二戰結束後，英軍重返新加坡，新加坡再次成為英國直屬殖民地。戰後的新加坡已經與戰前大不相同，人民要求在政府中有更大的發言權，總督的權力被分散，1948年，新加坡舉行了第一次選舉。

1955年，新加坡再次舉行選舉，馬紹爾成為新加坡第一位首席部長，由他所領導的勞工陣線，同巫統和馬華工會組成聯合政府。1959年新加坡進一步取得自治地位。同年5月舉行第一次大選。6月，新加坡自治邦首任政府宣誓就職，李光耀出任新加坡首任總理。1961年5月，馬來亞首相東姑阿都拉曼公佈了想把新加坡、馬來亞、汶萊、沙撈越和北婆羅洲聯合起來組成聯邦。對此，李光耀決定舉行全民投票，最後71%的人投了贊成票。於是在1963年9月，新加坡脫離了英國的統治正式加入馬來西亞聯邦。

隨著以華人為主導的新加坡的加盟，整個馬來西亞華人人口數量也持續增長，當時華族約佔馬來西亞人口的42%，和馬來族人口的比率不相上下。後來“馬來人至上”的觀念越來越強烈，他們認為馬來族是馬來西亞或馬來亞的主人或特權者，華裔和印度裔被認為是承蒙馬來族的恩惠。馬來族精英也開始懼怕以華人佔多數的新加坡會削弱他們佔多數的人口比例，並主宰馬來西亞的政治及經濟環境。

新馬合併後，新加坡開始和中央政府發生矛盾，對治國方針也有不同的看法。兩地政府第一次發生公開的矛盾是在1963年12月。李光耀批評馬來西亞的年度預算案沒有給予提升社會狀況足夠的預算。新加坡的商人也開始投訴中央政府歧視他們，沒有給他們和其他州屬一樣的利益，反而對他們實行固打製。雙邊經濟的矛盾在1964年12月，中央政府要求新加坡將上繳中央的稅收從4成增加到6成後升溫。當時馬來西亞財政部長說這是因為印尼的對抗活動而導致軍備預算案增加。

兩地在政治上也有衝突，1963年，由巫統、馬華和國大黨組成的聯盟黨在中央政府的支援下參加了新加坡州選舉。然而，聯盟黨不僅未添一席，原有的三個選區也被人民行動黨奪取。1964年9月，由於印尼特務的挑撥離間，新加坡又發生了嚴重的種族暴亂。“馬來人至上”的觀念也逐漸走向了舞臺的中心。非馬來人的政黨都公開表示反對“種族主義” 的信條。當時第一任首相東姑阿都拉曼擔心華人會主宰馬來西亞的政治及經濟環境，他認為，解決兩個族群衝突的最好辦法就是以華人為主體的新加坡獨立出去，以保證馬來族的統治。於是，以巫統為首的執政聯盟在國會緊急透過修改憲法，以126票贊成、0票反對將新加坡驅逐出馬來西亞。1965年8月，新加坡脫離馬來西亞，同年12月，新加坡成為共和國，尤索夫·賓·伊薩克出任首任總統。