《神學政治論》（Tractatus Theologico-Politicus）出版於1670年初，它是斯賓諾莎生前公開出版的第二部同時也是最後一部著作。當時該書是匿名發表的，無作者的名字，出版者署名為亨利希·庫拉特，出版地為漢堡，而其實是在阿姆斯特丹。不過，這種情況並沒有維持多久，幾個星期後作者的名字就被一些人知道了。

這部著作大概是斯賓諾莎在1665年開始寫作的，因為奧爾登堡在1665年9月寫給斯賓諾莎的一封信中講道：“我覺得，假如我可以這麼說的話，與其說您是在進行哲學家的思考，還不如說您是在做神學家的工作，因為您現在正在撰寫您關於天使、預言和奇蹟的想法。”隨後斯賓諾莎在回信中明確承認，他“現正撰寫一本解釋《聖經》的論著”，因此，斯賓諾莎可能是在1665年夏秋之際著手撰寫《神學政治論》的。

當時荷蘭正圍繞著政體問題展開了相當嚴重的兩派之爭，一派是奧倫治皇族為代表的君主派，他們利用加爾文教，鼓吹建立一個高度中央集權的君主制國家；一派是以德·維特兄弟為代表的共和派，他們主張最大限度的地方自治，加強貿易和反對戰爭，在宗教信仰方面執行開明的寬容政策。德·維特當時是荷蘭州的州長，事實上也是聯省共和國的首腦，因此他的一系列政治措施，特別是關於政教分離、思想自由、信仰自由的主張都受到奧倫治家族和加爾文教派的反對。1665年英國同瑞典的戰爭期間，當時荷蘭陷於極大的困境，加爾文教派立即利用這一有利時機，造謠說這些困難乃是上天對這個國家的統治者的不信神行為進行的懲罰，並且大聲叫嚷說，為了使這個國家更加敬神，應該樹立年輕的奧倫治公爵的最高權威，他們喊道：“摩西和亞倫、君權與《聖經》”必須永遠結合在一起。為了反駁反對派的攻擊和造謠，德·維特除了自己撰述文章發表政見外，還鼓勵他的朋友斯賓諾莎著書討論政教問題，以支援自己的主張。在這危急的時刻，作為“傑出的共和主義者”的斯賓諾莎深感有必要在反對宗教偏執和不容異說的戰鬥中盡到他應盡的責任，並向公眾公開表明自己的宗教立場。為此，他暫把《倫理學》放置一邊，這似乎是十分自然的。他現在首先要揭露加爾文教牧師的偏見、專橫和權欲。但是，對於廣大群眾來說，如果只是簡單地增加一本政治性的小冊子，這沒有什麼用處。在這類小冊子裡，思想和言論自由的原則早就根據一般哲學上的以及人道主義的道理做過適當的辯護了。對於這類論證，宗教上的狂熱分子既是聾子又是瞎子，對於他們，哲學就意味著異端邪說，人道主義就意味著無神論。牧師們的大本營是《聖經》，他們依據《聖經》推匯出他們的全部論證，因此斯賓諾莎決心把他的注意力轉向這個大本營，而對其他的東西只是進行一些小的論戰。他將闡明：被這些專橫的神學家作為根據的《聖經》絲毫也不能證明他們所持的整個立場，他們之所以需要宗教和《聖經》僅僅是一種藉口，僅是為了滿足他們自己無恥的、想站在其他人之上的權欲。這樣，斯賓諾莎從1665年夏季開始就轉向了以《聖經》歷史批判為中心的《神學政治論》，誰知這部書竟耗費了我們的哲學家四年多的時間，直至1670年才問世。

《神學政治論》一出版，就引起了一場極大的轟動，一方面贊成它的人到處奔走相告，認為這本書給他們帶來了宗教和政治的福音，以致在短短四年之內連續出了五版，而且有英譯本、法譯本在歐洲其他國家問世，致使斯賓諾莎名聲遠揚國外；另一方面反對它的人四處密謀策劃，攻擊這部書中的無神論和所謂不道德的原則，說這本書乃是“一個叛逆的猶太人和魔鬼在地獄裡煉就而成”，“值得給他帶上鐐銬和加以鞭笞”，以致在1674年，此書與霍布斯的《利維坦》和梅耶爾的《哲學是〈聖經〉的解釋者》同被荷蘭總督奧倫治三世以“侮蔑宗教和宣傳無神論”的罪名禁止發售和傳播。

《神學政治論》一書的根本觀點可以歸為兩點：一是正確解釋《聖經》，消除神學家的偏見；二是闡明和維護思想自由和言論自由。前者屬於神學內容，後者屬於政治內容，兩者合起來就構成名副其實的《神學政治論》。

斯賓諾莎為解釋《聖經》立下了一條普遍法則，這就是“據《聖經》的歷史以研究《聖經》，他說解釋《聖經》的方法應當與解釋自然的方法一樣，解釋自然既然在於解釋自然的來歷，且從此根據某些不變的公理以推出自然現象的釋義，所以解釋《聖經》也應當根據《聖經》的歷史進行科學的研究，並根據其中根本的原理以推出適當的結論。由此，斯賓諾莎提出他的非常著名的、歷史的批判的《聖經》解釋三條原則：（1）根據《聖經》作者所使用的語言的性質和特徵以解釋《聖經》的語句。《舊約》和《新約》的作者都是希伯來人，所以瞭解希伯來文極為必要，我們必須把原文的句法與現代通行的語法加以比較研究，這樣才能正確理解《聖經》。（2）將《聖經》中每篇內容分門別類，把對同一問題的論述合併歸類，分清字面的意思和比喻的意思。（3）考證《聖經》每篇作者的生平、行為、學歷，以及該篇寫作年代和使用語言。斯賓諾莎認為，我們對《聖經》各篇著作的研究既要聯絡其時代背景、寫作原因，又要研究其之後所經歷的遭遇，最初受到歡迎與否，落在什麼人手中，有多少不同的版本，是誰的主意把它歸入《聖經》中。這就是著名的《聖經》的歷史批判學。

這就是著名的《聖經》的歷史批判學。斯賓諾莎第一次用科學的、歷史的方法重新解釋了《聖經》，駁倒了神學家們對《聖經》的各種歪曲和捏造，為之後科學地解釋和批判《聖經》奠定了基礎。正如我們所知的，後來以施特勞斯、鮑威爾為代表的青年黑格爾派以及鮑威爾所創立的蒂賓根學派，都是按照斯賓諾莎所開創的這種科學—歷史的方法研究《聖經》，並取得了許多成就。20世紀興起的哲學詮釋學（diephilosophische Hermeneutik）也把斯賓諾莎的《聖經》批判列為歷史詮釋學的前史，按照伽達默爾的看法，斯賓諾莎為此提供了一個“卓越的例證”

《神學政治論》在當時更為重要的意義乃在於它倡導了社會契約論、天賦人權說，主張人民應當有信仰自由和言論自由。在《神學政治論》的序言中，斯賓諾莎開宗明義地指出這部書所要得出的主要結論是“自由比任何事物都為珍貴。……欲證明容納自由，不但於社會的治安沒有妨害，而且，若無此自由，則敬神之心無由而興，社會治安也不鞏固”