他大官作。

後來，李自成餘部被活捉，地方官府知道了山間的屍體乃李自成，就多次到山中曉諭，表示說殺李自成者受大賞程九伯起初不敢自認，後來聽說李自成的樣子和被殺地點與自己當天所遇一模一樣，才大著膽子出山“認功”。由此，他不僅獲賞銀千兩，還得到清朝總督的“親切接見”。這時候，程九伯才由山民變為“地主階級”一下崗驛卒死於一農民之手，結局充滿了隱喻般的黑色幽默。李自成殘部剛剛吃飽飯，跑回的一個衛兵哭訴“萬歲爺被鄉民殺死”，一時間農民軍滿營痛哭。然後，他們化悲憤為量，這數千農民軍在附近州縣毀廬殺人無數，以洩痛憤。可嘆這一切，殺人真兇”程九伯根本不知，與外一起在山中小屋看著草地上的大馬傻笑。至於日後流傳的李自成病死或出家之說，均是野史逸聞。清初以來無數考家考證推斷，確係無稽之談，把簡單之事弄複雜而已。