明朝的管制主要完善和修改於朱元璋時期，其後的大部分皇帝都沒有做出太大的改變。祖宗之法不能改，也是我們的傳統文化。
任何一個官僚體系，朝廷中央永遠都是重中之重。因為只有強化中央集權，才有統一的帝國，才有可能需要官僚系統。一個軍閥割據的國家是不需要用官僚系統的，只要需要軍事系統即可。
雖然朱元璋在很多管理思想上是借鑑或照搬了元朝的，但在官制設定方面卻沒有照搬。朱元璋建國初期，基本捨去了傳統的三省六部制，只保留了相國、中書省及六部的主要架構，再加上御史臺。就組成當時簡單高效的架構。
1、相國
後來的情況大家都比較熟悉，那就是朱元璋先是將相國改為丞相。因為從古代的兩個名稱的不同含義，已經顯示了朱元璋打壓官僚系統的傾向。在秦漢時期，相國才是正牌的宰相，丞相這個名稱最開始只是宰相的副手而已。沒多久，朱元璋就借胡惟庸案，廢棄了丞相的職位，徹底實現皇帝集權，收回了文官集團的大半權力。從此，整個官僚系統陷入被動中，已經無法在明面上和皇權抗衡。然後中書省也沒有了，皇帝直接領導六部開張工作。
2、吏部
六部因為沒有了宰相這個頭，所以基本以權力最重的吏部為首。吏部，始終是掌握官員前途的部門，權力自然最重。所以，無論是歷史中還是現代社會，挑選崗位的時候主要挑選這些掌握官帽子的或最近權力中心的部門就職為最佳，最有權力，最有發展前途。在人員設定方面，各部設立尚書一名，接下來就是兩個副手，左右侍郎，第三層就是各司。每一個部都根據不同的工作內容，設立不同名稱和不同數量的司，也是各部具體辦事的機構。比如戶部，下設十三個清吏司，主管各省事務。
3、都察院
朱元璋在位期間，還將御史臺改為都察院，職責也增加了不少，除了基本的監察百官的職責外，還增加在京城巡察各個部門和事務、外出地方進行巡按的職能。這些巡按基本都是奉皇帝的旨意巡視，品級一般不高，但權力極大，事情完成後即交還權力。那些古裝劇、戲劇裡面的所謂八府巡按，為民除害之類的官，就是出自都察院。
4、大理寺
這個負責複核各地案件，類似與終審法院的機構，最高長官為大理寺卿，位列九卿之一。可能有人會覺得為什麼用“寺”字，其實這是中國最古老的政府部門的名稱，只不過後來的王朝很少用，直到南北朝時期被佛教借用後，就成了寺廟的“寺”。大理寺這個名字，一直到北洋軍閥主政時期還在使用，可見這個名字深入人心。
唐朝之前，大的刑事案件一般由大理寺審理，刑部把關複核，在明朝開始變成了由刑部審理，大理寺把關複核。重大案件，會組成所謂的三司會審，也叫三法司審理。包括大理寺、刑部和都察院。
朝廷上層，明朝同樣還設定有通政使司，負責奏章、封駁、請示、機密等事務，可以說要確保各種政策、奏摺、朝廷規定、皇帝意旨能夠上傳下達，能夠執行落實到位的部門。像是一個提高執行力的部門。
這些都是主要部門，一個龐大的朝廷，當然還有其他很多非主要但又必要的部門，包括宗人府，管理皇族宗族祭祀等事務；傳統的三公職位，那時最尊崇的虛職和榮耀；還有國子監、通政使司、翰林院等各種的中央機構。
5、省
至於地方的官制，明朝也有一些特點。按元朝的管理方式，全國劃分為十三個行省，後來正式名稱被朱元璋改為承宣布政使司，但習慣上還是稱為行省、省。設定左右布政使各一人，負責行政人事等事務；同級設提刑按察使司，設定按察使一人及副使、僉事等官職。主要負責司法刑名事務。
布政使及按察使下屬還設定了各種稱為道的部門，比如水利道、屯田道、管河道、鹽法道等，應該是相當於現在省級各種部門，如農業、水利、交通、工商等廳。這種機構設定，其實參照六部的形式，根據個地方的具體事務具體設定而已，因為層級較低，所以叫法不同而已。
基層的行政架構變化不大，還是三級官僚組織結構，府、州、縣三級。而州又不是固定的，有些直隸州相當於府的級別，一些小的州又相當於縣的級別。算是一種比較靈活的機構設定，按實際執行來看，其實還是接近於現代的機構設定，應該以行省、府、縣三級治理結構進行分析，才是比較合理。
明朝官制變化比較明顯的幾個地方：
1、內閣：
宰相撤去後，所有事務都要經過皇帝，其實皇帝是不堪重負，也無法處理這麼多事情的。很自然的，就會有機構或職位代替這個宰相的職權。朱元璋先後設立了中極殿大學士、建極殿大學士、文華殿大學士、武英殿大學士、文淵閣大學士、東閣大學士共六個大學士所謂秘書、顧問或助手之類的角色，為皇帝分擔和處理日常事務，一開始只是提供建議或看法。隨著時間的發展，幾代皇帝之後，這個由五品官員大學士組成的所謂內閣，已經成為明朝的權力中心。內閣第一人已經成為實際的宰相，雖然明朝再沒有出現過明面上的宰相。但權力還是自動會走向集中和方向，因為權力是人運作的，攬權是人的本能。大學士內閣從秘書機構直接演變成了權力中心，再次證明了職位一定要靠近權力，越靠近越好。這種內閣制逐漸明朗化、常規化，從皇帝到民間，都承認了這種制度和權力設定。從而一直影響到清朝，甚至還得到一定的加強，權力進一步上升。
2、六科
這是一個很奇怪的部門，不是都察院，也不是皇帝的親信，但六部之中都安插了一個叫“給事中”在職位，正七品。品級很低，但有些方面的權力卻很大，有時甚至可以抗衡尚書。這個職位的職責主要是輔助皇帝處理奏章，稽察六部的工作事務。聖旨與奏章歸檔登記，抄送內閣備案等，還有權參與朝堂廷議等大事。是朱元璋特意為牽制各部尚書等高官而設立的職位，基本屬於小人之心。
3、五軍都督府
這是一個軍事部門，掌管天下兵馬。最初是按元朝的名稱，為樞密院，後來朱元璋改為大都督府。之後還是覺得軍權太過集中，有威脅皇權的隱患。因此將這個大都督府一分為伍，拆分為中左右前後五個部門，每個部門掌管一部分兵馬，相互牽制，不至於出現一家獨大的局面。設想是良好的，但事情發展並不是一個官僚機構的設定就能解決的。就像宰相沒有了，自然就會出現內閣首輔等約定成俗的領頭人。五軍都督府一開始還是有實權的，但隨著歷史的發展，權力逐漸被各地邊境的領兵人掌握，這些都督府的都督。都督同知等官銜都成了沒有實權的虛銜。權力還是集中在各地的總兵、參將、將軍等職銜手中，不受朝廷控制。當然，這隻能是系統的沒落，而不是單純的軍隊組織結構的沒落。是整體朝廷權力的失控，而不是單純的軍權的失控。
明朝的發展，也沒有偏離歷史的軌道。一開始是軍民政分立，地方和中央分別掌管財權，扼制軍隊。軍隊只有軍而沒有錢。但到了後期，中央無法快速應對邊患和地方的動亂，軍隊開始接觸、整合財權。軍隊一旦可以自給自足，中央就徹底對軍權失去控制，軍閥就出現，這時，離皇朝覆滅就不遠。歷史一直是這麼發展的，也是這樣不斷迴圈的。
而官僚系統的誕生、發展、壯大、臃腫、衰落、內訌、失控的發展過程，也是一般事務的發展過程，同時也是王朝的發展過程。