很快，拿破崙找到了那隻無辜的替罪羔羊他就是當甘公爵。路易十六身首異處後，甘當公爵成為王黨叛亂軍隊的首領之一，與共和國作戰，如今蟄居萊茵河彼岸巴登大公國。他是當時法國唯一能加以綁架的波旁王室重要成員，因為法國支配著德國的西部和南部，這給逮捕當甘公爵提供了很大便利。

其實，當甘公爵並未參與刺殺拿破崙的陰謀雖然他也渴望拿破崙一命鳴呼。但是，拿破崙出於對波旁家族的成見，想當然地認定是當甘公爵。而且，對卡杜達爾的僕人的審訊，也使拿破崙做出這樣的推測。卡杜達爾的僕人供稱，有一個神秘人物經常到他主人家來，當他進門時卡杜達爾總是站起來迎接。能讓卡杜達爾站立相迎的，必定是極少數尊貴無比的王室人物，而當甘就是極少數中的一人。關於拿破崙要逮捕當甘公爵一事，第二執政康巴塞雷斯堅決反對，因為這必將侵犯巴登國的權利。侵犯中立國領土的行為會激起公憤，使法國與德意志、俄國發生衝突。

對於第二執政的反對，拿破崙怒斥道：“你已經成了波旁王朝的吝嗇鬼，你甚至連他們的一滴血都不敢沾。在爭執了一番之後，最後，拿破崙的意志堅持下來了。1804年3月14日，一隊法國憲兵部隊闖入巴登，包圍了當甘公爵的住宅，並將公爵逮捕了，連夜將他押往法國。生性急躁的當甘公爵本想進行反抗，但在旁人的勸說下，只得接受被帶往法國的命運。3月20日，當甘公爵被押至文森斯城堡，軍事法庭連夜開庭審判，當甘公爵以參與刺殺拿破崙陰謀的罪名被審判。在審判中，公爵否認了這一罪名，但他承認自己希望看到拿破崙政權的覆滅。儘管毫無當甘公爵參與陰謀的證據，他還是被判處死刑。

被判死刑的當甘公爵給拿破崙寫了一封信，請求法庭一定要將這封信交給拿破崙本人。當時的軍事法庭庭長覺得這一毫無證據的判決有失公正，於是，他準備以法庭的名義給拿破崙寫一封信，請求拿破崙減輕對公爵的懲罰。正在這時，從杜伊勒裡宮特別派來的監督官從庭長手中奪過筆，說道：“好了，你的事情已經做完了可以去休息了，剩下的由我來辦。”僅僅是確保定罪還不夠，拿破崙決心使敵人喪膽，給予迅雷不及掩耳的秘密打擊，他下令：“一切必須在當夜了結，判處死刑，不容任何懷疑，而且必須立即執行。”

凌晨3點，當甘公爵被拖至文森斯戰壕，在那兒被槍殺了。其實，在3月17日的晚上，拿破崙知道了公爵並沒參與謀殺的確切事實，但他仍堅持實現自己目的，無意改變，他就是要透過波旁王室一位著名人物的鮮血來為自己的被刺報復。透過這件事，拿破崙向全法蘭西表明他已同舊王朝決裂，並且正在為建立新王朝掃除障礙。拿破崙的這樁暴行震動了全法蘭西，他的恐怖令人心寒。在處決當甘公爵一事上，拿破崙的殘酷暴露無遺，就像他自己所說：“我有時候必須像一隻狐狸那樣狡猾，有時候得像一隻獅子那樣殘忍，要想統治好一切，就得掌握好什麼時候應當是前者，什麼時候應當是後者的全部秘密。”當甘公爵的死引起了舊世界的仇恨，也給拿破崙帶來了與舊制度鬥爭堅決的聲譽。隨著法國國內的經濟愈加繁榮，拿破崙的威望不斷提高，他走向波拿巴王朝的道路也愈益平坦寬闊。