公元1644年，崇禎皇帝於北京自縊身亡。藩王
朱由崧
在南京建立弘光政權後，在新政府的內閣裡出現了兩個實權人物——史可法和馬士英。在這個新的政權內，南明的大臣又開始了新一輪的內鬥。
一、弘光政權內部官僚入閣的爭鬥
福王朱由崧入主南京的前夕，史可法就召集南都的各部官員開始商議新政權內閣的人選，經過討論，史可法、高弘圖、姜曰廣等入閣。
原本誠意伯劉孔昭也意欲“攘臂欲得內閣”，但史可法以明祖制“本朝無勳臣入閣例”駁回劉孔昭入閣的想法。劉孔昭馬上推薦了馬士英，他說“即我不可，馬士英有何不可？”繼而劉孔昭還舉薦了阮大鋮，只因阮大鋮是崇禎逆案中的人，所以被史可法駁了回去。
這樣馬士英與史可法同時就進入內閣，並且兼任兵部尚書、都察院右副都御史。然《明史》載：“與可法及戶部尚書高弘圖並命，士英仍督師鳳陽”從這句話分析得出，儘管馬士英入閣，但實質上他仍在鳳陽督師，並未真正的進入到內閣決策機關中去。
馬士英擁立福王朱由崧的目的是要依靠“定策”之功實現他的政治抱負，現在他雖已進入閣，可“督師鳳陽”的責任又將他丟擲政治核心圈。這和他當初擁立福王的初衷完全是背道而馳的，同時東林也化解了江北武將意欲在弘光政權中培植代言人的想法，這也是江北武將所不能接受的。
所以福王在南都即監國位的當天，馬士英指示高傑“擁兵臨江”。用高傑的“十萬士兵”，逼迫史可法做出讓馬士英真正進入到內閣中去的決定。不僅這樣，馬士英還上書弘光帝，指責史可法曾以“七不可立”的理由反對擁立福王。
關於史可法對擁立福王曾提出的異議，黃宗羲曾這樣評價：士英之所以挾可法，與可法之所以受挾於士英者，皆為定策之異議也。當是時，可法不妨明言：始之所以異議者，社稷為重、君為輕之義；委質已定，君臣分明，何嫌何疑而交搆其間乎？城府洞開，小人亦失其所秘，奈何有諱言之心，授士英以引而不發之矢乎？
這樣，馬士英在這個新政權中，透過拉攏和排擠，開始一步步的走向權力的頂峰。朱由菘即位前，南京面對來自北方清軍的壓力，史可法、高弘圖、姜曰廣等商議設立江北四鎮，用以抗擊清兵。
但是要想使四鎮在對清的戰爭中能夠相互配合，共同行動。那麼必須要有一個統一的指揮者，但是究竟由誰來充任？黃得功、高傑、劉澤清和劉良佐曾經支援過馬士英，且馬士英本身就是鳳陽總督，從軍事的角度看，這個人應該是非馬士英不可了。然馬士英既已入閣，怎可輕易去江北督師。
馬士英內有皇帝的支援，外有江北大軍武力的擁護，史可法不願給新生的政權再帶來黨爭的危機，於是“既受事，敢難辭乎？”於五月十二日遂上疏弘光帝自請督師揚州。
史可法的離去，對東林和復社因此也是新的政治挑戰。馬士英執掌朝政已成為必然，而內閣中僅有高弘圖能否與之相抗衡，實現東林的政治主張，亦是未然。史出馬入”的結果，令史可法的政治才幹未得到充分施展，顯而易見，這是弘光政權內部黨爭給南明第一個政權所造成的重大損失。
二、阮大鋮的復出與順案
崇禎皇帝殉國後，在北京有21名文官自殺以殉明王朝。其中如倪元璐、馬士奇等，和東林復社關係深的人物很多。但並非所有的東林、復社人士都殉了國。因各種各樣的官僚在北京之故，所以在李自成的權刑之下，出仕為官者也有之。其中當然也有東林、復社人士。
李自成政權被清軍擊潰以後，這些“從逆”者開始南歸。從當時的君臣關係意識來看，上述“從逆”者會被認為是北方派來的奸細。福王在任監國之際，發出南京政權新政實施方針的上諭，談到新政權要廣泛用人的必要性。
其中對阮大鋮等因逆案受處分的人，提出對逆案等人基本上是不採用，但對有用的人才，在個案調查後，特殊情況下可以採用。也就是說對於阮大鋮那樣上了榜的閹黨，在五月十五的上諭中間接給予一個復出的機會。
阮大鋮，萬曆四十四年進士。天啟初，由行人擢給事中。丁憂歸裡，同鄉人左光斗為御史，阮大鋮遂相結交。天啟四年（1624年）吏科給事中缺，按選關次序本應由阮大鋮補任，而吏部尚書趙南星、左都御史高攀龍、左副都御史楊漣等認為，阮大鋮是魏忠賢的人，所以起用了東林黨的魏大中任此職，而阮大鋮改任工科給事中。因此阮大鋮遂與“楊、左為仇”。
此一事對阮大鋮打擊很大，由此他對東林有了很大的看法。崇禎二年，崇禎帝清除魏客聯盟，定逆案，大規模的逮捕與魏忠賢有聯絡的人，阮大鋮此時也被名列其中，他雖然未被定為死罪，但鬱郁不得志，過上了普通民眾的生活。
隨後因“流寇逼皖”，阮大鋮避居在南京，因當時正是農民起義的高峰時期，他曾經一度“招納遊俠，談兵說劍”試圖引起南京官員的注意，以圖東山再起。可是他這樣一個有著“逆案”身份之人，如此積極的在南京活動，反而被人認為是準備充當農民軍的內應。所以南京城的很多士大夫懷疑阮大鋮是內應，因此共同發表了《留都防亂公揭》。
《留都防亂公揭》的公開發表在南京影響很大，使得的“逆案”被世人得以重新認識。對閹黨的憎恨使得人們開始規避阮大鋮，而他也意識到了自己的處境，於是“獨身逃匿牛首之祖堂，使其心腹收買檄文”但是終沒阻擋其流佈之勢。史可法為避免與馬士英的對立而引起的黨爭，想進行居中調停，但是遭到了批判。
而馬士英朝著再啟用阮大鋮一步步地不斷進行著準備。六月初六，馬士英上疏“冒罪特舉知兵之臣阮大鋮，當赦其往罪，即補臣（兵）部右侍郎”，馬士英亦向弘光帝陳述“臣至浦口，與諸臣面商定策，大鋮從山中致書於臣及操江劉孔昭，戒以力掃邪謀，堅持倫序，臣甚韙之。”馬士英如此推薦阮大鋮，弘光帝竟然允許其“冠帶陛見”進而被任命為兵部侍郎，在群臣中引起了不小的震動。
東林反應最為強烈，姜曰廣毅然向弘光帝提出辭呈，羅永珍也告誡弘光帝如果真的是因為兵事才起用阮大鋮的話，那這個起用就是個錯誤，因為阮大鋮根本不知兵，只會做一些《燕子箋》、《看燈謎》之類和軍事無關的東西，這樣的人如果起用，對新政權勢必產生不小的影響。
同時在反對阮大鋮復出的陣營中還有太僕少卿萬元吉、大理寺丞詹兆恆、給事中陳子龍、御史陳良弼、王孫番、米壽圖、周元泰、左光先、郎中尹民興懷遠侯常延齡等，他們一致認為阮大鋮不僅是崇禎朝欽定逆案之人，還是逆案巨魁，“必不可召”在如此多的責問下，阮大鋮為自己也進行了辯護。他認為自己在天啟朝沒有為閹黨作“一字之諛”。但在反駁東林的時候他提出了“提倡逆案的侯恂仕於李自成”，而“主造逆案的韓爌迎自成入京”以此來攻擊東林。
在此之前，張慎言曾經向弘光帝上奏過《中興十議》，其中提到從逆的問題，“五曰議偽命，國家三百年養士之報致有今日，諸屈膝靦顏之臣，家屬在南者，量仍舊籍，俟其歸正，不宜以風聞謠謗即行苛議，無論清濁混而真贗淆，既無可還之轍，恐增從逆之想。至若自投來歸，尤從寬分別酌議。或原系廢籍，或曾經推擬，或原無官守，或有地方之責，無兵馬之權，倘才堪一割，情可矜原，宜酌定一用之法，不當概以死責。
他認為新的政權剛剛建立，首先需要一些正直的人來治理這個國家；其次在南京的官員對北京的破城的情況無法詳細的瞭解境況下，如果僅根據少數南歸者的訊息就對在職官員進行中傷，會造成人們的恐慌。張慎言之所以如此上疏，對於弘光政權初期的穩定是起到作用的。
可是在南京對於曾經接受農民軍官職的人的批判是很嚴厲的。在江南的一些地方，不僅對投降之人發出糾劾的檄文，更有甚者，採取武力襲擊之舉。這其中也包括復社的人分別站在了糾劾與被糾劾的一邊。
這樣順案被政治家當成了一種鬥爭的工具，不僅幫助阮大鋮實現了復出的願望，更為嚴重的是直接導致了東林、復社內部的分裂。“以反閹黨戰線的削弱，被從“逆案”向“順案”轉換的反對派利用而告終。南都的政治由此而更為混亂，東林復社為他們的冤案奔走呼號之時，弘光政權的亡國危機已悄然而來。